lark-paper-reader

name	lark-paper-reader
description	将学术论文整理为飞书注释文档。触发语境："帮我读/翻译这篇论文""上传到飞书""arxiv://xxx 注释""给这篇 paper 做笔记"。
metadata	{"requires":{"bins":["lark-cli"],"skills":["lark","ph-paper-helper"]}}

lark-paper-reader

将一篇论文变成一份可直接阅读的飞书注释文档：中文翻译 + 原图 + 公式推导 + 术语解释 + 参考文献展开，全部自动完成，最终存入统一的飞书文件夹。

前置条件

本 skill 依赖两个已有 skill，请先确认它们已就绪：

1. lark：飞书认证、文档操作、Drive 上传。执行 lark-cli auth status 确认已登录，所需 scope 见 lark skill § 0。
2. ph-paper-helper：论文导入与 MinerU 全文解析。PH_MINERU_TOKEN 等环境变量配置见 ph-paper-helper skill 的「环境变量」一节。

lark-cli auth status   # 确认飞书已登录
uv run --project ~/project/ph2 ph --version           # 确认 ph 可用（alias ph='uv run --project ~/project/ph2 ph'）

⚠️ 子代理模型（强制要求，不得更改）

本 skill 通过 pi --print 调用子代理时，必须严格使用以下模型，不允许 agent 自行替换或「纠正」：

子代理 pane	必须使用	严禁使用
para-summarizer（Step 2.5 段落摘要）	axonhub/gpt-5.4	gpt-4.1、gpt-4o、o4-mini、任何低于 5.4 的版本
doc-reviewer（Step 8-3 视觉验证）	axonhub/gemini-3.1-pro-preview	gemini-2.5-pro、gemini-2.0、任何低于 3.1 的版本

Agent 注意：gpt-4.1 和 gemini-2.5-pro 是已淘汰的旧版本。若你认为上表的模型 ID 不存在或不熟悉，请原样保留，不要替换为你认为「更安全」的模型。

---

输入解析

接受以下任意格式：

• arXiv ID：2604.14010 或 arxiv://2604.14010
• arXiv URL：https://arxiv.org/abs/2604.14010
• DOI：doi://10.48550/arXiv.2604.14010

统一转为 ph URI 格式（arxiv://ID 或 doi://XXX）再处理。

工作流总览

输入论文 ID/URL
     │
     ▼
Step 0  重复检测                        ← 搜索飞书是否已有同 arXiv ID 的文档
     │   已有则提示用户确认，避免重复创建
     ▼
Step 1  ph import + ph fetch --force   ← MinerU 解析 PDF，获取带图 Markdown
     │   等待 fetch_state=done
     ▼
Step 1.5  建立术语表                    ← 扫描 full.md，分类术语，写入 glossary.md
     │   A类（有共识）直接译，B类（专有）用「中文（英文）」格式
     ▼
Step 2  翻译正文                        ← 中文翻译，写入 /tmp/<arxiv_id>_zh.md
     │   全文遵循术语表，同一术语只有一种译法
     │   分多次写入避免工具超限
     ▼
Step 2.5  启动段落摘要子代理（异步）    ← herdr pane_split，gpt-5.4 处理语义载荷段落
     │   与 Step 3/4 并行，Step 5 前同步
     ▼
Step 3  lark-cli docs +create          ← 在飞书个人文档库创建文档（默认 my_library）
     │   --title 只设 Drive 文件名；内部 page title block 默认为 Untitled
     │
     ▼
Step 3-title  修复文档内部标题          ← drive files patch 修改标题（可靠）
     │
     ▼
Step 3-meta  写入论文元信息块             ← 在文档最前端插入原文地址/创建时间/元数据 callout
     │
     ▼
Step 3.5  公式渲染替换                  ← 扫描 $$...$$ / $...$ → <equation> XML 块
     │   详见 references/formulas.md
     ▼
Step 4  插入图片 + 删除占位符           ← 逐张 docs +media-insert
     │   插入后 block_delete 占位符块
     ▼
Step 5  添加注释层                      ← 详见 references/annotate.md
     │   callout（公式推导/具象化/引用/疑问/代码）
     │   comment（术语/段落摘要，段落摘要由子代理预计算）
     ▼
Step 5.5  代码仓库集成（可选）          ← 论文有开源代码时执行
     │   克隆仓库 → 阅读核心模块 → 以 callout 内嵌代码块注入文档
     ▼
Step 6  展开关键参考文献                ← ph fetch 被引论文，inline callout
     │
     ▼
Step 7  质量检查                        ← 详见 references/qc.md
     │   检测重复图片/评论/callout
     ▼
Step 8  视觉验证（必须）                ← 导出 PDF → pdftoppm 转图 → 视觉模型逐页审查
         发现公式未渲染、XML 裸标签、排版异常等脚本检测不到的问题

