| name | pipeline-persistence |
| description | Pipeline persistence — save, load, and reuse structured search plans. Triggers: pipeline, 管道, search plan, 搜尋計畫, 重複搜尋, saved search, 排程, schedule, workflow, DAG |
Pipeline 持久化 — 結構化搜尋計畫管理
描述
將複雜的搜尋流程保存為可重複使用的 Pipeline YAML 配置。支援：
- 從模板快速建立（PICO、comprehensive、exploration、gene_drug）
- 自訂 DAG（有向無環圖）多步驟管道
- 雙層儲存（workspace + global）
- 自動驗證 + 激進式自動修正（21 條規則）
觸發條件
- 「把這個搜尋存起來」、「建立搜尋計畫」
- 「每週跑一次這個搜尋」、「保存這個 pipeline」
- 「列出我的管道」、「上次的搜尋可以再跑嗎」
- 「把剛才的搜尋轉成 search plan」
🌟 快速開始
方法 1: 用模板（最簡單）
save_pipeline(
name="icu_remimazolam_vs_propofol",
config="""
template: pico
params:
P: ICU patients requiring sedation
I: remimazolam
C: propofol
O: delirium incidence, sedation quality
""",
tags="anesthesia,sedation,ICU",
description="Weekly monitoring: remimazolam vs propofol ICU sedation"
)
unified_search(pipeline="saved:icu_remimazolam_vs_propofol")
方法 2: 自訂 DAG（完整控制）
save_pipeline(
name="brca1_comprehensive",
config="""
steps:
- id: expand
action: expand
params:
topic: BRCA1 breast cancer
- id: pubmed
action: search
params:
query: BRCA1 breast cancer
sources: pubmed
limit: 50
- id: expanded
action: search
inputs: [expand]
params:
strategy: mesh
sources: pubmed,openalex
limit: 50
- id: merged
action: merge
inputs: [pubmed, expanded]
params:
method: rrf
- id: enriched
action: metrics
inputs: [merged]
output:
format: markdown
limit: 30
ranking: quality
""",
tags="genetics,oncology",
description="BRCA1 breast cancer comprehensive search with MeSH expansion"
)
6 個 MCP 工具
save_pipeline — 保存管道
save_pipeline(
name="weekly_remimazolam",
config="<YAML or JSON>",
tags="tag1,tag2",
description="...",
scope="auto"
)
自動修正範例：
action: "find" → 自動修正為 action: "search"（別名解析）action: "serach" → 自動修正為 action: "search"（模糊匹配）- 缺少 step ID → 自動生成
step_1, step_2...
- 重複 step ID → 自動重命名
s1 → s1_2
- 循環依賴 → 自動移除問題引用
list_pipelines — 列出管道
list_pipelines()
list_pipelines(tag="ICU")
list_pipelines(scope="workspace")
load_pipeline — 載入管道
load_pipeline(source="weekly_remimazolam")
load_pipeline(source="file:path/to/pipeline.yaml")
delete_pipeline — 刪除管道
delete_pipeline(name="old_search")
get_pipeline_history — 查看執行歷史
get_pipeline_history(name="weekly_remimazolam", limit=5)
schedule_pipeline — 排程（Phase 4 尚未實作）
schedule_pipeline(name="weekly_remimazolam", cron="0 9 * * 1")
4 個內建模板
pico — PICO 臨床問題
template: pico
params:
P: ICU patients requiring sedation
I: remimazolam
C: propofol
O: delirium incidence
sources: pubmed
limit: 20
自動產生的 DAG：
pico → search_p ──┐
→ search_i ──┤
→ search_c ──┼→ merged → enriched
comprehensive — 多資料庫 + MeSH 擴展
template: comprehensive
params:
query: CRISPR gene therapy safety
sources: pubmed,openalex,europe_pmc
limit: 30
min_year: 2020
自動產生的 DAG：
expand → search_expanded ──┐
search_original ──┼→ merged → enriched
exploration — 種子論文探索
template: exploration
params:
pmid: "33475315"
limit: 20
自動產生的 DAG：
related ──┐
citing ──┼→ merged → enriched
