tidy

name	tidy
version	1.0.0
description	整理员：工作区文件归类整理。移动前分析依赖关系，确保不破坏引用路径。 触发词："整理"、"tidy"、"收拾一下"、"文件太乱了"。
allowed-tools	["Read","Bash","Grep","Glob","AskUserQuestion"]

整理员（tidy）

工作区文件归类整理技能，遵循 gstack /careful 模式：先安全检查 + 依赖分析，再执行移动。

触发条件

用户提到以下任意关键词时激活本技能：

• "整理"、"tidy"、"收拾一下"、"文件太乱了"、"归类"、"清理工作区"

安全规则（铁律，不可违反）

1. 绝不移动以下目录：.claude/、.thesis/、$THESIS_DIR 所在目录、$WORKSPACE/reports/
2. 绝不删除任何文件——只做移动操作
3. 移动前必须确认——通过 AskUserQuestion 获得用户批准
4. 每次移动后验证——检查依赖是否完整

执行步骤

Step 0：加载配置

# 论文修改小组 — 配置加载
CONFIG=""
for candidate in ".thesis/config.json" "../.thesis/config.json" "../../.thesis/config.json"; do
  if [ -f "$candidate" ]; then
    CONFIG="$(cd "$(dirname "$candidate")" && pwd)/$(basename "$candidate")"
    break
  fi
done

if [ -z "$CONFIG" ]; then
  echo "ERROR: 未找到 .thesis/config.json"
  echo "请先运行 /thesis-init 初始化论文项目"
  exit 1
fi

echo "CONFIG: $CONFIG"
THESIS_DIR=$(python3 -c "import json; print(json.load(open('$CONFIG'))['thesis_dir'])")
CHAPTERS_DIR=$(python3 -c "import json; print(json.load(open('$CONFIG'))['chapters_dir'])")
BUILD_CMD=$(python3 -c "import json; print(json.load(open('$CONFIG'))['build_command'])")
WORKSPACE=$(python3 -c "import json; print(json.load(open('$CONFIG'))['workspace_dir'])")
echo "THESIS_DIR: $THESIS_DIR"
echo "CHAPTERS_DIR: $CHAPTERS_DIR"
echo "WORKSPACE: $WORKSPACE"

如果 preamble 输出 ERROR，立即停止并提示用户运行 /thesis-init。

---

第一步：扫描工作区

列出 $WORKSPACE 根目录下所有文件，按类型分类：

分类	典型扩展名	示例
Python 脚本	.py	数据处理、绘图脚本
图片文件	.png, .jpg, .svg, .pdf（非论文主PDF）	实验结果图、示意图
PDF 文档	.pdf	参考文献、草稿快照
压缩包	.zip, .tar.gz, .rar	数据包、备份
数据文件	.csv, .xlsx, .json, .mat	实验数据
文档	.md, .txt, .docx	笔记、草稿
其他	无法归类的文件	逐个判断

使用 Glob 扫描根目录文件，使用 ls -la 获取详细信息。

第二步：依赖分析

这是整个流程最关键的步骤。在移动任何文件之前，必须建立完整的依赖关系图。

扫描范围：

• 所有 .tex 文件：搜索 \includegraphics、\input、\include、\bibliography 等引用命令
• 所有 .py 文件：搜索 open()、pd.read_csv()、plt.savefig()、路径字符串等
• 所有 .bib 文件：检查是否被 .tex 引用
• Makefile / latexmkrc：检查构建脚本中的路径引用

输出依赖图格式：

依赖关系图：
  data.csv
    ← 被引用于：process.py (第 12 行)
    ← 被引用于：analyze.py (第 45 行)
  figure1.png
    ← 被引用于：$CHAPTERS_DIR/ch3.tex (第 88 行)
  helper.py
    ← 无外部引用（安全移动）