---

Step 0：重复检测（必须）

在开始任何工作前，先搜索飞书是否已有同一篇论文的归档文档，避免重复创建：

ARXIV_ID=<arxiv_id>   # 例： 2508.05004

# 搜索飞书文档（结果在 results 字段，不是 items）
result=$(lark-cli docs +search --query "$ARXIV_ID" --as user 2>&1)

python3 - <<'PYEOF'
import json, sys

with open('/dev/stdin') as f:
    pass  # placeholder
EOF

# 实际写法：
python3 -c "
import json, subprocess, sys
result = subprocess.run(
    ['lark-cli', 'docs', '+search', '--query', '$ARXIV_ID', '--as', 'user'],
    capture_output=True, text=True
)
d = json.loads(result.stdout)
matches = [
    r for r in d.get('data', {}).get('results', [])
    if '$ARXIV_ID' in r.get('title_highlighted', '')
    or '$ARXIV_ID' in r.get('summary_highlighted', '')
]
if matches:
    print(f'\u26a0️  已找到 {len(matches)} 个同 ID 的文档:')
    for m in matches:
        title = m.get('title_highlighted', '').replace('<h>', '').replace('</h>', '')
        url   = m.get('result_meta', {}).get('url', '')
        print(f'  {title}')
        print(f'  {url}')
    print('\u5982需重新创建，请确认并告知。')
    sys.exit(1)   # 中止流程。agent 应向用户展示已有文档并询问是否继续
else:
    print('✓ 未发现重复文档，继续。')
"

搜索有延迟（通常 < 10 分钟）：对于少于 1 小时前创建的文档，搜索可能还未建索引，此情况正常返回 0 结果。不过已有记录的论文（比如之前操作过的）应该能被搜到。

---

Step 1：获取带图全文

# 导入（自动拉取纯文本）
ph import --input arxiv://2604.14010

# 触发 MinerU（获取带图 Markdown）
ph fetch --paper-id arxiv://2604.14010 --force

# 轮询等待完成
until ph fetch --paper-id arxiv://2604.14010 2>&1 | grep -q '"fetch_state": "done"'; do
  sleep 15
done

# 获取带图内容
ph fetch --paper-id arxiv://2604.14010 --include-content

MinerU 完成后，从返回结果推导 PAPER_DIR（不要手动拼路径）：

# 从 ph fetch 返回的 full_text_path 推导目录，兼容 dot/underscore/版本后缀
FULL_MD=$(uv run --project "$HOME/project/ph2" ph fetch \
  --paper-id arxiv://$ARXIV_ID --include-content \
  | python3 -c 'import json,sys; print(json.load(sys.stdin)["result"][0]["full_text_path"])')
PAPER_DIR=$(dirname "$FULL_MD")
echo "Paper dir: $PAPER_DIR"
ls "$PAPER_DIR/"          # 应有 full.md + images/ 目录
ls "$PAPER_DIR/images/"   # 若为空则说明第一次 fetch 有问题，--force 重跑

如果 images/ 目录为空：说明 MinerU 结果未同步，执行 ph fetch --force 重新触发。详见 references/fetch.md。

---

Step 1.5：建立术语表

翻译开始前必须先完成此步骤，确保全文术语一致。

扫描步骤

读取 full.md，提取所有：

• 论文自创的方法名/模块名（如 Evolving Parameter Isolation、Skill Library）
• 无固定中文译名的新兴概念（如 agent swarm、continual pre-training）
• 论文中反复出现的缩写（EPI、PEFT、SFT、LoRA 等）
• 数据集和模型名（通常保留英文，确认即可）

术语分类规则

类别	判断标准	翻译格式
A类（有共识）	中文学界已有约定译名（如"注意力机制"、"灾难性遗忘"、"微调"）	直接使用中文，不注英文
B类（论文专有/无共识）	作者自创术语，或中文有多种译法且未形成共识	首次出现用「中文（英文全称）」，后续只写中文
C类（保留英文）	专有名词、模型名、数据集名（GPT-4、MMLU、LoRA）	直接使用英文，不强行翻译

输出格式

写入 /tmp/<arxiv_id>_glossary.md：

# 术语表 | <论文标题>

## A类：有共识，直接译（不注原文）
| 英文 | 中文译名 |
|------|---------|
| catastrophic forgetting | 灾难性遗忘 |
| fine-tuning | 微调 |
| attention mechanism | 注意力机制 |

## B类：无共识/论文专有（首次出现格式：中文（英文全称））
| 英文 | 中文译名 | 首次出现格式 |
|------|---------|-------------|
| Evolving Parameter Isolation | 演化参数隔离 | 演化参数隔离（Evolving Parameter Isolation，EPI） |
| skill library | 技能库 | 技能库（skill library） |
| agent swarm | 代理群 | 代理群（agent swarm） |

## C类：保留英文
- GPT-4、LLaMA-3、LoRA、DoRA、MMLU、HellaSwag

B类首次出现后：后续段落只写中文译名，不重复注英文。缩写（EPI）在首次展开后可单独使用。

---

Step 2：翻译

逐节翻译，保留：

• 所有公式（原样保留 LaTeX，不翻译符号）
• 图表位置标记（[图X位置] 占位，稍后由 Step 4 替换为实际图片）
• 节标题层级

翻译原则：

• 严格遵循术语表（Step 1.5 生成的 /tmp/<arxiv_id>_glossary.md）：同一术语全文只使用一种译法，不可一处用 A 一处用 B
• B类术语格式：首次出现用「中文（英文全称，缩写）」完整格式，后续只写中文
• A类术语：直接使用中文，不需要注英文
• C类（专有名词/模型名）：保留英文，不强行翻译
• 不压缩信息，逐节完整翻译
• 附录完整翻译在末尾，不做前置处理
• 公式必须保留 LaTeX 原文：独立公式写为独立行 $$...$$（前后空行），行内公式写为 $...$。严禁将 LaTeX 转为 Unicode 符号（如把 $\sum$ 写成 ∑，把 $\pi_ heta$ 写成 π_θ）——Unicode 符号无法被 Step 3.5 识别，公式将永久以纯文字形式残留在文档里

