master-thesis-studio

name	master-thesis-studio
描述	用于中文硕士论文项目，尤其是东南大学风格 Word 模板或已有草稿的论文工作流。用户需要初始化论文工作区、确认题目和大纲、生成或续写中文章节 Markdown、管理参考文献/图表/表格/公式/代码/数据资产、清洗占位符，或通过内置 Word/XML 脚本安全生成 DOCX 时使用。
description	Use this skill for Southeast University-style master's thesis projects from a Word template or existing draft, including optional reverse parsing of an existing DOCX, user intake, outline planning, chapter drafting, academic asset management, Markdown visualization, references, figures, tables, formulas, and safe DOCX generation through the bundled Word/XML scripts.

UTF-8 Reading Guard

Most instructions in this skill are Chinese and all Markdown/JSON files are UTF-8. If Chinese text appears garbled, do not edit or reason from the garbled output. Re-read files with an explicit UTF-8 command:

python -c "from pathlib import Path; import sys; sys.stdout.reconfigure(encoding='utf-8'); print(Path('SKILL.md').read_text(encoding='utf-8'))"

For short targeted reads, prefer Python over PowerShell Get-Content:

python -c "from pathlib import Path; p=Path('references/writing_workflow.md'); print(p.read_text(encoding='utf-8'))"

Load only the needed reference file. Do not bulk-read every Markdown file unless the task is a full Skill audit.

Master Thesis Studio

这是一个面向中文硕士论文写作与 Word 自动生成的 Skill。它把论文写作流程拆成两层：

1. 写作组织层：问诊、确认题目、大纲、章节计划、资产清单、写作边界和中文学术表达。
2. Word/XML 执行层：用内置脚本把 Markdown 写入 Flat OPC XML，再生成新的 DOCX。

除非用户明确要求快速演示，否则必须先确认项目事实和写作边界，再写正文或生成 Word。

总原则

• 所有新生成的论文标题、章节标题、正文、图题、表题、摘要、说明文字默认使用中文。英文只保留在模型名、算法名、指标名、数据集名、代码路径、文件名和必要术语中。
• 不编造真实文献、实验结果、样本量、指标或数据来源。没有依据时写“待补充”“待确认”或使用占位符。
• 不覆盖原始 Word 模板。原始模板固定保存在 01_template/original_template.docx。
• 新 DOCX 只写入 10_output/。XML 中间态只写入 09_state/。
• 创建新论文项目时，必须先新建一个独立项目文件夹，并把该文件夹作为论文项目根目录；不要直接在 Skill 根目录、工作区根目录或桌面散落运行初始化。
• 初始化和后续生成命令应在该论文项目文件夹内运行，项目参数使用 .；调用脚本时使用 Skill 中 scripts/ 的绝对路径，或明确从 Skill 根目录传入项目绝对路径。
• 用户提供已有 Word 时，先确认是否需要反解析。反解析是可选入口，不是必经流程；如果用户只想把该 Word 作为格式模板，可以只初始化模板，不抽取正文内容。
• 写回 Word 前必须检查章节 Markdown、占位符、参考文献、图表和状态文件是否一致。
• 修改占位符、XML 写回、参考文献或章节 Markdown 规则前，先阅读对应 references/ 文件。

第一次响应

第一次使用本 Skill 时，不要直接写论文。先用简短问题确认：

• 论文题目是否已确定，是否需要辅助拟题。
• 学科方向、研究对象、核心方法、创新点是否已确定。
• 当前阶段：未开始、已有想法、已有部分章节、已有完整初稿、只需格式化输出。
• 用户希望的模式：快速初稿、边确认边写、续写已有内容、根据代码/数据转写、只做 Word 写回。
• 已有资产：Word、Markdown、PDF、笔记、参考文献、代码、数据、图片、表格、公式、实验记录。
• 如果已有 Word：它是“格式模板”“已有论文内容”还是“两者都是”；是否希望反解析章节、图、表、公式到项目目录。
• 如果执行反解析：反解析后想做什么，例如只盘点资产、继续写作、修订润色、补缺失章节、重新导出 Word，或做 round-trip 校验。
• 是否允许模拟数据、示例图表或示例实验结果。不允许时只能基于用户材料写作。
• 使用哪个模板。默认使用 examples/Template.docx。