refs ──┘
gene_drug — 基因/藥物搜尋
template: gene_drug
params:
term: BRCA1
sources: pubmed,openalex
limit: 20
min_year: 2020
10 個可用 Action
| Action | 說明 | 主要參數 |
|---|
search | 文獻搜尋 | query, sources, limit, min_year, max_year |
pico | Agent-provided PICO handoff search | P, I, optional C, recommended O |
expand | MeSH/同義詞擴展 | topic |
details | 取得文章詳情 | pmids |
related | 相關文章 | pmid, limit |
citing | 引用文章 | pmid, limit |
references | 參考文獻 | pmid, limit |
metrics | iCite 引用指標 | （從 inputs 取得） |
merge | 合併結果 | method: union / intersection / rrf |
filter | 過濾結果 | min_year, max_year, article_types, min_citations, has_abstract |
雙層儲存模型
Workspace scope (.pubmed-search/pipelines/)
├── 每個專案獨立
├── 可納入 git 追蹤
└── 團隊共享
Global scope (~/.pubmed-search-mcp/pipelines/)
├── 跨專案共用
├── 個人偏好
└── 通用模板
解析順序： workspace 優先 → global fallback
生產級範例
範例 1: 週報搜尋 — 麻醉藥物監控
name: weekly_anesthesia_monitoring
steps:
- id: search_remimazolam
action: search
params:
query: remimazolam
sources: pubmed,europe_pmc
limit: 50
min_year: 2024
- id: search_dex
action: search
params:
query: dexmedetomidine ICU sedation
sources: pubmed
limit: 50
min_year: 2024
- id: merged
action: merge
inputs: [search_remimazolam, search_dex]
params:
method: union
- id: filtered
action: filter
inputs: [merged]
params:
has_abstract: true
article_types: "Journal Article,Clinical Trial,Randomized Controlled Trial"
[]
範例 2: 種子論文深度探索
name: explore_landmark_paper
steps:
- id: seed_details
action: details
params:
pmids: "33475315"
- id: related
action: related
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: citing
action: citing
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: refs
action: references
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: merged
action: merge
inputs: [related, citing, refs]
params:
method: rrf
- id: enriched
action: metrics
[]
範例 3: 系統性文獻回顧 — SGLT2 + 心衰竭
name: sglt2_heart_failure_review
steps:
- id: pico
action: pico
params:
P: Type 2 diabetes with heart failure
I: SGLT2 inhibitors
C: standard care
O: hospitalization, mortality
- id: mesh_expand
action: expand
params:
topic: SGLT2 inhibitors heart failure outcomes
- id: search_pico_p
action: search
inputs: [pico]
params:
element: P
sources: pubmed,europe_pmc
limit: 100
- id: search_pico_i
action: search
inputs: []
[]
[, , ]
[]
[]
Agent 產生 Pipeline 的最佳實踐
將對話搜尋轉為 Pipeline
Agent 在完成一次成功搜尋後，可以：
save_pipeline(
name="auto_from_session",
config="""
steps:
- id: main_search
action: search
params:
query: "<剛才的查詢>"
sources: pubmed,openalex
limit: 50
- id: enriched
action: metrics
inputs: [main_search]
output:
limit: 20
ranking: balanced
""",
description="Auto-generated from search session"
)
常見模式
| 場景 | 推薦模板 | 說明 |
|---|
| 臨床問題 A vs B | pico | Agent 提供 P/I/C/O；後端執行含 O 的 precision/recall 搜尋 |
| 主題綜合搜尋 | comprehensive | 多源 + MeSH 擴展 |
| 已知重要論文 | exploration | 三方向探索（related/citing/refs） |
| 基因/藥物研究 | gene_drug | 詞彙擴展 + 多源 |
| 複雜工作流 | 自訂 DAG | 完全控制每個步驟 |