存为临时文件，分多次写入避免 write 工具超限：

# 第1块：用 write 工具写入标题+摘要+第1节（约80-100行）
# 第2块起：用 bash append 追加
cat >> /tmp/<arxiv_id>_zh.md << 'CHUNKN'
...下一段译文...
CHUNKN
echo "当前行数：$(wc -l < /tmp/<arxiv_id>_zh.md)"

每块约 80–120 行（约 3000 字），结束后打印当前行数确认写入成功。

---

Step 2.5：启动段落摘要子代理（异步）

翻译写入完毕后，立即在后台 pane 启动子代理处理长段落摘要。子代理与主流程的 Step 3、4 并行运行，Step 5 前同步结果。

异步启动

用 herdr 工具依次执行：

{ "action": "pane_split", "pane": "current", "direction": "down", "newPane": "para-summarizer" }

{
  "action": "run",
  "pane": "para-summarizer",
  "command": "pi --print --model axonhub/gpt-5.4 --thinking off --tools read,bash --system-prompt ~/.agents/skills/lark-paper-reader/agents/paragraph-summarizer.prompt.md --no-skills --no-context-files --no-extensions --no-session 'ZH_MD=/tmp/<arxiv_id>_zh.md OUTPUT=/tmp/<arxiv_id>_summaries.json'"
}

不等待，立即继续执行 Step 3。

子代理定义详见 agents/paragraph-summarizer.md。

---

Step 3：创建飞书文档

统一存放在固定文件夹（PAPER_FOLDER_TOKEN）：

标题说明（重要）： --api-version v2 --doc-format markdown 走的是飞书 Drive 导入 API。--title 只设置 Drive 文件名（文件列表里显示的名字），不更新文档内部的 page title block（文档顶部那个大标题，默认显示为 "Untitled"）。文档创建后须执行下方 Step 3-title 修复内部标题。

# 首选：存到个人文档库，之后可在飞书里手动移动到目标文件夹
cd /tmp && lark-cli docs +create \
  --api-version v2 \
  --title "<论文标题> | arXiv <ID>" \
  --doc-format markdown \
  --content @<arxiv_id>_zh.md \
  --parent-position my_library \
  --as user

# 如果有固定文件夹 token（从飞书网页 URL /drive/folder/<token> 获取）：
# cd /tmp && lark-cli docs +create \
#   --api-version v2 \
#   --title "<论文标题> | arXiv <ID>" \
#   --doc-format markdown \
#   --content @<arxiv_id>_zh.md \
#   --parent-token "<FOLDER_TOKEN>" \
#   --as user

--api-version v2 仅在 docs +create 时需要（启用 Markdown 建文档）。其他所有命令（fetch、update、block 操作）使用默认 v1，不要加此 flag，否则可能触发 EOF 错误。

---

Step 3-title：修复文档内部标题（必须）

--api-version v2 --doc-format markdown 创建的文档，内部 <title> 元素默认为 "Untitled"。该元素的 id 是文档 id 本身（不是 doxcn... 块 id），无法通过 block_replace 修改。必须用 drive files patch：

DOC=<document_id>
PAPER_TITLE="<论文标题> | arXiv <ID>"

lark-cli drive files patch \
  --params "{\"file_token\":\"$DOC\",\"type\":\"docx\"}" \
  --data "{\"new_title\":\"$PAPER_TITLE\"}" \
  --as user 2>&1 | python3 -c "
import json,sys
d=json.load(sys.stdin)
if d.get('code')==0: print('✓ 内部标题已修复')
else: print('✗ 修复失败:', d)
"

此命令同时修改飞书文档顶部显示的标题（内部 page title）与 Drive 文件列表中的文件名。

如果返回 code: 0 表示成功。验证：lark-cli docs +fetch --doc "$DOC" --detail full --doc-format xml --as user 返回的 XML 将显示 <title id="...">$PAPER_TITLE</title>。

---

Step 3-meta：写入论文元信息块

文档创建完成后，立即在文档最前端（封面标题块之后）插入一个包含论文元信息的 callout。这是读者进入文档第一眼看到的路标。

DOC=<document_id>
ARXIV_ID=<arxiv_id>  # 例: 2604.24827

# 获取论文元数据（已在 Step 1 import 时入库）
META=$(uv run --project ~/project/ph2 ph fetch \
  --paper-id arxiv://$ARXIV_ID 2>&1)

TITLE=$(echo "$META" | python3 -c \
  'import json,sys; d=json.load(sys.stdin); print(d["result"][0]["title"])')
AUTHORS=$(echo "$META" | python3 -c \
  'import json,sys; d=json.load(sys.stdin); print(d["result"][0]["authors"])')
YEAR=$(echo "$META" | python3 -c \
  'import json,sys; d=json.load(sys.stdin); print(d["result"][0].get("year",""))')

# 当前时间（精确到分钟）
CREATED=$(date '+%Y-%m-%d %H:%M')

然后用 block_insert_after 将元信息 callout 插入到封面标题块之后：

# 先 fetch XML 找到标题块 id
lark-cli docs +fetch --doc "$DOC" --detail full --doc-format xml --as user \
  > /tmp/lark_meta_tmp.json