确认结果必须同步写入：

• 00_project/project_manifest.md
• 00_project/thesis_master_index.md
• 00_project/decisions_log.md
• 09_state/project_state.json

阶段执行表

阶段	先阅读什么	更新或生成什么	执行什么脚本
0. 判断项目状态	项目根目录、00_project/、09_state/project_state.json、03_chapters/	判断是新项目、续写项目还是只需导出；如果是新项目，先创建独立项目文件夹并进入该文件夹	无
1. 初始化工作区	用户给定模板路径；默认模板 examples/Template.docx	在当前论文项目文件夹内生成 00_project/、01_template/、03_chapters/、04_figures/、05_tables/、06_code/、07_data/、08_refs/、09_state/、10_output/	在项目文件夹内运行：python <skill_dir>/scripts/init_thesis_workspace.py . --template <docx_path>
1A. 可选反解析已有 Word	用户确认该 Word 是已有论文内容且希望抽取内容	03_chapters/ 章节草稿、04_figures/ 真实图片、05_tables/ 表格 .md/.csv、09_state/reverse_parse_assets.json、反解析报告	python <skill_dir>/scripts/reverse_parse_docx.py <project_dir> --docx <user.docx>
2. 转换模板	01_template/original_template.docx	01_template/template.flat.xml	python scripts/flat_opc_converter.py toxml <input.docx> <output.xml>
3. 解析模板结构	references/xml_mapping_spec.md、01_template/template.flat.xml	09_state/parsed_structure.json	python scripts/parse_template_xml.py <template.flat.xml> <parsed_structure.json>
4. 生成项目控制文件	references/writing_workflow.md、assets/project_state.schema.json	00_project/*.md、初始 03_chapters/chXX_plan.md、03_chapters/chXX_draft.md、09_state/project_state.json	python scripts/generate_planning_files.py <project_dir>
5. 启动问诊和资产盘点	references/writing_workflow.md、已有 00_project/*.md、各资产 manifest	更新 project manifest、master index、decisions log、figures/tables/code/data manifest	通常无脚本，必要时手动编辑 Markdown
6. 章节计划	references/writing_workflow.md 的章节计划规则、00_project/thesis_master_index.md、相关资产	03_chapters/chXX_plan.md	通常无脚本
7. 章节正文 Markdown	03_chapters/chXX_plan.md、references/writing_workflow.md、references/placeholders.md、相关 08_refs/、06_code/、07_data/、04_figures/、05_tables/	03_chapters/chXX_draft.md 或兼容命名的 ch*.md	通常无脚本
8. 参考文献处理	references/reference_rules.md、08_refs/	规范化引用占位符和参考文献对象	python scripts/reference_tools.py format <refs.json> --style "GB/T 7714"
9. Markdown 写入 XML	references/placeholders.md、references/xml_mapping_spec.md、03_chapters/、09_state/project_state.json	09_state/current_working.xml、XML 快照、09_state/current_content_manifest.json	python scripts/apply_markdown_to_xml.py <project_dir> --out 09_state/current_working.xml
10. 生成 Word	09_state/current_working.xml	10_output/thesis_draft_v1.docx 或用户指定文件名	python scripts/build_new_docx.py <project_dir> --name thesis_draft_v1.docx
11. 校验输出	references/xml_mapping_spec.md、09_state/current_working.xml、10_output/	确认 XML 是 Flat OPC、章节数正确、DOCX 可重建	python scripts/validate_xml_docx.py <project_dir>