第三步：制定整理方案

根据扫描和依赖分析结果，提出目标目录结构：

$WORKSPACE/
├── $THESIS_DIR 所在目录  （不动）
├── .thesis/              （不动）
├── .claude/              （不动）
├── scripts/              ← Python 脚本归入此处
├── figures/              ← 图片文件归入此处
├── snapshots/            ← PDF 快照、阶段性产出归入此处
├── archive/              ← 压缩包、旧版本归入此处
└── data/                 ← 数据文件归入此处（如有需要）

对每个待移动文件，标注：

• 原路径
• 目标路径
• 依赖状态（无引用 / 有引用需更新 / 有引用但路径不受影响）

第四步：用户确认

使用 AskUserQuestion 向用户展示完整的整理方案，等待确认。

展示内容包括：

• 待移动文件清单及目标位置
• 需要更新的引用路径列表
• 不会移动的文件及原因

用户可以：

• 批准全部
• 排除特定文件
• 修改目标目录

未获得用户明确批准前，不执行任何移动操作。

第五步：逐一执行移动

按以下顺序执行：

1. 先创建目标目录（如不存在）
2. 移动无依赖的文件（最安全）
3. 移动有依赖的文件，移动后立即更新引用

每次移动使用 mv 命令，并在移动后验证：

• 文件确实到达目标位置
• 原位置不再存在该文件

第六步：更新引用路径

如果被移动的文件在 .py 脚本中被引用，更新脚本中的路径。

更新策略：

• 找到引用该文件的所有位置
• 将旧路径替换为新的相对路径或绝对路径
• 保持路径风格与原脚本一致（相对路径用相对路径替换，绝对路径用绝对路径替换）

注意：.tex 文件中的路径通常相对于 $THESIS_DIR，如果图片从根目录移到 figures/，需要确认 .tex 中的 graphicspath 设置是否覆盖新位置。

第七步：验证完整性

执行两项验证：

1. LaTeX 编译验证：运行一次编译，确认没有引用断裂

   cd "$THESIS_DIR" && $BUILD_CMD
   

   检查日志中是否出现新的文件未找到错误。

2. Python 脚本验证：对更新了路径的 .py 脚本，运行语法检查

   python3 -c "import py_compile; py_compile.compile('<脚本路径>', doraise=True)"
   

第八步：输出整理报告

══════════════════════════════════════
  整理报告
══════════════════════════════════════
  移动文件数：XX 个
  更新引用数：XX 处
  新建目录数：XX 个
  编译验证：  通过 / 失败
══════════════════════════════════════

  移动明细：
    原位置                  →  新位置
    ./process.py            →  ./scripts/process.py
    ./figure1.png           →  ./figures/figure1.png
    ...

  引用更新明细：
    scripts/process.py 第 12 行：
      旧：open("data.csv")
      新：open("../data/data.csv")
══════════════════════════════════════

收尾协议（完成后必须执行）

每次 skill 执行完毕后，无论结果如何，必须执行以下三步：

1. 更新问题清单 $WORKSPACE/issues.md

• 本次发现的新问题：追加到"待处理"区，格式为 - [ ] **编号** 位置 — 问题描述 → 建议skill
• 本次解决的问题：从"待处理"移到"已解决"，标注完成时间
• 未变化的问题：不动

2. 更新进度文件 $WORKSPACE/progress.md

• 在"完成记录"区追加一行：- YYYY-MM-DD HH:MM /skill名 — 执行摘要（N项修改/N个问题）
• 如果任务看板中有对应任务项，更新其状态（勾选 [x]）

3. 保存报告（如有输出）

• 报告保存到 $WORKSPACE/reports/ 目录
• 文件名格式：YYYYMMDD-skill名-目标.md（如 20260322-review-chapter-c4.md）

---

完成状态协议

任务完成时，输出以下结构化状态块：

[tidy] 完成
  结果：成功 / 部分完成 / 回滚
  移动：XX 个文件
  更新：XX 处引用
  验证：编译通过 / 编译失败（需人工检查）
  下一步建议：<基于当前状态的建议>

若编译验证失败，建议用户手动检查并考虑回滚（文件移回原位）。 若全部通过，建议运行一次完整编译确认论文输出正常。 若部分文件未移动（用户排除），列出剩余待整理文件供后续处理。