TITLE_BLOCK=$(python3 -c "
import json, re
with open('/tmp/lark_meta_tmp.json') as f:
    c = json.load(f)['data']['document']['content']
# 飞书文档第一个块通常是 page title´
first = re.search(r'<page[^>]*id=\"(doxcn[^\"]+)\"', c)
if first: print(first.group(1))
else:
    # 退而求其次：找文档第一个 h1
    h1 = re.search(r'<h1[^>]*id=\"(doxcn[^\"]+)\"', c)
    if h1: print(h1.group(1))
")

lark-cli docs +update --doc "$DOC" \
  --command block_insert_after \
  --block-id "$TITLE_BLOCK" \
  --content "<callout emoji=\"📄\" background-color=\"light-gray\" border-color=\"gray\">
<p><b>论文标题</b>：$TITLE</p>
<p><b>作者</b>：$AUTHORS</p>
<p><b>年份</b>：$YEAR</p>
<p><b>原文地址</b>：https://arxiv.org/abs/$ARXIV_ID</p>
<p><b>论文 PDF</b>：https://arxiv.org/pdf/$ARXIV_ID</p>
<p><b>本文档创建时间</b>：$CREATED</p>
</callout>" \
  --doc-format xml \
  --as user

注意：若飞书文档没有 <page> 块，就用文档第一个 h1 块的 block-id 作为插入点。元信息 callout 应位于导读 callout（Step 5a）之前。

---

Step 3.5：公式渲染替换

飞书 markdown 上传不渲染 LaTeX——$$...$$ 和 $...$ 以字面字符串写入文档。本步骤将它们替换为飞书原生 <equation> XML 块。

详细语法和完整脚本见 references/formulas.md。

DOC=<document_id>

# 先 fetch 最新 XML
lark-cli docs +fetch --doc "$DOC" --detail full --doc-format xml --as user   > /tmp/lark_formula_pass.json

# 运行公式替换（独立公式 + 行内公式）
python3 ~/.agents/skills/lark-paper-reader/references/formulas.md
# ↑ 实际执行时把脚本内容粘贴到 python3 -c 或单独 .py 文件中运行

如果 zh.md 里公式已被写成 Unicode（∑、π_θ 等），本步骤无法恢复——需回到 Step 2 重新翻译该部分，保留 LaTeX 格式后重建文档。

---

Step 4：插入图片

只插入 full.md 中实际引用的图片，images/ 目录中未被引用的文件（MinerU 中间裁切图、附录图等）一律不插。

PAPER_DIR=<从 Step 1 得到的目录>
DOC=<document_id>

# 先解析 full.md 中的图片引用顺序（见 references/fetch.md § 解析图片顺序）
# 对每张 full.md 引用的图片：
cd "$PAPER_DIR/images"    # 必须先 cd 到 images 目录
lark-cli docs +media-insert \
  --doc "$DOC" \
  --file "<hash>.jpg" \
  --caption "<图X：论文图注中文翻译>" \
  --selection-with-ellipsis "<图片前后唯一定位文本>" \
  --align center \
  --as user

图片定位策略：

1. 优先用图片之前的段落末句作为 --selection-with-ellipsis 的锚点
2. 若段落文字在文档中有歧义（多次出现），改用 start...end 省略号语法唯一定位
3. 插入后立即验证（检查返回的 block_id 是否正常）

详细流程见 references/images.md。

插入后删除占位符

图片插入完毕后，必须删除翻译时写入的 [图X位置] 占位符块，否则文档中会出现裸文字残留：

DOC=<document_id>

# 一次性找出所有占位符 block 并删除
lark-cli docs +fetch --doc "$DOC" --detail full --doc-format xml --as user \
  > /tmp/lark_placeholders.json

python3 -c "
import json, re
with open('/tmp/lark_placeholders.json') as f:
    content = json.load(f)['data']['document']['content']
matches = re.findall(r'id=\"(doxcn[^\"]+)\">(\[图\d+位置\])<', content)
for bid, text in matches:
    print(f'{bid}  {text}')
"
# 对每个返回的 block_id 执行：
lark-cli docs +update --doc "$DOC" \
  --command block_delete --block-id <placeholder_block_id> --as user

---

Step 5：添加注释层

按三层结构添加注释。覆盖率要求见 references/annotate.md，必须先建立扫描列表再逐元素处理。

5-PRE. 建立待处理列表（必须先做）

Step 5 正式开始前，fetch 文档 XML，提取所有需要标注的元素，建立清单后再逐一处理：

DOC=<document_id>

# 先将输出存文件，再用 python3 heredoc 处理（pipe + heredoc 会导致 stdin 冲突）
lark-cli docs +fetch --doc "$DOC" --detail full --doc-format xml --as user \
  > /tmp/lark_doc_scan.json

python3 << 'EOF'
import json, re

with open('/tmp/lark_doc_scan.json') as f:
    content = json.load(f)['data']['document']['content']

# 章节列表（用于确认 ❓ callout 覆盖）
sections = re.findall(r'<h[23][^>]*id="(doxcn[^"]+)"[^>]*>([^<]+)<', content)
print("=== 章节 ===")
for bid, title in sections:
    print(f"  [{bid}] {title}")

# 长段落（>80字，参考用——段落摘要已由子代理批量处理）
long_ps = re.findall(r'<p[^>]*id="(doxcn[^"]+)"[^>]*>(.{80,}?)</p>', content, re.DOTALL)
print(f"\n=== 长段落: {len(long_ps)} 个 ===")
for bid, text in long_ps[:5]:
    print(f"  [{bid}] {text[:50].strip()}...")
print(f"  (共 {len(long_ps)} 个，段落摘要由子代理预计算；此处确认覆盖情况)")
EOF

