scientific-structural-proteomics

name	scientific-structural-proteomics
description	構造プロテオミクス統合スキル。EMDB クライオ EM、PDBe 構造データ、 Proteins API (UniProt)、Complex Portal 複合体、DeepGO 機能予測、 EVE 変異影響評価の統合パイプライン。

Scientific Structural Proteomics

6 つの構造・機能データベースを統合した タンパク質構造・機能プロファイリングパイプラインを提供する。

When to Use

• PDB エントリの詳細構造情報 (分解能, 実験手法, 二次構造) を取得するとき
• クライオ EM マップ情報を EMDB から取得するとき
• UniProt タンパク質のドメイン・変異・ゲノムマッピングを調べるとき
• タンパク質複合体のサブユニット構成を Complex Portal で調べるとき
• DeepGO で配列ベースの GO 機能予測を行うとき
• EVE で missense 変異の病原性スコアを取得するとき

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Quick Start

1. PDBe 構造データ取得

import requests
import pandas as pd

PDBE_API = "https://www.ebi.ac.uk/pdbe/api"


def get_pdbe_entry(pdb_id):
    """
    PDBe エントリのサマリー・品質・二次構造を取得。

    Parameters:
        pdb_id: str — PDB ID (e.g., "1cbs")

    ToolUniverse:
        pdbe_get_entry_summary(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_quality(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_experiment(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_molecules(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_secondary_structure(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_assemblies(pdb_id=pdb_id)
        pdbe_get_entry_publications(pdb_id=pdb_id)
    """
    pdb = pdb_id.lower()

    # Summary
    resp_s = requests.get(f"{PDBE_API}/pdb/entry/summary/{pdb}")
    resp_s.raise_for_status()
    summary = resp_s.json().get(pdb, [{}])[0]

    # Quality
    resp_q = requests.get(f"/pdb/entry/quality/")
    quality = (
        resp_q.json().get(pdb, [{}])[]  resp_q.status_code ==   {}
    )

    
    resp_e = requests.get()
    experiment = (
        resp_e.json().get(pdb, [{}])[]  resp_e.status_code ==   {}
    )

    entry = {
        : pdb,
        : summary.get(, ),
        : experiment.get(, ),
        : experiment.get(, ),
        : summary.get(, ),
        : quality.get(, ),
        : quality.get(, ),
    }

    ()
     entry, summary, quality