pubmed-export-citations

name	pubmed-export-citations
description	Export citations to reference managers. Triggers: 匯出, export, RIS, BibTeX, EndNote, Zotero, Mendeley, 引用格式, reference manager

引用匯出指南

快速決策樹

需要匯出引用？
├── EndNote/Zotero/Mendeley → prepare_export(pmids="last", format="ris")
├── LaTeX/Overleaf → prepare_export(pmids="last", format="bibtex", source="local")
├── Excel 分析 → prepare_export(pmids="last", format="csv", source="local")
└── 程式處理 → prepare_export(pmids="last", format="csl")

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工具簽名

prepare_export(
    pmids: str | list,      # "last" | "12345678,87654321" | ["12345678"]
    format: str = "ris",    # ris, medline, csl, bibtex, csv, json
    include_abstract: bool = True,
    source: str = "official"  # "official" (推薦) | "local"
)

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來源選項對比

來源	支援格式	品質	何時使用
official (預設)	ris, medline, csl	★★★★★	📌 優先選擇，官方 API
local	ris, bibtex, csv, medline, json	★★★★	BibTeX/CSV 專用

💡 建議: 除非需要 BibTeX 或 CSV，否則使用預設的 source="official"

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格式選擇指南

用途	格式	來源	範例
EndNote/Zotero/Mendeley	ris	official	prepare_export(pmids="last", format="ris")
LaTeX/Overleaf	bibtex	local	prepare_export(pmids="last", format="bibtex", source="local")
Excel/數據分析	csv	local	prepare_export(pmids="last", format="csv", source="local")
程式處理 (styled)	csl	official	prepare_export(pmids="last", format="csl")
備份保存	medline	official	prepare_export(pmids="last", format="medline")

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常用範例

1. 匯出上次搜尋結果 (最常用)

# 先搜尋
search_literature(query="remimazolam sedation", limit=30)

# 匯出到 EndNote/Zotero（官方 API，最佳品質）
prepare_export(pmids="last", format="ris")

2. 匯出指定 PMID

prepare_export(pmids="30217674,28523456,35678901", format="ris")

3. LaTeX 專用 BibTeX

# BibTeX 只支援 local source
prepare_export(pmids="last", format="bibtex", source="local")

4. 資料分析 CSV

prepare_export(pmids="last", format="csv", source="local")

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輸出格式

成功回應

{
    "status": "success",
    "article_count": 10,
    "format": "ris",
    "source": "official",
    "export_text": "TY  - JOUR\nAU  - Doi, Mitsuharu\n..."
}

大量匯出（>20篇）

{
    "status": "success",
    "article_count": 50,
    "format": "ris",
    "source": "official",
    "file_path": "/tmp/pubmed_exports/pubmed_export_50_20250126.ris"
}

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RIS 格式範例（官方 API 輸出）

TY  - JOUR
DB  - PubMed
AU  - Doi, Mitsuharu
AU  - Hirata, Nobuhiro
T1  - Remimazolam versus midazolam for procedural sedation
LA  - eng
SN  - 1528-1175
Y1  - 2020/01/01
AB  - BACKGROUND: Remimazolam is a novel benzodiazepine...
SP  - 63
EP  - 74
VL  - 132
AN  - 30217674
UR  - https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30217674
DO  - 10.1097/ALN.0000000000002435
ER  -

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各軟體匯入

軟體	步驟
EndNote	File → Import → 選 RIS → Import Option: "RefMan RIS"
Zotero	File → Import → 選 RIS (自動識別)
Mendeley	File → Import → RIS
Overleaf	上傳 .bib 檔案 → \cite{Author2020}

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完整工作流程

# Step 1: 搜尋
search_literature(query="remimazolam ICU sedation", limit=50)

# Step 2: 匯出到 EndNote（官方 API）
prepare_export(pmids="last", format="ris")

# Step 3: 同時匯出 CSV 到 Excel 篩選
prepare_export(pmids="last", format="csv", source="local")

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常見問題

問題	解決方案
需要 BibTeX	使用 source="local"
匯出失敗	系統會自動 fallback 到 local
缺少摘要	確認 include_abstract=True (預設)
大量匯出	>20篇自動存檔，回傳 file_path