把章节列表逐条检查 callout 覆盖情况，处理完一个在列表里划掉一个，不允许凭印象跳过。

5a. 导读块（文档开头）

在标题/副标题之后插入 block_insert_after：

<callout emoji="📍" background-color="light-blue" border-color="blue">
  <h3>导读指南</h3>
  <p><b>核心问题：</b>...</p>
  <p><b>作者答案：</b>...</p>
  <h3>预备知识速查</h3>
  <li><b>关键术语1</b>：...</li>
  ...
</callout>

5b. Callout 块（内联注释，插在各位置后）

覆盖率硬性要求和每类 callout 的格式，详见 references/annotate.md。

emoji	类型	插入时机
💡	公式推导/直觉解释	方法章节每个公式块之后（必须，无例外）
🌉	具象化示例	每个抽象方法步骤/阶段描述之后（见 annotate.md § 🌉）
📖	引用背景	被引用 ≥2 次或作为对比 baseline 的文献首次出现时
🔧	实现要点	每个算法框/伪代码块之后（含代码块）
❓	读者常见疑问	语义密度高、读者可能困惑、作者有言外之意的任意位置（不限于实验节）

🔧 类型的 callout 可以内嵌代码块，将说明和代码封装在同一视觉容器（具体语法见 Step 5.5 § 3）。

block_replace 支持一次替换为多个顶层块，可用来把「旧 callout」替换为「新 callout + 独立 pre 块」，或直接替换为「含 pre 的 callout」：

# 将 OLD_CALLOUT_ID 替换为：新 callout（含嵌入代码块）
lark-cli docs +update --doc "$DOC" \
  --command block_replace \
  --block-id "OLD_CALLOUT_ID" \
  --content '<callout emoji="🔧" background-color="light-gray" border-color="gray">
<h3>标题</h3>
<p>说明文字</p>
<pre lang="python"><code>代码内容</code></pre>
</callout>' \
  --doc-format xml --as user

5c. Comment（边注，不打断阅读）

Step 5 开始前：等待子代理完成（Step 2.5 启动的 para-summarizer pane）：

{ "action": "wait_agent", "pane": "para-summarizer", "statuses": ["done", "idle"], "timeout": 300000 }

检查子代理输出：

if [ -f /tmp/<arxiv_id>_summaries.json ]; then
  python3 -c "import json; d=json.load(open('/tmp/<arxiv_id>_summaries.json')); print(f'子代理完成，共 {len(d)} 条段落摘要')"
else
  echo '子代理未产出结果，将手动处理段落摘要'
fi

段落摘要（优先使用子代理预计算结果）

import subprocess, json

DOC = "<document_id>"
summaries_path = "/tmp/<arxiv_id>_summaries.json"

with open(summaries_path) as f:
    summaries = json.load(f)

for item in summaries:
    content_json = json.dumps(
        [{"type": "text", "text": item["comment"]}],
        ensure_ascii=False
    )
    result = subprocess.run(
        ["lark-cli", "drive", "+add-comment",
         "--doc", DOC, "--type", "docx",
         "--selection-with-ellipsis", item["para_start"],
         "--content", content_json, "--as", "user"],
        capture_output=True, text=True
    )
    status = "✓" if result.returncode == 0 else "✗"
    print(f"{status} {item['para_start'][:30]}")

如果子代理未产出结果（JSON 不存在或为空），回退到手动逐段添加。

术语注释（手动处理，子代理不负责）

content_json = json.dumps([{"type": "text", "text": "注释内容"}], ensure_ascii=False)
subprocess.run(["lark-cli", "drive", "+add-comment",
    "--doc", DOC, "--type", "docx",
    "--selection-with-ellipsis", "<唯一定位文本>",
    "--content", content_json, "--as", "user"])

触发时机：每个专业术语第一次出现时 → 简短定义（1-2 句）

---

Step 5.5：代码仓库集成（可选）

若论文摘要或 Introduction 中出现 GitHub 链接，或 abstract 含「code is available」字样，在 Step 5 完成后执行本步骤。

1. 克隆仓库

GITHUB_URL="https://github.com/<org>/<repo>"   # 从论文中提取
cd /tmp && git clone --depth 1 "$GITHUB_URL" paper_code 2>&1 | tail -3
find /tmp/paper_code -name "*.py" | grep -v __pycache__ | sort | head -40

2. 建立代码架构地图（先于阅读任何文件）

在阅读任何代码文件之前，先在文档开头（导读块之后）插入一个架构地图 callout。这是读者进入代码时的「地图」，让孤立的代码片段有了定位感。

# 生成目录树
find /tmp/paper_code -name "*.py" | grep -v __pycache__ | sort | head -30
# 找核心模块（内存/技能/策略等）
find /tmp/paper_code -name "*.py" | xargs grep -l "class.*Memory\|class.*Skill\|def.*distill\|def.*evolve" 2>/dev/null

