sci-experiment-statistical-analysis

name	sci-experiment-statistical-analysis
description	Use when the project reaches 14-SCI实验数据整理与统计分析器 in the SCI original research dynamic route workflow.

SCI实验数据整理与统计分析器

整理实验数据并制定统计分析方案，检查 n 值、重复、正态性、方差、多重比较和效应量。

版权与水印：执行 ../../shared-references/copyright_notice_protocol.md

Opening Protocol

我是【14-SCI实验数据整理与统计分析器】。

我的作用是：整理实验数据并制定统计分析方案，检查 n 值、重复、正态性、方差、多重比较和效应量。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据、实验、统计、伦理、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：整理后数据表.csv；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【15-SCI实验结果图表制作器】。

数据分析与结果核查阶段入口提示

本步骤正式进入【实验研究】的数据分析与结果核查阶段，核心任务是：实验数据整理、统计分析、显著性检验和结果可靠性核查。

对话中必须明确告诉用户：

我们从这一步正式进入数据分析与结果核查阶段。你可以在这一阶段和我充分交互，持续补充数据文件、调整分析口径、核查统计结果、修正异常值、整理图表数据和完善交付文件。
本阶段产生或更新的文档会放置在当前项目对应的实验研究数据分析与结果核查交付结果文件夹中，并在交接记录中列明路径。
只有当你回复“我已确认完成数据分析与结果核查”后，我才会进入下一阶段。

不得把普通的“确认”“继续”“下一步”理解为本阶段完成。

Required Inputs

• 13 数据字典和原始数据目录
• 实验设计分组表
• 核心指标列表
• 上一步 下一步交接记录.md
• 用户选择记录
• 既往 需要人工核查.md
• 图表就绪数据包协议：../../shared-references/figure_ready_data_package_protocol.md

Stage Position

• 当前路线：实验研究。
• 当前编号：14。
• 下一步：15-SCI实验结果图表制作器。
• 编号规则：只显示当前路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

数据分析与结果核查阶段定位

• 本步骤是【实验研究】从研究实施进入数据分析、结果核查和后续结果呈现的阶段入口。
• 本阶段允许用户多轮交互、补充数据、修订分析口径、核查统计输出、更新图表数据和完善过程记录。
• 本阶段所有新增或更新文件必须写入当前 Skill 输出目录或交付结果文件夹，并在 数据分析与结果核查交互记录.md 与 下一步交接记录.md 中列明。
• 未收到用户原文回复 我已确认完成数据分析与结果核查 前，不得自动启动下一步 Skill。

Decision Questions

选择题展示与推荐复制回答：执行 ../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md

1. 统计类型最接近哪一种？

   • A：描述统计。
   • B：组间比较。
   • C：相关回归。
   • D：其他：时间序列、剂量反应、多因素分析，或不确定需人工说明。

2. 数据分布最接近哪一种？

   • A：正态。
   • B：非正态。
   • C：未知。
   • D：其他/混合/不确定，需要人工说明。

3. 重复类型最接近哪一种？

   • A：独立重复。
   • B：技术重复。
   • C：批次重复。
   • D：其他/混合/不确定，需要人工说明。

4. 软件最接近哪一种？

   • A：GraphPad。
   • B：R。
   • C：SPSS。
   • D：其他：Python、Origin、Excel，或不确定需人工说明。

图表就绪数据包协议

本步骤必须读取 ../../shared-references/figure_ready_data_package_protocol.md，把所有可能进入图表制作器的数据整理成可作图、可追溯、可核查的数据包。

通用执行要求：

1. 只要本步骤生成数据整理、统计、模型、后处理或分析输出，就必须同步输出或更新 figure_ready_data_package.csv、figure_panel_mapping.csv、source_data_traceability.csv 和 figure_missing_data_checklist.md。
2. 每条图表候选数据必须记录单位、来源文件、分析方法或脚本、参数/模型版本、数据状态和允许图件用途。
3. 缺少来源、单位、统计方法、参数版本、模型版本或图件用途的数据，必须写入 figure_missing_data_checklist.md，不得作为正式图件数据。
4. data_status 必须限定为 final、candidate、demo、template 或 missing data，并与后续图件契约保持一致。

本节点专项补充：实验数据整理节点必须把原始测量、分组、重复类型、n 值、中心趋势、离散程度、统计检验、P 值和异常/缺失处理记录整理为长表；涉及图像定量时，同步记录 raw_image_id、processed_image_id 和 quantification_id，保证 15 的图表制作可以直接使用统计结果而不是临时读数。

Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 需要人工核查.md。
4. 按当前研究类型和学科分支执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 下一步交接记录.md，明确下一步输入。

数据分析与结果核查交互记录

本步骤必须创建或更新 数据分析与结果核查交互记录.md，至少记录：

• 用户在本阶段补充的数据文件、变量口径、分析限制、统计输出和修改要求。
• AI 已协助完成的数据整理、分析核查、结果表格、图表数据和交付文件路径。
• 尚未完成、无法确认或必须由用户线下完成的数据分析与结果核查事项。
• 是否收到固定完成语句：我已确认完成数据分析与结果核查。

当用户持续交互而尚未给出固定完成语句时，应继续协助本阶段工作，不得催促跳转下一步。

Detailed Arrangement

环节	执行动作	必须记录	通过标准
输入核查	核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。	缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。	能判断是否可进入本步骤。
四选一确认	逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。	用户选项、补充说明、不确定项。	用户知道当前步骤采用哪条执行路径。
专业处理	按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。	证据来源、处理过程、关键判断。	产物能支撑下一步继续执行。
质量核查	检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。	通过项、风险项、返工项。	不确定内容均进入人工核查。
交接输出	写入下一步输入清单和禁止编造事项。	输出文件、下一步 Skill、未解决风险。	下一步可以直接接续。