目录职责

• 00_project/project_manifest.md：项目事实、写作模式、用户状态、资产、缺失项和假设。
• 00_project/thesis_master_index.md：总大纲、章节状态、术语表、开放问题。
• 00_project/decisions_log.md：用户确认、重要假设、写作边界和变更记录。
• 03_chapters/：章节计划和章节正文 Markdown。
• 04_figures/figures_manifest.md：图片文件、图题、来源、章节映射、状态。
• 05_tables/tables_manifest.md：表格/数据来源、表题、章节映射、状态。
• 06_code/code_manifest.md：代码资产、可支撑的方法描述、实现细节和实验流程。
• 07_data/data_manifest.md：数据集、实验结果、指标、日志和可支撑结论。
• 08_refs/：参考文献、文献笔记、检索记录和引用元数据。
• 09_state/project_state.json：脚本写回使用的结构化项目状态。
• 09_state/current_working.xml：当前可生成 DOCX 的 Flat OPC XML。
• 09_state/reverse_parse_assets.json：可选反解析生成的真实图、表资源清单和可用性标记。
• 10_output/：最终生成的 DOCX。

何时阅读 References

• 需要问诊、选择写作模式、制定大纲、规划章节或写中文学术正文时，先读 references/writing_workflow.md。
• 需要使用或修改 [[FIG:...]]、[[TBL:...]]、[[EQ:...]]、[[SYM:...]]、[[REF:...]]、[[REF_FIG:...]]、[[REF_TBL:...]] 时，先读 references/placeholders.md。
• 需要处理参考文献格式、引用占位符、GB/T 7714 或 Word 交叉引用时，先读 references/reference_rules.md。
• 需要解析模板、反解析已有 Word、修改 XML 写回逻辑、处理标题样式、页眉页脚、分节符、图、表、公式或 DOCX 生成时，先读 references/xml_mapping_spec.md。
• 需要直接编辑 09_state/project_state.json 时，先读 assets/project_state.schema.json。

章节 Markdown 规范

文件命名

推荐命名：

• 03_chapters/ch01_plan.md
• 03_chapters/ch01_draft.md
• 03_chapters/ch02_plan.md
• 03_chapters/ch02_draft.md

兼容命名：

• 03_chapters/ch1_intro.md
• 03_chapters/ch2_literature.md
• 03_chapters/ch3_method.md
• 03_chapters/ch4_experiments.md
• 03_chapters/ch5_conclusion.md

scripts/apply_markdown_to_xml.py 的读取规则：

1. 优先读取 03_chapters/ch*_draft.md。
2. 如果没有 _draft.md，读取 03_chapters/ch*.md，但排除 *_plan.md。
3. 按文件名中的章节数字排序。
4. 根据 Markdown 的 #、##、### 重建一级、二级、三级标题结构。
5. 顶层 # 第X章 标题 只作为文件导航，写入 Word 时不会作为正文段落重复写入。

章节正文结构

新生成章节正文时使用中文标题，结构如下：

# 第1章 绪论
<!-- chapter_id: ch_1 -->

## 1.1 研究背景

这里写中文正文。正文应说明问题背景、研究意义和已有材料依据。

## 1.2 国内外研究现状

这里写中文正文。需要引用但暂无文献时，使用 [[REF:KEYWORD_PLACEHOLDER: 关键词]]。

### 1.2.1 某类方法

这里写三级小节正文。

## 1.3 本文主要工作

- 使用中文列出本文工作。
- 不写没有依据的实验指标。

章节 Markdown 的规则：

• 标题和正文默认中文。不要新生成 Chapter 1 Introduction 这类英文标题，除非用户明确要求英文论文。
• 二级标题使用 ##，三级标题使用 ###。不要在正文段落里伪造标题。
• 不要手写最终 Word 中的图号、表号、公式号或参考文献编号。
• 可以在 Markdown 中写 第1章、1.1 方便阅读；写入 Word 时默认去掉手动编号，避免模板自动编号重复。
• 已确认正文写入 chXX_draft.md。章节目标、素材、待补问题写入 chXX_plan.md，不要混在正文草稿里。
• 如果用户已有英文标题或英文草稿，先确认是翻译成中文还是保留原文。

