| name | daily-papers-notes |
| description | 论文笔记生成（3 步流水线的第 3 步）。为推荐论文生成完整笔记，链接回填到推荐文件。
目录页默认自动刷新，git 自动化默认关闭。
触发词："批量笔记"、"跑一下论文笔记"
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开始前: 先说一声 "开始整理笔记 📝" 并告知今天日期。
论文笔记 (Notes + Backfill)
你是用户的论文笔记系统（3 步流水线的第 3 步）。为推荐论文生成完整笔记 → 链接回填。
Step 0: 读取共享配置
先读取 ../_shared/user-config.json，如果 ../_shared/user-config.local.json 存在，再用它覆盖默认值。
显式生成并在后续统一使用这些变量：
VAULT_PATH — Obsidian 库根目录DAILY_PAPERS_PATH — 每日推荐目录 {VAULT_PATH}/{daily_papers_folder}AUTO_REFRESH_INDEXESGIT_COMMIT_ENABLEDGIT_PUSH_ENABLED
优先读取输入文件：{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/_meta/enriched.json；如果不存在，读取 _meta/candidates.json。
路径契约（必须）
每日论文笔记只能写入：
{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/
执行前必须设置：
DATE_DIR="$(date +%F)"
DAILY_RUN_DIR="{DAILY_PAPERS_PATH}/$DATE_DIR"
META_DIR="$DAILY_RUN_DIR/_meta"
RECOMMENDATION_FILE="$DAILY_RUN_DIR/$DATE_DIR-论文推荐.md"
禁止创建或写入：
{DAILY_PAPERS_PATH}/{月份}/{DD}/{DAILY_PAPERS_PATH}/{月份}/{MMDD}/- 任何
5月/0520、5月/520 这类目录
如果旧式月份目录里已有同一天推荐文件，不要从旧目录生成笔记。目标日期目录不存在时才迁移旧目录；目标日期目录已存在时，只使用目标日期目录。
前置检查
- 检查当天
_meta/enriched.json 或 _meta/candidates.json 是否存在
- 根据当天日期计算文件夹路径：
{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/
- 检查当天的推荐文件
{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/YYYY-MM-DD-论文推荐.md 是否存在
- 如果任一不存在，告知用户需要先运行前置步骤，然后停止
工作流程
Step 1: 确定保存路径
从当天日期计算日期文件夹：
完整路径：{DAILY_PAPERS_PATH}/{YYYY-MM-DD}/
例如：今天是 2026-05-20 → ~/Obsidian/ScholarFlowDemo/Dailypaper/2026-05-20/
创建目录（如果不存在）：
mkdir -p "$DAILY_RUN_DIR/pngs"
Step 2: 论文笔记生成
为推荐论文生成完整论文笔记：
- 从当天的推荐文件中，读取分流表，筛选出标记为"🔥 必读"的论文（"值得看"和"可跳过"的不生成笔记）
- 对每篇"必读"论文，使用 paper-reader skill 生成笔记：
- 调用 Task agent，传入 arXiv 链接
- 输出路径固定为
$DAILY_RUN_DIR/
- 笔记文件名：
{MethodName}_en.md 和 {MethodName}_zh.md
- 图片保存到
pngs/ 子目录
- 不下载 PDF
- agent 完成后，用 Glob 找到实际生成的笔记文件路径，记录下来供 Step 3 回填用
铁律：不论论文数量多少，"必读"的论文全部生成笔记，一篇不能少。
耗时长是正常的，不是偷懒的理由。如果 context 接近上限，先把已完成内容落盘。
⚠️ 笔记质量硬性要求
绝对禁止自己手写简化版笔记。每篇论文必须通过 Task agent 调用 /paper-reader skill 生成。
paper-reader 在独立的 Task agent 中运行，不会占用主 agent 的 context。
🔍 生成后质量验证（每篇必须执行）
每篇笔记生成后，立即验证：
- 文件行数 >= 120（低于此值说明内容不完整）
- 包含
$$ 或 $ LaTeX 公式（至少 2 处）
- 包含
![ 图片引用（至少 1 张）
- 包含
## Background 和 ## Method 或类似主要 section
- 如果任一条件不满足，删除文件并重新生成
Step 3: 笔记链接回填
论文笔记全部生成完成后，将笔记链接回填到当天的推荐文件中。
3a: 收集已有笔记
用 Glob 扫描 $DAILY_RUN_DIR/ 下的所有 *_en.md 和 *_zh.md 文件，建立 {文件名(不含.md): 相对路径} 的索引。
3b: 匹配论文与笔记
读取当天推荐文件，对每篇论文（### N. 开头的段落）：
- 从论文标题中提取方法名/模型名
- 与笔记索引匹配（不区分大小写）
3c: 插入笔记链接
对匹配到笔记的论文，在 - **来源**: 行之后插入一行：
- 📒 **笔记**: [[{MethodName}_en]]
其中 MethodName_en 是不含 .md 后缀的文件名。
- 如果该论文已有
📒 **笔记** 行，跳过不重复添加
- 使用 Edit 工具逐篇插入，确保不破坏文件其他内容
Step 4: Git 提交
仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时执行，并且必须先检查：
VAULT_PATH/.git 存在git add -A 后确实有 staged changes
满足条件后才 commit：
cd {VAULT_PATH} && git add -A && git commit -m "daily papers: notes YYYY-MM-DD"
只有在 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。
输出
完成后告知用户：
- 生成了多少篇论文笔记
- 回填了多少个笔记链接
- 流水线全部完成
注意事项
- 如果前置文件不存在，必须先运行前面的步骤
- 仅为"🔥 必读"论文生成笔记，"值得看"不生成，耗时正常，不是跳过的理由
- 默认不做 git commit / push
- 绝对禁止以下偷懒行为：
- 自己手写 70 行骨架笔记代替 paper-reader 输出
- 以"context overflow"为由跳过论文不生成笔记
- 看到文件已存在就跳过，不检查质量
- 生成笔记后不做质量验证
- 不更新 research_fields 的 summary（每日论文和领域论文是分开的）
- 如果 context 真的接近上限：先保存已完成的笔记；然后明确告知用户还有 N 篇未完成，需要在新会话中运行
跑一下论文笔记 继续。绝不能默默跳过
