openbabel-skill

name	openBabel_skill
description	分子格式转换工具。支持在 .smi、.mol、.xyz、.gjf、.sdf 等格式之间转换，并可从 SMILES 或 2D 结构生成带坐标的 3D 结构。 当用户提到分子格式转换、3D构象生成、openbabel等需求时使用此skill。
name_zh	分子格式转换算子
version	1.0.0
input_params	[{"name":"inputPath","type":"string","required":true,"description":"输入文件完整路径，例如 /work/jobs/acetic/acetic.smi"},{"name":"outType","type":"string","required":true,"description":"输出格式，例如 xyz、mol、gjf、sdf"},{"name":"isGen3d","type":"bool","required":true,"description":"是否生成3D构象"},{"name":"outputDir","type":"string","required":true,"description":"本次任务输出的工作目录(输出文件都生成在此路径下)"},{"name":"primaryOutputPath","type":"string","required":true,"description":"主输出文件完整路径"},{"name":"compressedOutputPath","type":"string","required":true,"description":"其他输出文件压缩包完整路径"}]
output_params	[{"name":"outputDir","type":"string","description":"本次任务输出的工作目录(输出文件都生成在此路径下)"},{"name":"primaryOutputPath","type":"string","description":"主输出文件"},{"name":"compressedOutputPath","type":"string","description":"其他输出文件压缩包路径"}]
tag	数据转换
disciplinary_field	化工

功能概述

该算子基于 OpenBabel 实现分子格式转换和3D构象生成功能。支持多种化学分子文件格式之间的相互转换，并可从 SMILES 或 2D 结构生成带三维坐标的3D结构。

核心功能

• 格式转换: 在 .smi、.mol、.xyz、.gjf、.sdf 等格式之间转换
• 3D构象生成: 从 SMILES 或 2D 结构生成带坐标的 3D 结构

支持的文件格式

输入格式：.smi, .mol, .xyz, .gjf, .sdf 等 OpenBabel 支持的所有格式

输出格式：.xyz, .mol, .gjf, .sdf 等 OpenBabel 支持的所有格式

使用示例

命令行调用

# 普通格式转换：smi转xyz
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/acetic.smi \
  --outType xyz \
  --isGen3d false \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/acetic.xyz \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# 生成3D构象：smi转xyz
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/acetic.smi \
  --outType xyz \
  --isGen3d true \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/acetic.xyz \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# mol转gjf格式
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/molecule.mol \
  --outType gjf \
  --isGen3d false \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/molecule.gjf \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# xyz转sdf格式并生成3D
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/molecule.xyz \
  --outType sdf \
  --isGen3d true \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/molecule.sdf \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

参数说明

参数	类型	必填	默认值	说明
inputPath	string	是	-	输入文件完整路径，例如 /work/jobs/acetic/acetic.smi
outType	string	是	-	输出格式，例如 xyz、mol、gjf、sdf
isGen3d	bool	是	-	是否生成3D构象
outputDir	string	是