vimalinx/bio-agent - الصفحة ٦

jackhmmer

Use when running iterative sequence-to-sequence HMMER searches to expand a protein family from one or a few seed sequences against a sequence database.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

join-into-groups-of

Use when batching newline-separated IDs into fixed-size comma-separated groups for EDirect calls or other list-limited APIs.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

json2xml

Use when converting JSON documents into XML for downstream EDirect or XML-based processing.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

jsonl2xml

Use when converting JSON Lines streams into XML fragments for downstream EDirect or XML-based processing.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

just-top-hits

Use when keeping only the first N query groups from a first-column-grouped tabular hit table.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

kinfold

Use when simulating stochastic folding kinetics of single-stranded nucleic acids, computing first passage times between structures, or analyzing RNA/DNA folding trajectories.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

kinwalker

Use when simulating RNA folding kinetics during transcription to predict cotranscriptional folding pathways and transient intermediate structures.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

legacy-blast-pl

Use when converting NCBI C toolkit BLAST command lines to NCBI C++ toolkit equivalents.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

links-bed

Use when you need to generate HTML links to UCSC Genome Browser from BED, GFF, or VCF feature files.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

mafft

Use when performing multiple sequence alignment on nucleotide or protein sequences, such as preparing alignments for phylogenetic analysis or comparative genomics.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

makeblastdb

Use when creating BLAST databases from FASTA sequence files for use with blastn, blastp, blastx, or other BLAST search tools.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

makehmmerdb

Use when building HMMER binary-formatted sequence databases from plain sequence files, especially for hmmpgmd-style serving or specialized accelerated workflows.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

makembindex

Use when you need to create a BLAST database index for faster search operations on BLAST databases.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

makeprofiledb

Use when creating PSSM databases for rpsblast, cobalt, or deltablast searches. Formats position-specific scoring matrices into BLAST-compatible profile databases.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

map-bed

Use when you need to apply aggregation functions (sum, mean, count, etc.) to values from overlapping intervals in one file and map them onto intervals from another file.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

maq2sam-long

Use when converting legacy MAQ long-map files into SAM for downstream SAMtools-compatible processing.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

maq2sam-short

Use when converting legacy MAQ short-map files into SAM for downstream SAMtools-compatible processing.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

mask-fasta-from-bed

Use when you need to hard-mask or soft-mask regions in a FASTA file using BED, GFF, or VCF coordinates, such as repetitive elements, blacklist regions, or loci to exclude from sequence analysis.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

md5fa

Use when hashing FASTA records and comparing ordered versus order-insensitive sequence digests instead of taking a single whole-file MD5.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

md5sum-lite

Use when computing plain MD5 digests for files or stdin in lightweight HTSlib-based workflows without GNU md5sum features.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

merge-bed

Use when merging overlapping or book-ended intervals in BED/GFF/VCF files into single intervals.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

multi-bam-cov

Use when you need to count read coverage from multiple BAM files across specific genomic regions defined in a BED, GFF, or VCF file.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

multi-intersect-bed

Use when you need to identify overlapping genomic regions across multiple BED files simultaneously.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

multiqc

Use when you need to aggregate quality control reports from multiple bioinformatics tools into a single HTML report

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

muscle

Use when performing multiple sequence alignment of FASTA inputs, generating alignment ensembles, or calculating alignment confidence metrics.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

nhance-sh

Use when trying the `nhance.sh` shortcut wrapper around `nquire` for pathway, gene-to-pathway, LitVar, or citation-match lookups against NCBI-related endpoints.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

nhmmer

Use when searching DNA or RNA queries against nucleotide sequence databases with HMMER's nucleotide homology search engine.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

nhmmscan

Use when scanning DNA or RNA sequences against a nucleotide profile HMM database such as Dfam to identify annotated families or repeated elements.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

novo2sam-pl

Use when converting legacy Novoalign text output into SAM, especially for unique alignments and optional paired-end interpretation.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

nquire

Use when making raw HTTP, E-utilities, PubChem, datasets, or FTP requests through the low-level EDirect transport wrapper.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

nuc-bed

Use when profiling nucleotide content (AT/GC percentages, base counts) of genomic intervals against a FASTA reference.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

candidate-plan-generator

Use when generating multiple candidate plans from a normalized request before the user approves execution.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

execution-guard

Use when deciding whether a plan stage should continue automatically, pause for confirmation, or escalate because of risk.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

plan-comparator

Use when comparing candidate plans and explaining trade-offs so the user can select or modify a plan.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

plan-editor

Use when incorporating user changes into a selected plan while preserving execution structure and validation semantics.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

request-normalizer

Use when turning a natural-language biology request into a structured request object before planning.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

run-resumer

Use when resuming a paused or interrupted run from saved run state instead of regenerating the plan from scratch.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

skill-router

Use when expanding an approved plan into stage-by-stage candidate skills drawn from the local skill registry.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

stage-reviewer

Use when checking whether a completed stage produced the artifacts and validation evidence required by the approved plan.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

pair-at-a-time

Use when turning a plain-text stream into adjacent lowercase word pairs for EDirect-style text mining, token-neighbor extraction, or lightweight bigram generation.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية