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Generate comprehensive R statistical method tutorials (regression, survival analysis, causal inference, Bayesian stats) with theory + practice workflow. Use when: (1) User requests statistical method tutorials, (2) File names match 10xx-*.rmd pattern, (3) Keywords: PSM, Cox, Meta-analysis, RCS, multilevel models, SEM, PCA, LCA.

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KangWang42/R_note_for_Epidemiology
Last source activity
January 26, 2026 at 05:25
Detected SKILL.md language
Chinese
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section-statistics
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Generate comprehensive R statistical method tutorials (regression, survival analysis, causal inference, Bayesian stats) with theory + practice workflow. Use when: (1) User requests statistical method tutorials, (2) File names match 10xx-*.rmd pattern, (3) Keywords: PSM, Cox, Meta-analysis, RCS, multilevel models, SEM, PCA, LCA.
## 核心任务 生成统计分析方法类教程 (.rmd/.qmd),确保理论背景、模型假设、完整分析流程与结果解释并重。 ## 快速启动 (Quick Start) 1. **确定方法**: 如 "泊松回归 (Poisson Regression)"。 2. **加载模板**: 阅读 [content-structure.md](references/content-structure.md) 获取 YAML 和标题结构。 3. **生成内容**: 遵循 "通俗解释 -> 理论 -> 代码 -> 解读" 流程。 4. **视觉设计**: 参考 [visual-templates.md](references/visual-templates.md) 生成封面图和原理示意图。 5. **质量检查**: 使用 [quality-checklist.md](references/quality-checklist.md) 验证导航更新。 ## 完整工作流程 ### 步骤0: 文件编号分配 (CRITICAL - 避免重复) **在创建任何文件前,必须先确定可用编号!** 1. **检查现有编号**: ```bash ls doc/10*.rmd doc/10*.qmd | sort | tail -20 ``` 2. **选择下一个可用编号**: - 找到当前最大编号 (如 1099) - 新文件使用下一个编号 (如 1100,上一个编号+1) - **绝对禁止**: 使用已存在的编号! 3. **编号冲突检测**: ```bash # 检查是否有重复编号 ls doc/10*.rmd doc/10*.qmd | sed 's/.*\///;s/-.*//' | sort | uniq -d # 如果有输出,说明存在重复编号,必须先解决 ``` 4. **命名规范**: - 格式: `10[number]-[topic].rmd` - 示例: `1100-distributions.rmd` - 禁止: 同一编号用于不同主题 ### 步骤1: 逐部分生成教程内容(CRITICAL - 分段生成策略) **⚠️ 重要:教程内容超过 300 行时必须分段生成,避免一次性输出过长内容。** **分段生成流程**: 1. **第一部分**:生成 YAML 头部 + Setup + 方法背景 + 核心原理 + 数据准备(约 150-200 行) 2. **第二部分**:追加模型构建 + 结果解释 + 模型诊断(约 150-200 行) 3. **第三部分**:追加进阶应用 + 常见问题 + 参考文献(约 100-150 行) 4. **验证完整性**:确认所有必需章节都已包含 **使用工具追加内容**: - 推荐使用 `edit` 工具在特定位置插入 - 或使用 `bash` 的 `cat >> file.rmd << 'EOF'` 追加 - 每次追加后用 `wc -l` 检查行数 **内容生成要求**: - **必须包含**: `## 方法背景与适用场景` 到 `## 参考文献` 的标准章节结构 - **零基础通俗解释**: 必须在开头用生活化类比解释核心原理 - **可复现性**: 所有随机操作必须设置种子 `set.seed(2026)` ### 步骤1.5: 生成配图并在文章中引用(CRITICAL) **⚠️ 必须完成的两步操作**: **第一步:生成图片文件** 1. **封面图 (MANDATORY)**: - 路径:`doc/images/[number]-[topic]-cover.svg` - 风格:学术、专业、与方法相关 2. **文内示意图 (MANDATORY - 每篇至少 1 张)**: - 路径:`doc/images/diagrams/stat-*.svg` - 格式:**必须使用 SVG 格式**(扩展名必须是 .svg) - **尺寸要求**(CRITICAL): - **推荐标准尺寸**: `viewBox="0 0 1400 800"` (宽 1400, 高 800) - **对比表格图**: 1400×800~1400×900 (横向宽幅) - **决策树**: 1400×800 (横向布局,避免过高导致显示不全) - **流程图**: 1200×600~1400×800 (横向流程) - **DAG因果图**: 1000×700~1200×800 - ⚠️ **避免**: 过高的纵向布局 (如 1000×1100),会导致显示不全 - 用途:**原理示意、流程图、对比表、决策树** - 示例场景: - 统计方法选择决策树 - 模型假设检验流程图 - 多种方法对比表格 - 因果推断DAG图 - 分析步骤流程图 **第二步:在文章中引用图片(CRITICAL)** ⚠️ **生成图片后必须立即在文章相应位置添加 Markdown 引用!