القائمة
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill gatk-genotypegvcfsيبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.
تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
Use when converting ACE assembly files into SAM while preserving legacy ACE-specific padded or contig-sequence behavior.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
عرض SKILL.md
| name | gatk-genotypegvcfs |
| description | Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
gatk GenotypeGVCFs/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/gatkgatk executable on PATH.gatk GenotypeGVCFs \
-R reference.fa \
-V cohort.g.vcf.gz \
-O cohort.joint.vcf.gz
gatk executable still has to exist for real execution.