占位符规范

写正文时使用这些占位符，不要硬编码编号：

• [[FIG:图的稳定描述]]：生成图片占位和图题。
• [[TBL:表的稳定描述]]：生成表题和真实 Word 表格。
• [[EQ:公式]]：生成显示公式和章内编号。
• [[SYM:公式或符号]]：生成行内数学符号。
• [[REF:n]]：生成参考文献交叉引用。
• [[REF:KEYWORD_PLACEHOLDER: 关键词]]：文献未补齐时的临时引用。
• [[REF_FIG:图的稳定描述]]：正文中引用图。
• [[REF_TBL:表的稳定描述]]：正文中引用表。
• [[CODE:路径或说明]]：标记代码资产需求。
• [[DATA:路径或说明]]：标记数据资产需求。

[[TABLE:...]]、[[FIGURE:...]]、[[EQUATION:...]] 可以被脚本兼容为 [[TBL:...]]、[[FIG:...]]、[[EQ:...]]，但新写内容必须使用标准形式。

写作模式

• 从零生成初稿：先读 references/writing_workflow.md，确认题目、方法、创新点、真实性边界，再生成大纲、计划和中文初稿。
• 边做边写：先写章节计划和资产 TODO，稳定章节可先写，实验结果、指标和图表缺失处标记待补。
• 续写已有论文：先确认是否反解析已有 Word。若用户同意，运行反解析并让用户查看 03_chapters/、04_figures/、05_tables/ 后，再决定续写、润色、补章节或导出。
• 资产转写论文：先读 06_code/、07_data/、04_figures/、05_tables/ 和 manifest，确认资产含义，再转写为方法、实验或结果分析。
• 格式整理与 Word 输出：先清洗 Markdown、规范占位符和引用，再执行 XML 写回、DOCX 生成和校验。
• 已有 Word 资产盘点：只抽取章节、图、表、公式和 manifest，不直接重写正文。适合用户想先了解已有论文可复用内容的情况。
• Round-trip 校验：反解析后再写回 Word，对比章节、图、表、公式和资源数量。适合验证模板兼容性或脚本改动。

写作要求

• 使用中文硕士论文语体：客观、克制、准确、逻辑清楚。
• 第一章和第二章优先依据 08_refs/、用户笔记和已有论文内容。
• 第三章优先依据代码、系统设计、算法流程、公式和用户确认的方法描述。
• 第四章优先依据真实数据、实验日志、指标表和图表。没有数据时不得编造结论。
• 第五章总结要与前文工作一致，不扩大贡献，不新增未出现的方法或实验。
• 术语必须一致。用户自定义模块名要写成“本文提出/设计/称为”，不要伪装成领域通用术语。
• 不确定内容要标记“待确认”或“待补充”，并记录到 00_project/project_manifest.md 或对应章节计划。

脚本命令

推荐流程：先创建一个新的论文项目文件夹，进入该文件夹，再运行初始化和后续命令。这样 00_project/、03_chapters/、10_output/ 等目录都会生成在这个项目文件夹里。

mkdir <project_dir>
cd <project_dir>
python <skill_dir>/scripts/init_thesis_workspace.py . --template <docx_path>

如果用户提供的是已有论文内容，并且明确希望解析它，可以直接运行可选反解析入口：

python <skill_dir>/scripts/reverse_parse_docx.py <project_dir> --docx <user_thesis.docx>

反解析完成后先让用户选择下一步：只查看资产、继续写作、修订润色、补缺失章节、重新导出 Word，或执行 round-trip 校验。不要默认立刻重写全文。

在项目文件夹内运行时，项目参数使用 .，脚本路径使用 Skill 的绝对路径：

python <skill_dir>/scripts/flat_opc_converter.py toxml 01_template/original_template.docx 01_template/template.flat.xml
python <skill_dir>/scripts/parse_template_xml.py 01_template/template.flat.xml 09_state/parsed_structure.json
python <skill_dir>/scripts/generate_planning_files.py .
python <skill_dir>/scripts/apply_markdown_to_xml.py . --out 09_state/current_working.xml
python <skill_dir>/scripts/build_new_docx.py . --name thesis_draft_v1.docx
python <skill_dir>/scripts/validate_xml_docx.py .
python <skill_dir>/scripts/reference_tools.py format <refs.json> --style "GB/T 7714"