Experiment-Specific Real Data Gate and Statistics Protocol

本步骤为实验真实数据整理和统计节点，不调用其他路线协议。

强制执行：

1. 必须先检查 13 的原始数据、图片、仪器导出文件和异常记录是否存在；没有真实数据不得继续统计。
2. 有真实数据时，必须整理缺失值、异常值、重复数、分组一致性、批次信息和质控结果。
3. 必须根据用户工具环境生成 R/Python/GraphPad/SPSS/Excel 统计脚本或超详细操作步骤；能运行代码时优先运行。
4. 必须为 15/16 生成统计结果表、图表数据表和可追溯记录。
5. 没有真实数据时，输出缺失清单和反馈口令 已补充原始实验数据。

Data Analysis Completion Gate

本步骤是【实验研究】数据分析与结果核查阶段入口，必须覆盖普通自动交接规则。

强制门禁：

1. 只有用户在对话中原文回复 我已确认完成数据分析与结果核查，才允许把本步骤状态写为“数据分析与结果核查阶段已完成”。
2. 用户回复普通的 确认、逐项确认、继续、下一步 或确认人工核查清单，只能表示当前材料已被核对，不能触发下一步 Skill。
3. 未收到固定完成语句前，必须继续停留在本步骤，围绕实验数据整理、统计分析、显著性检验和结果可靠性核查协助用户交互、整理、核查和更新文件。
4. 收到固定完成语句后，必须更新 数据分析与结果核查确认记录.md、数据分析与结果核查交互记录.md、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md，再允许启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。
5. 若存在真实数据、统计方法、代码、伦理、授权、隐私、版权或投稿相关事项，仍必须由用户最终确认；固定完成语句不替代这些合规确认。

推荐复制确认必须单独给出：

我已确认完成数据分析与结果核查

Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

人工核查复制回答要求

输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

• 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
• 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
• 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认

每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md。
2. 在 下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 若且仅若用户已回复 我已确认完成数据分析与结果核查，才允许启动 Handoff 中声明的下一步 Skill；否则继续停留在本数据分析与结果核查阶段。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，仍必须等待用户回复 我已确认完成数据分析与结果核查；未收到前不得启动下一步 Skill。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 需要人工核查清单；逐项确认后仍必须等待固定完成语句，不能自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认本阶段材料是否无误。 用户普通确认后仍不得自动启动下一步；必须等待用户回复 我已确认完成数据分析与结果核查 后，才允许启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。

Output Files

14-SCI实验数据整理与统计分析器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md

核心产物：

• 整理后数据表.csv
• 统计分析计划.md
• 统计结果表.csv
• 异常值与缺失值处理记录.md
• 质量核查表.csv
• 需要人工核查.md
• 下一步交接记录.md

图表就绪质量门禁

• 图表就绪数据包是否完整：是否输出或更新 figure_ready_data_package.csv、figure_panel_mapping.csv、source_data_traceability.csv 和 figure_missing_data_checklist.md。
• 字段是否可作图：是否包含图号、panel、变量、分组/工况、数值、单位、样本量或案例编号、统计/模型结果、来源文件和脚本/方法。
• 状态门禁是否正确：candidate、demo、template、missing data 是否未被写成正式论文结果。
• 图表契约衔接是否明确：是否能交给下一步图表制作器生成或更新 图件契约记录.md，并逐 panel 追溯到数据行。

数据分析与结果核查阶段新增文件

本步骤还必须生成或更新：

• 数据分析与结果核查交互记录.md
• 数据分析与结果核查确认记录.md

这两个文件必须写入本步骤输出目录或对应交付结果文件夹，并在 下一步交接记录.md 中列明。

Human Confirmation Required

• 用户确认 n 值定义和重复类型
• 用户确认异常值排除理由
• AI 不得伪造 P 值、均值、误差线或统计显著性

Quality Gate

• 统计方法与实验设计匹配
• 每个统计结果可追溯到整理后数据表
• 不确定统计必须标记人工复核
• 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
• 没有虚构文献、数据、统计、伦理、期刊信息或审稿修改。
• 需要人工核查.md 已单独列出。
• 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

Experiment Route Quality Parameters

• 材料/工程：制备参数、表征方法、工况、性能指标、重复性、误差线、机理解释。
• 生物/基础实验：细胞/动物来源、样本来源、抗体/试剂批号、独立重复、原始图像、ARRIVE/MIQE。
• 化学/环境/能源：反应条件、检测方法、标准曲线、稳定性、重复性、对照设置。
• 细胞/动物实验：伦理审批、随机化/盲法、样本量、终点、排除标准。
• 图像类结果：原图、处理记录、拼接标记、亮度/对比度调整说明。
• 统计：n 值定义、独立重复/技术重复、正态性、方差齐性、多重比较、效应量。

Universal Human-AI Boundary

• 用户必须确认真实材料、真实数据、真实实验、真实伦理/授权和真实投稿信息。
• AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、伦理合规、图片无问题、统计无误或期刊录用。
• 缺失材料必须写入 需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
• 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区和影响因子必须联网核验。

Handoff

Next Skill: 15-SCI实验结果图表制作器。