** ```markdown ## 方法选择指南 ![统计方法选择决策树](images/diagrams/stat-decision-tree.svg) **决策说明**:上图展示了如何根据数据类型和研究目的选择合适的统计方法。 ``` **插入位置建议**: - 方法对比图 → "方法背景与适用场景"章节 - 流程图 → "完整分析流程"章节 - DAG图 → "因果推断"相关章节 - 假设检验图 → "模型诊断"章节 **验证图片引用**: ```bash grep "!\[.*\](images/diagrams/" doc/[number]-[topic].rmd ``` ### 步骤2: 验证渲染 (CRITICAL) 在提交前必须进行本地渲染验证,确保代码可运行且格式正确。 ```bash # 渲染单文件验证内容 quarto render doc/10[number]-[topic].rmd # 确保无报错、包缺失或格式问题 ``` **安装依赖**: 若渲染过程中提示缺少 R 包,请先安装: ```r # 示例:安装常用统计包 install.packages(c("survival", "MatchIt", "lme4", "brms", "mediation")) ``` ### 步骤3: 更新导航系统 (CRITICAL) 必须执行以下步骤,否则新文章无法在网站侧边栏和分类页显示。 **⚠️ 更新导航前务必验证**: - 确认新文件已成功渲染 - 确认文件编号无冲突 - 确认YAML元数据正确 1. **更新 `doc/_quarto.yml`**: - 找到 `sidebar` -> `contents` -> `统计分析方法` 部分。 - 添加 new 条目,**严格遵守 14 空格缩进**: ```yaml - text: "方法名称" href: "10xx-filename.rmd" ``` 2. **更新 `doc/0001-guide.rmd`**: - 在对应分类的表格中添加一行,保持索引同步。 3. **运行自动生成脚本 (MANDATORY)**: - 此脚本会根据 `_quarto.yml` 更新 `sections/statistics.qmd` 等分类索引页。 ```bash # 在项目根目录下运行 workdir="doc" Rscript doc/generate_sections.R ``` 4. **更新 `README.md`**: - 在 `🧭 内容导航` -> `📐 统计分析方法` 的对应表格中添加链接。 ### 步骤4: 最终渲染与提交 1. **重新渲染受影响页面**: ```bash quarto render doc/sections/statistics.qmd quarto render doc/index.qmd ``` 2. **提交代码**: ```bash git add doc/10xx-*.rmd doc/images/[topic]-cover.svg git add doc/_quarto.yml doc/0001-guide.rmd README.md doc/sections/statistics.qmd git commit -m "feat(stat): 新增[方法名称]统计教程" ``` ## 写作规范 - **内容标准**: - **详细度**: 内容必须详尽,起到深入教程的作用。 - **篇幅**: 不少于 300 行 (Not less than 300 lines)。 - **比例**: 文字说明约占 70%,代码约占 30% (70% text, 30% code)。 - **结构**: 必须提前构建全面的内容框架,然后根据框架填充详细内容。 - **代码**: 优先使用 `pkg::fn()` 调用函数;必须提供完整的模拟数据生成代码。 - **解读**: 结果解读必须涵盖统计显著性与实际意义。 - **视觉**: SVG 标注必须全部使用中文。 ## 代码块与表格格式规范 (CRITICAL) ### 图片居中 (MANDATORY) **在 setup chunk 中设置全局图片居中**: ```r knitr::opts_chunk$set( echo = TRUE, message = FALSE, warning = FALSE, fig.align = 'center' # 所有图片居中 ) ``` **或在单独代码块中设置**: ```r ```{r plot-name, fig.align='center', fig.width=8, fig.height=6} # 图表代码 ``` ``` ### 表格字体大小 (MANDATORY) **所有 gt 表格必须设置合适的字体大小,避免表格过小难以阅读**: ```r tibble(...) |> gt() |> tab_options( table.font.size = px(14), # 表格字体 14px data_row.padding = px(8) # 行间距 8px ) |> tab_style( style = cell_fill(color = "#E8F4F8"), locations = cells_column_labels() ) ``` **推荐字体大小**: - 常规表格:`px(14)` - 大型对比表:`px(13)` - 简洁表格:`px(15)` **必须添加的 tab_options 参数**: - `table.font.size`: 控制整体字号 - `data_row.padding`: 控制行间距,提升可读性 - `column_labels.font.size`: (可选) 单独设置表头字号 ## 参考资源 - [content-structure.md](references/content-structure.md): 详细内容模板与标题规范。 - [visual-templates.md](references/visual-templates.md): SVG 封面与示意图模板库。 - [quality-checklist.md](references/quality-checklist.md): 完整质量检查与导航更新指南。 - [method-comparison.md](references/method-comparison.md): 统计方法对比表。
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