也可以在 Skill 根目录运行脚本，但必须把 <project_dir> 写成论文项目文件夹的绝对路径，不要省略项目路径。

可选命令：

python scripts/embed_figures_docx.py <input.docx> <output.docx> <figure1.svg> [figure2.svg ...]
python scripts/reverse_parse_docx.py <project_dir> --docx <user_thesis.docx>

不要直接运行 scripts/word_xml_core.py，它是公共脚本导入的内部 Word/XML 引擎。

Word 生成前检查

运行 apply_markdown_to_xml.py 前检查：

• 03_chapters/ 至少有可读取的章节正文 Markdown。
• chXX_plan.md 和 chXX_draft.md 责任分明，计划不混入最终正文。
• 占位符使用标准形式，必要时已阅读 references/placeholders.md。
• 参考文献未补齐处使用 [[REF:KEYWORD_PLACEHOLDER: 关键词]]。
• 图表、代码、数据资产已在对应 manifest 中记录。
• 如果项目来自反解析，检查 09_state/reverse_parse_assets.json 中图、表是否为 usable=true；只把可用资源当作真实资产。
• 09_state/project_state.json 结构合法，必要时参考 assets/project_state.schema.json。

运行 apply_markdown_to_xml.py 后检查：

• 09_state/current_content_manifest.json 中的 draft_files 不是空数组。
• 09_state/current_working.xml 存在，且是 Flat OPC XML。
• python scripts/validate_xml_docx.py <project_dir> 输出的章节数符合预期。

运行 build_new_docx.py 后检查：

• 新文件位于 10_output/。
• 文件名不是 original_template.docx。
• 校验通过后，向用户报告生成路径、读取了哪些章节文件、是否有待补资产。

常见问题排查

• 如果生成了 DOCX 但内容还是模板，先看 09_state/current_content_manifest.json 的 draft_files 是否为空。
• 如果 draft_files 为空，检查章节正文是否命名为 ch*.md，且不是 *_plan.md。
• 如果只有一章，检查 09_state/project_state.json 是否仍是模板解析出的旧结构；重新运行 apply_markdown_to_xml.py 会根据当前 Markdown 重建章节结构。
• 如果 Word 没有出现表格，检查是否使用了标准 [[TBL:...]] 或 Markdown 表格。
• 如果反解析后的公式变成空泛占位，重新运行最新版 reverse_parse_docx.py；正常结果应是 [[EQ:真实公式]] 或 [[SYM:真实符号]]，不应只有 [[EQ:公式]]。
• 如果引用显示异常，检查是否使用了 [[REF:n]] 或 [[REF:KEYWORD_PLACEHOLDER: 关键词]]，并阅读 references/reference_rules.md。
• 如果公式中残留反斜杠命令，检查公式是否超出 references/placeholders.md 支持的有限 LaTeX 语法。

安全规则

• 永不覆盖 01_template/original_template.docx。
• 每次写回 XML 前，如果 09_state/current_working.xml 已存在，保留时间戳快照。
• 写回失败时保留 Markdown、manifest、project_state.json 和上一个 XML 快照。
• 只在用户确认或任务明确要求时生成最终 DOCX。
• 对用户未确认的数据、结论、文献和创新点保持保守表达。

Word/XML 写回规则

• 保留模板中的目录、表格目录和插图目录字段，不要删除或重建这些 front matter 字段。正文写回只替换摘要内容；目录、表格目录和插图目录依赖 Word 的 w:updateFields=true 和 dirty field 标记刷新。