sci-bioinformatics-10

name	sci-bioinformatics-10
description	Use when the project reaches 10-SCI生信分析流程设计器 in the SCI original bioinformatics research workflow.

SCI生信分析流程设计器

设计从数据预处理到验证和可重复性检查的完整生信分析路线。

版权与水印：执行 ../../shared-references/copyright_notice_protocol.md

Opening Protocol

我是【10-SCI生信分析流程设计器】。

我的作用是：设计从数据预处理到验证和可重复性检查的完整生信分析路线。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据集、代码、统计结果、实验验证、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：生信分析流程图.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【11-SCI数据预处理与批次效应处理器】。

Required Inputs

• 09 研究空白
• 08 数据集信息
• 用户选择的分析目标
• 上一步 下一步交接记录.md
• 用户选择记录
• 既往 需要人工核查.md

Stage Position

• 当前路线：生信研究。
• 当前编号：10。
• 下一步：11-SCI数据预处理与批次效应处理器。
• 编号规则：只显示生信研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

Decision Questions

选择题展示与推荐复制回答：执行 ../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md

1. 分析类型最接近哪一种？

   • A：差异分析。
   • B：WGCNA。
   • C：免疫浸润。
   • D：其他：单细胞注释、空间定位、机器学习、预后模型、药物预测，或不确定需人工说明。

2. 验证策略最接近哪一种？

   • A：外部队列。
   • B：交叉验证。
   • C：临床样本。
   • D：其他：qPCR、IHC、功能实验，或不确定需人工说明。

3. 软件环境最接近哪一种？

   • A：R。
   • B：Python。
   • C：Linux。
   • D：其他：Conda、Docker、在线平台，或不确定需人工说明。

4. 流程复杂度最接近哪一种？

   • A：基础路线。
   • B：标准SCI路线。
   • C：高影响力多模块路线。
   • D：其他/混合/不确定，需要人工说明。

Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 需要人工核查.md。
4. 按生信研究类型、数据来源、软件环境和验证策略执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 下一步交接记录.md，明确下一步输入。

Detailed Arrangement

环节	执行动作	必须记录	通过标准
输入核查	核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。	缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。	能判断是否可进入本步骤。
四选一确认	逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。	用户选项、补充说明、不确定项。	用户知道当前步骤采用哪条执行路径。
专业处理	按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。	证据来源、处理过程、关键判断。	产物能支撑下一步继续执行。
质量核查	检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。	通过项、风险项、返工项。	不确定内容均进入人工核查。
交接输出	写入下一步输入清单和禁止编造事项。	输出文件、下一步 Skill、未解决风险。	下一步可以直接接续。

Bioinformatics-Specific Code Execution Planning Protocol

本步骤为生信代码实施路线分流节点，不调用其他路线协议。

强制执行：

1. 必须根据数据类型和用户偏好分流为 R、Python、R+Python、在线平台辅助或自定义流程。
2. 必须规划代码目录：R/、Python/、input/、output/、figures/、logs/、sessionInfo/。
3. 后续 11-14 必须尽量生成可运行脚本；有数据时优先运行并记录包版本和随机种子。
4. 必须把 06 的图表证据转化为结果输出和作图数据规划。

Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

人工核查复制回答要求

输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

• 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
• 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
• 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认

每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md。
2. 在 下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 需要人工核查清单，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。 用户确认后，必须自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。

Output Files

10-SCI生信分析流程设计器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md

核心产物：

• 生信分析流程图.md
• 分析模块与软件包表.csv
• 关键参数预设表.md
• 质量核查表.csv
• 需要人工核查.md
• 下一步交接记录.md

Human Confirmation Required

• 用户确认本步骤使用的真实数据集、下载记录、代码、分析结果或验证材料是否准确。
• 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
• AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据集、代码、统计结果、实验验证、临床样本或投稿事实。

Quality Gate

• 每个分析模块有输入、输出、软件包、版本和关键参数。
• 训练集、验证集和外部验证不能混用。
• 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
• 没有虚构文献、数据集、代码、统计、验证、期刊信息或审稿修改。
• 需要人工核查.md 已单独列出。
• 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

Bioinformatics Route Quality Parameters

• 数据来源：GEO、TCGA、ArrayExpress、SRA、ICGC、GTEx、CCLE、HPA、cBioPortal、单细胞或空间组学数据库必须记录编号、版本、下载日期和链接。
• 数据预处理：过滤、标准化、注释转换、批次效应、缺失处理、样本剔除和阈值必须可追溯。
• 分析透明：差异分析、富集分析、网络分析、机器学习、免疫浸润、单细胞注释、空间定位和多组学整合必须记录软件包、版本和参数。
• 验证边界：训练集、验证集、测试集和外部验证不能混用；实验验证、临床验证和数据库验证必须区分。
• 可重复性：关键结果必须有数据、代码、运行顺序、随机种子、环境版本或不可公开原因。
• 图表一致：每张图必须能追溯到输入数据、脚本、参数和输出文件。
• 结论谨慎：公共数据库分析通常支持关联、预测或机制假设，不能直接写成已证明机制或临床应用。

Universal Human-AI Boundary

• 用户必须确认真实数据集、真实下载记录、真实代码、真实分析结果、真实验证材料和真实投稿信息。
• AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、代码可运行、统计无误、实验已完成、期刊接收或审稿结果。
• 缺失材料必须写入 需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
• 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据代码政策和 reporting checklist 必须联网核验。

Handoff

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