用 read 工具逐一阅读关键文件后，在文档中插入架构地图：

<callout emoji="🗺️" background-color="light-blue" border-color="blue">
<h3>代码仓库架构地图</h3>
<p><b>仓库：</b>github.com/org/repo</p>
<p><b>阅读顺序：</b>按下面的顺序读，每个文件负责论文的哪个部分一目了然</p>
<li><b>path/to/core.py</b>：对应论文 §3.1，核心数据结构（技能/记忆定义）</li>
<li><b>path/to/train.py</b>：对应论文 §3.2，训练主循环（调用 core.py）</li>
<li><b>path/to/retrieve.py</b>：对应论文 §3.3，检索/更新逻辑</li>
<p><b>数据流（一次训练步骤）：</b></p>
<p>输入样本 → train.py:step() → core.py:update() → retrieve.py:lookup() → 输出梯度</>
忽略这些文件（框架胶水代码）：trainer/, verl/, utils/logging.py

3. 定位关键实现文件并插入代码 callout

对应正文中每个关键方法步骤（公式、算法伪代码），在其后用 block_insert_after 或 block_replace 插入代码 callout。

每个代码 callout 必须包含三部分：①论文公式/步骤的映射说明，②带行内注释的代码，③前置条件和后置结果（代码调用这个函数时「进来是什么状态」「出去是什么状态」）：

<callout emoji="🔧" background-color="light-gray" border-color="gray">
<h3>代码：函数名（path/to/file.py）</h3>
<p><b>对应论文：</b>公式(3) / Algorithm 1 第2行 / §3.2 第二段</p>
<p><b>调用前状态：</b>输入是 X（形状/类型），上下文变量 Y 已初始化</p>
<pre lang="python"><code>def key_function(x, context):
    # Step 1: 对应论文公式(3)左半部分——计算 Q
    q = self.query_proj(x)          # [B, D]
    # Step 2: 对应论文公式(3)右半部分——检索 K
    scores = torch.einsum('bd,nd->bn', q, context.keys)  # [B, N]
    # Step 3: 对应论文中的 softmax 归一化
    weights = F.softmax(scores / self.temp, dim=-1)      # [B, N]
    return weights @ context.values  # 输出 [B, D]</code></pre>
<p><b>调用后状态：</b>返回聚合后的值向量，用于后续的残差连接</p>
</callout>

若有多段代码，在同一 callout 内放多个 <pre> 即可。关键语法：

✅ <pre lang="python"><code>...</code></pre> 可直接嵌入 <callout> 内，生成带语法高亮的代码块。 ❌ <p><code>...</code></p> 是行内等宽字体，不要用。

---

Step 6：展开关键参考文献（1-hop）

识别论文中被直接对比或作为理论基础的关键引用（通常 3-5 篇），用 ph 获取全文，inline 插入 callout：

# 搜索并导入被引论文
ph search --query "<标题关键词>" --max-results 3
ph fetch --paper-id <paper_id> --include-content

只展开高价值引用（被引用超过 2 次、或在方法对比中出现）。展开格式：

<callout emoji="📖" background-color="light-green" border-color="green">
  <h3>被引文献：Wang et al. 2025 — 本文最重要的对比基线</h3>
  <p><b>论文：</b>标题</p>
  <p><b>核心思路：</b>...</p>
  <p><b>与本文的关系：</b>...</p>
</callout>

---

Step 7：质量检查

完成后执行自动检查，详见 references/qc.md：

DOC=<document_id>

# 0. 覆盖率检查（先存文件再处理，避免 pipe+heredoc stdin 冲突）
lark-cli docs +fetch --doc $DOC --detail full --doc-format xml --as user \
  > /tmp/lark_qc.json

python3 << 'EOF'
import json, re
from collections import Counter

with open('/tmp/lark_qc.json') as f:
    c = json.load(f)['data']['document']['content']

callout_emojis = re.findall(r'emoji="([^"]+)"', c)
for emoji, label in [('💡','公式推导'), ('🌉','具象化'), ('❓','读者疑问'), ('📖','引用背景'), ('🔧','代码')]:
    print(f"{emoji} {label}: {callout_emojis.count(emoji)}")

long_paras = re.findall(r'<p[^>]*>(.{80,}?)</p>', c, re.DOTALL)
print(f"长段落数(参考，段落摘要由子代理预计算): {len(long_paras)}")

if callout_emojis.count('🌉') == 0:
    print("!! WARNING: 没有任何 🌉 具象化示例 callout，请检查方法章节")
if callout_emojis.count('💡') < 2:
    print("!! WARNING: 💡 公式推导 callout 少于 2 个，请检查是否遗漏")
if callout_emojis.count('❓') == 0:
    print("!! WARNING: 没有 ❓ 读者疑问 callout，请检查全文（方法/实验/分析均可触发）")
EOF

# 1. 获取 XML 全文，统计图片和重复
lark-cli docs +fetch --doc $DOC --detail full --doc-format xml --as user \
  > /tmp/lark_qc.json

python3 -c "
import json, re
from collections import Counter
with open('/tmp/lark_qc.json') as f:
    c = json.load(f)['data']['document']['content']
imgs = re.findall(r'<img[^>]+>', c)
names = [re.search(r'name=\"([^\"]+)\"', i).group(1) for i in imgs if re.search(r'name=', i)]
cnt = Counter(names)
print(f'Images: {len(imgs)}')
for nm, n in cnt.items():
    if n > 1: print(f'!! DUPLICATE: {nm}')
h3s = re.findall(r'<h3[^>]*>([^<]+)</h3>', c)
hcnt = Counter(h3s)
for h, n in hcnt.items():
    if n > 1: print(f'!! DUPLICATE H3: {h}')
print('OK' if not any(n > 1 for n in cnt.values()) else 'ISSUES FOUND')
"


lark-cli drive file.comments list \
  --params  \
  --as user > /tmp/lark_comments.json

python3 -c 

修复重复：

# 删除重复图片 block
lark-cli docs +update --doc $DOC \
  --command block_delete --block-id <dup_block_id> --as user

# 将重复评论标记为 resolved
lark-cli drive file.comments patch \
  --params "{\"file_token\":\"$DOC\",\"file_type\":\"docx\",\"comment_id\":\"<id>\"}" \
  --data '{"is_solved":true}' --as user

---

Step 8：视觉验证（必须）

Step 7 的脚本检查只能发现 XML 层面的结构问题（重复 block、占位符残留等）。视觉验证通过视觉模型逐页阅读 PDF，能发现脚本盲区：公式渲染失败、callout 内 $...$ 未渲染、XML 标签裸露、图片缺失/乱序、字符转义异常等。本步骤为必须步骤，不可跳过。

8-1. 导出 PDF

DOC=<document_id>

# 导出（在目标目录执行，lark-cli 要求相对路径）
cd /tmp && lark-cli drive +export \
  --token "$DOC" \
  --doc-type docx \
  --file-extension pdf \
  --output-dir . \
  --overwrite \
  --as user
# 若提示 unsafe path，先确认 cd 到了目标目录

若 export 因路径问题失败并返回 file_token，用 +export-download 单独下载：

cd /tmp && lark-cli drive +export-download \
  --file-token "<export_file_token>" \
  --file-name "output.pdf" \
  --output-dir "." \
  --overwrite --as user

8-2. PDF 转图片

PDF_PATH="/tmp/output.pdf"
OUT_DIR="/tmp/doc_pages"
mkdir -p "$OUT_DIR"

# 用 pdftoppm（推荐，poppler-utils）
pdftoppm -r 150 -png "$PDF_PATH" "$OUT_DIR/page"

# 或用 pymupdf（Python）
# python3 -c "import fitz; doc=fitz.open('$PDF_PATH'); [doc[i].get_pixmap(dpi=150).save('$OUT_DIR/page-%02d.png'%(i+1)) for i in range(len(doc))]"

ls "$OUT_DIR/" | wc -l   # 确认页数

8-3. 视觉模型逐页审查

在 herdr 子 pane 中调用视觉模型，必须使用 axonhub/gemini-3.1-pro-preview，不得替换为 gemini-2.5-pro 或旧版本：

{ "action": "pane_split", "pane": "current", "direction": "down", "newPane": "doc-reviewer" }

{
  "action": "run",
  "pane": "doc-reviewer",
  "command": "pi --print --model axonhub/gemini-3.1-pro-preview --thinking off --tools read,bash --no-skills --no-context-files --no-extensions --no-session '你是飞书文档质检员。请逐页阅读 /tmp/doc_pages/ 下的所有 PNG，检查以下问题并输出报告：1.公式渲染：是否有「无效公式」红色标记、或公式显示为 LaTeX 字符串（如 \\mathcal{J}）2.图片：是否正常显示、是否有乱序或缺失 3.Callout：📍💡🌉❓📖🔧 是否正常渲染为彩色方块 4.排版：段落间距、标题层级是否正常 5.其他视觉异常：乱码、重复内容、XML 标签裸露等。每页一行简短描述，最后给出需要修复的问题列表（优先级：高/中/低）。'"
}

等待子代理完成：

{ "action": "wait_agent", "pane": "doc-reviewer", "statuses": ["done", "idle"], "timeout": 300000 }

然后读取报告：

{ "action": "read", "pane": "doc-reviewer", "lines": 100, "source": "recent-unwrapped" }

8-4. 常见视觉问题修复

公式渲染失败（「无效公式」红标）

通常是 <latex> 块内含双重转义的 HTML 实体（< 应为 <）：

# fetch XML → 找所有 <latex> 内含 &amp;lt;/&amp;gt; 的块 → 修复
import json, re, subprocess, html as html_mod

DOC = "<document_id>"
with open('/tmp/lark_qc.json') as f:
    c = json.load(f)['data']['document']['content']

for m in re.finditer(r'<p[^>]*id="(doxcn[^"]+)"[^>]*>(.*?)</p>', c, re.DOTALL):
    bid, inner = m.group(1), m.group(2)
    if '&amp;lt;' not in inner and '&amp;gt;' not in inner:
        continue
    def fix_latex(lm):
        return '<latex>' + lm.group(1).replace('&amp;lt;','&lt;').replace('&amp;gt;','&gt;') + '</latex>'
    fixed = re.sub(r'<latex>(.*?)</latex>', fix_latex, inner, flags=re.DOTALL)
    subprocess.run(['lark-cli','docs','+update','--doc',DOC,
        '--command','block_replace','--block-id',bid,
        '--content',f'<p>{fixed}</p>','--doc-format','xml','--as',],
        capture_output=)
    ()

