DuIvySkills

DuIvyProcedures (DIP) 批量分析软件使用指南。当 Agent 需要使用 DIP 但不清楚命令或配置方法时调用。核心特性：YAML 配置驱动，一条命令批量分析多条轨迹，自动出图出数据。功能覆盖 34 个模块：(1) 基础分析 - RMSD、RMSF、Gyrate、SASA；(2) 高级分析 - DCCM、PCA、FEL、dPCA；(3) 相互作用分析 - 氢键、盐桥、π-π堆积、π-阳离子、疏水接触、RDF、RDCM、密度图；(4) 降维分析 - MSM、tICA、tSNE、UMAP；(5) 其他 - DSSP 二级结构、聚类分析、距离矩阵、密度分布、用户自定义模块。分为 GROMACS 依赖模块（gmx_ 前缀，13 个）和纯 Python 模块（21 个）。适用场景：批量处理多条轨迹、一次运行多个分析。

DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作 - 查看、合并、提取原子组；(4) 统计分析 - 平均值、标准差、分布、相关性；(5) 拉马钱德兰图绘制；(6) 数据格式转换 - 导出为 CSV/DAT。支持 matplotlib、plotly、gnuplot、plotext 四种绘图引擎。

蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC 修正 - 消除周期性边界伪影，居中蛋白质/配体；(2) RMSD 分析 - 测量结构稳定性和模拟收敛性；(3) RMSF 分析 - 评估每个残基的灵活性；(4) 回转半径分析 - 评估蛋白质紧密性和折叠状态；(5) SASA 分析 - 研究溶剂可及性和表面性质；(6) DCCM 分析 - 动态互相关矩阵，研究原子间相关运动；(7) RDCM 分析 - 残基距离接触矩阵，分析残基间空间关系；(8) PCA 分析 - 主成分分析，识别集体运动和构象变化；(9) FEL 分析 - 自由能景观映射，使用 RMSD/Gyrate 或 PCA 作为反应坐标。包含分析间的依赖关系说明（如 FEL 依赖 PCA 或 RMSD/Gyrate 结果）。

GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖：(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr；(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun；(3) 轨迹处理 - trjconv（PBC修正、格式转换）、trjcat（轨迹拼接）；(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar；(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist；(6) 结构分析 - covar、anaeig（PCA）、mdmat、sham（FEL）；(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion；(8) 工具 - xpm2ps、check、wham。强调优先使用 gmx <command> -h 查看本地帮助。