literature-review

name	literature-review
description	系統性文獻搜尋、篩選、下載、整理。觸發：文獻回顧、找論文、搜尋文獻、systematic review、literature search、PubMed、找文章、搜paper、review、reference、citation、引用、參考文獻、背景調查、background。

系統性文獻回顧

適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題 不適用：快速查一篇 → 直接 unified_search | 只需整理 → format_references

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工具速查

pubmed-search MCP

類別	工具	說明
搜尋	unified_search	主要文獻搜尋入口
	generate_search_queries	MeSH + 同義詞材料
	parse_pico	解析 PICO 臨床問題
	read_session(action="pmids")	取回 PMID + 去重
探索	find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references	引用網路
	get_citation_metrics	iCite RCR 排序
全文	get_fulltext(pmcid)	取得 OA 全文
	analyze_fulltext_access(pmids)	確認 OA 狀態
Session	read_session(action="pmids") / get_session_log	取回搜尋結果
匯出	prepare_export	RIS/BibTeX

asset-aware-mcp（全文解析）

類別	工具	說明
解析	ingest_documents(file_paths)	PDF 結構化解析（雙引擎）
	parse_pdf_structure(file_path)	Marker 高精度解析
狀態	get_job_status(job_id)	追蹤非同步處理進度
瀏覽	inspect_document_manifest(doc_id)	取得完整資產清單
	list_section_tree(doc_id)	文件章節結構
提取	get_section_content(doc_id, section_path)	取得特定段落內容
	fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id)	取得圖表等資產
知識圖	consult_knowledge_graph(query)	跨文獻 RAG 查詢

mdpaper 儲存文獻

方法	說明
save_reference_mcp(pmid) ✅	永遠優先 MCP-to-MCP 驗證
save_reference(article) ⚠️	FALLBACK 僅 API 不可用

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工作流

1. 環境準備 — project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md
2. 搜尋策略 — 一般主題：generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素
3. 並行搜尋 — 多組 unified_search() 同時呼叫 → read_session(action="pmids") → PMID/DOI 去重
4. 評估擴展 — <20 篇 expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")
5. 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→ save_reference_mcp(pmid)
6. 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻： a. analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results") c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據
7. Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）： a. get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：
   • 步驟 a 的完整全文內容
   • 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落
   • 指示 subagent 最後呼叫 save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score) c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）
8. 匯出 — format_references() + prepare_export(format="ris")
9. 更新記憶 — 寫 .memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）

決策點

時機	選擇
建立專案 or 探索？	先探索熟悉文獻
關鍵字 or PICO？	比較性問題用 PICO
結果數量	50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮
篩選方式	<30 逐篇，>30 用 RCR 排序