Callout 内公式显示为字符串（$...$ 未渲染）

Callout XML 内的公式必须用 <latex> 标签，不能用 $...$。修复：

# 找所有含 $...$ 的段落（在 callout 内）→ 转为 <latex> 标签
for m in re.finditer(r'<p[^>]*id="(doxcn[^"]+)"[^>]*>(.*?)</p>', c, re.DOTALL):
    bid, inner = m.group(1), m.group(2)
    if '$' not in inner:
        continue
    # 按 XML 标签拆分，只对纯文字部分做替换
    parts = re.split(r'(<[^>]+>)', inner)
    new_inner = ''
    for part in parts:
        if part.startswith('<'):
            new_inner += part
        else:
            new_inner += re.sub(r'\$([^$<]+?)\$',
                lambda lm: f'<latex>{html_mod.escape(lm.group(1))}</latex>', part)
    if new_inner != inner:
        subprocess.run(['lark-cli','docs','+update','--doc',DOC,
            '--command','block_replace','--block-id',bid,
            '--content',f'<p>{new_inner}</p>','--doc-format','xml','--as','user'],
            capture_output=True)
        print(f'✓ fixed $ [{bid}]')

XML 标签裸露（<text>、</equation> 出现在文档正文中）

原因：block_replace 时提交了 <p><text>...</text><equation>...</equation></p> 格式，lark-cli 不识别 <text> 子元素，把 XML 当字面字符串写入。修复：找出含 <text> 的段落，解码后用 <latex> 重建：

broken = re.findall(r'id="(doxcn[^"]+)"[^>]*>((?:[^<]|<(?!/?p[> ]))*&lt;(?:text|equation)[^<]*)', c, re.DOTALL)
for bid, raw in broken:
    decoded = html_mod.unescape(raw)
    # <text>X</text> → X，<equation inline="true">X</equation> → <latex>X</latex>
    fixed = re.sub(r'</?text[^>]*>', '', decoded)
    fixed = re.sub(r'<equation\s+inline="true">(.*?)</equation>',
        lambda lm: f'<latex>{html_mod.escape(lm.group(1))}</latex>', fixed, flags=re.DOTALL)
    subprocess.run(['lark-cli','docs','+update','--doc',DOC,
        '--command','block_replace','--block-id',bid,
        '--content',f'<p>{fixed}</p>','--doc-format','xml','--as','user'],
        capture_output=True)
    print(f'✓ fixed bare-tag [{bid}]')

---

前置配置（由各 skill 负责）

• 飞书认证 & 文件夹：由 lark 管理。确认已 lark-cli auth status。Step 3 默认使用 --parent-position my_library；如需指定文件夹，通过飞书网页 URL /drive/folder/<token> 获取 token，替换 --parent-position 为 --parent-token <token>。
• MinerU token（PH_MINERU_TOKEN）：由 ph-paper-helper 管理。未配置时 ph fetch 无法解析 PDF 图片，降级为纯文本模式。

---

飞书 XML 已知行为（避坑）

场景	正确做法
docs +create --api-version v2 的 --title	只设 Drive 文件名，不更新内部 page title（默认 Untitled）；内部 <title> 元素的 id = 文档 id 本身，无法用 block_replace 修改
独立公式块	<equation>LaTeX</equation> 顶层块 ✅
行内公式（lark-cli 写入时）	<p>文字<latex>LaTeX</latex>文字</p>，直接用 <latex> 标签 ✅
行内公式（飞书 XML 返回格式）	<p>文字<latex>LaTeX</latex>文字</p>，读取与写入格式一致
lark-cli 上传 markdown 的公式	$...$ 和 $$...$$ 会被自动转为 <latex> 标签，无需手动转换
callout 内的公式	必须用 <latex>LaTeX</latex>，不能用 $...$（markdown 公式在 callout XML 里不渲染）
<p> 内的 <text> 子元素	block_replace 时不要在 <p> 内加 <text> 包裹——lark-cli 不识别此结构，会把整段 XML 当字面字符串写入
LaTeX 中含 < > &	在 XML 中用 &lt; &gt; &amp; 转义一次；不要 html.escape() 已经转义的内容（否则 &lt; → &amp;lt; 双重转义，渲染失败）
callout 内嵌代码块	<pre lang="python"><code>...</code></pre> 放在 <callout> 内 ✅
多行代码块	<pre lang="..."><code>...</code></pre>，不要用 <p><code>
一次替换为多块	block_replace 的 --content 可包含多个顶层 XML 块 ✅
图片 caption 可访问文本	caption 在 <img> 属性里，str_replace 不会误改
str_replace 返回结构	result 字段在 data.result，不在顶层
文档内部跳转链接	格式在 内仍会打开新 Tab，

错误处理

错误	原因	处理
images/ 目录为空	第一次 MinerU 结果未落地	ph fetch --force 重新触发
selection-with-ellipsis 找不到	文本在 callout 里已出现	换用更唯一的上下文文本或 block_id
comment 重复	相同 selection 成功两次	file.comments patch is_solved=true 关闭其中一个
图片重复	+media-insert 执行了两次	docs +update block_delete 删除多余 block
--content JSON 报错	shell 引号问题	用 python3 生成 JSON 再传给 subprocess
占位符残留	忘记 Step 4 收尾	fetch XML 找 [图\d+位置] block_id 后 block_delete
公式「无效公式」红标	<latex> 内含 &amp;lt; 双重转义	见 Step 8-4 修复脚本
Callout 公式显示为 $...$ 字符串	callout XML 内误用 markdown $ 语法	见 Step 8-4 修复脚本
XML 标签（<text>）裸露在正文	block_replace 时提交了含 <text> 子元素的 <p>	见 Step 8-4 修复脚本
drive +export 报 unsafe path	lark-cli 要求相对路径	先 cd 到目标目录再执行