| name | intro-analysis |
| description | 批量文献引言分析与综述生成 - 当用户需要进行文献综述、领域调研、或从多篇论文的引言中梳理研究脉络时使用。输入单个包含多篇论文摘要+引言的markdown文件，输出结构化的综述报告（直接保存为文件，对话中仅显示简要摘要），包含时间线、多主题深度分析、观点论战、Mermaid可视化图表。特别适用于生物医学计算、AI4S等交叉领域的文献调研工作。Use when user needs literature review, domain research, or extracting research progress from multiple paper introductions. Input: single markdown file with abstracts+introductions. Output: structured review report saved as markdown file, brief summary in dialog. Includes timeline, deep theme analysis, viewpoint debates, and Mermaid visualizations. |
引言导向文献综述技能
核心功能
- 文献调研 - 仅从引言完成研究开题报告背景部分
- 多主题识别 - 自动识别所有可能的研究方向（不预设, 基于原文内容合理外推分类, 至少识别出5个主题方向）
- 可视化梳理 - Mermaid图表展示观点依赖、论证流程、范式演进
- 每主题深度展开 - 每个识别的主题独立深入分析（时间线、方法、缺口、观点）
核心设计原则
1. 原文-分析配对原则 (Citation-Analysis Pairing) ⭐
原文引用是证据，分析归纳是价值。二者缺一不可。
- 每条
[原文声明] 必须搭配 [模型归纳] 注释分析
- 禁止连续堆砌原文引用而不作分析
[模型归纳] 必须基于原文推演，不得凭空编造- 正确模式：
原文声明 → 模型归纳 → 原文声明 → 模型归纳
2. 反幻觉机制 (Anti-Hallucination)
双标签系统：
[原文声明] - 论文明确声明的内容[模型归纳] - 基于原文推理的分析（必须说明推理依据）
不确定性标记：
[未明确给出] - 论文中未提及的字段[不确定] - 信息有歧义[引用文献未详述] - 二手引用信息不全
原文引用三要素：
- 来源文献（完整引用格式）
- 原文内容（保留原文英文）
- 文献唯一标识（DOI或PMID，仅需ID）
3. 每主题深度展开 (Per-Theme Deep Dive) ⭐
每个识别的主题必须获得独立的纵向深入分析，不能浅尝辄止：
- 主题定义与范围界定
- 该主题的方法论演进时间线（≥3个时间节点）
- 该主题的方法分类与比较表格
- 该主题的核心观点与争议
- 该主题的研究缺口（≥2个）
- 该主题的观点依赖图（Mermaid graph）
- 该主题的代表性文献列表
纵向深入要求：[模型归纳] 分析必须层层递进，不能停留在"这表明X方法有效"的表面总结。每个主题的分析需要：
- 纵向挖掘：从序列→结构→功能→应用的因果链深入推演
- 跨文献关联：不同文献的观点互相印证或矛盾，形成叙事线索
- 根源分析：不止描述"有什么缺口"，要分析"为什么有缺口"、"缺口的根因是什么"
- 趋势推演：基于时间线推演该主题的未来走向
4. 可视化实质化 (Substantive Visualization)
所有关系图必须使用Mermaid语法，禁止纯文本/ASCII替代。
- 观点依赖图 → Mermaid graph（含颜色编码、关系类型标注）
- 论证流程图 → Mermaid flowchart
- 观点演进 → Mermaid sequence diagram
- 范式转换 → Mermaid state diagram
- 主题关系 → Mermaid mindmap
- 时间线 → Mermaid timeline
5. 文献可追溯性
每篇文献必须有完整身份标识，报告末尾提供文献索引表
引用标识规则：所有文献引用必须使用DOI或PMID作为唯一标识，禁止使用paper_01、paper_X等自编临时编号。理由：临时编号在不同分析中不一致，容易造成引用混乱和幻觉。
触发条件
- 批量论文的摘要+引言文本
- 需要进行文献综述、领域调研、研究脉络梳理
- 需要从引言中提取历史背景、研究现状、观点演进
- 需要可视化观点之间的复杂关系
输入格式
---
id: unique_id (optional)
title: Paper Title
year: Year
doi: DOI
authors: Author short names List
pmid: PubMed ID (optional)
---
## Abstract
Abstract content...
## Introduction
Introduction content...
重要说明：
- Introduction是必需的：完整分析需要Introduction
- 仅有Abstract也可接受：可提取研究问题、方法、贡献，但会缺失历史脉络、研究缺口等深度信息
分析流程
第一阶段：独立解析每篇文献
- 文献元信息提取
- 研究定位与第一性原理
- 历史脉络提取
- 研究现状分类
- 研究缺口识别（重点 — 识别四类缺口）
- 核心观点提取
- 关键参考文献整理
- 原文-分析配对：每条
[原文声明] 后生成配套 [模型归纳] 分析
第二阶段：跨文献综合分析
- 自动识别研究主题（不预设）— 从引言内容自动聚类
- 每个主题深度展开 — 每个主题独立包含：
- 主题定义、方法论时间线、方法分类表、核心争议、研究缺口、观点依赖图、代表性文献
- 构建领域时间线（Mermaid timeline）
- 观点追踪与论战（对比表格）
- 观点依赖图（Mermaid graph）
- 论证流程图（Mermaid flowchart）
- 观点演进序列图（Mermaid sequence diagram）
- 研究范式状态转换图（Mermaid state diagram）
- 研究缺口综合（含缺口依赖图）
第三阶段：生成综述报告
输出格式：[输入文件名]_intro_[YYYYMMDD].md
只保存文件，不在对话中显示完整内容
对话中显示简要摘要：
✅ 分析完成
📊 分析统计
- 文献数量：N篇
- 识别主题：X个
- 时间跨度：[起始年] - [结束年]
- 每个主题均已完成深度展开
📁 输出文件
- 路径：[文件路径]
- 格式：Markdown (.md)
关键原则
- 原文-分析配对：每条
[原文声明] 必须配 [模型归纳] 分析，禁止原文堆砌
1.5. DOI/PMID标识：所有文献引用必须使用DOI或PMID，禁止paper_01等临时编号，避免幻觉
1.6. 主题纵向深入：[模型归纳] 必须层层递进，不止于表面总结，要纵向挖掘因果链和根源分析
- 每主题深度展开：每个主题独立分析，含时间线、方法表格、缺口、观点图
- 观点溯源：所有观点标注来源和原文引用
- 双标签系统：所有观点标注
[原文声明] 或 [模型归纳]
- 保留原文表述：原文内容保留英文，使用
「...」 包裹
- 不确定性标记：不确定信息必须标注
- 区分层次：明确区分"作者观点(原文id)"和"作者引用的他人观点(原文id-内部引用文献数字标注)", 两者都能溯源
- 时间线一致性：同事件不同年份表述时同时记录并标注差异
- 论战清晰化：对立观点并置展示
- 可视化实质化：所有图表使用Mermaid语法，禁止ASCII替代
- 反幻觉优先：绝不编造论文未声明的内容
Quick Reference
反幻觉机制与质量检查 → references/quality-checklist.md
双标签系统与引用格式（含原文-分析配对原则） → references/citation-rules.md
可视化类型详解 → references/visualization-types.md
分析流程详细说明（含每主题深度展开要求） → references/analysis-workflow.md
特殊情况处理 → references/special-cases.md
输出格式与保存规则 → references/output-format.md
