| name | pubmed-database |
| description | 搜索 PubMed 生物医学文献数据库，支持高级检索语法、MeSH 术语、 字段限定搜索和系统性文献综述。当用户询问基因功能、代谢通路、 作物育种相关文献时自动触发。系统会自动提取关键术语并翻译成英文。
|
| tools | ["rag_search"] |
PubMed 文献搜索技能
使用 rag_search 工具搜索文献证据。该工具会同时检索 PubMed 摘要和本地基因库，避免只看在线摘要而遗漏结构化基因证据。
使用时机
- 用户询问特定基因、蛋白质、代谢通路的研究文献
- 用户需要查找作物营养代谢相关的最新进展
- 用户要求文献综述或研究证据支持
- 涉及 CRISPR、基因编辑、转基因等生物技术主题
查询处理机制
自动术语翻译
系统会自动使用 LLM 提取查询中的关键生物学术语并翻译成英文：
你无需手动翻译查询，直接使用用户的原始输入即可。
搜索策略
1. 使用精确的搜索词
| 搜索目标 | 推荐查询模式 | 示例 |
|---|
| 特定基因功能 | 基因名 + 功能关键词 + 物种 | OsNAS2 iron biofortification rice |
| 代谢通路 | 通路名 + crop/plant | carotenoid biosynthesis pathway maize |
| 基因编辑 | CRISPR + 基因名 + 物种 | CRISPR Cas9 GmFAD2 soybean |
| 营养强化 | biofortification + 营养素 + 作物 | biofortification vitamin A wheat 或 生物强化 维生素A 小麦 |
| 综述文献 | 关键词 + review | selenium metabolism plant review 或 硒代谢 植物 综述 |
| 特定作者 | 作者名 + 研究方向 | Zhang H CRISPR rice nutrition |
2. 使用 PubMed 高级语法（放入 rag_search 的 query 参数）
- MeSH 术语:
vitamin C[MeSH] — 使用 MeSH 受控词汇，自动包含下位词
- 字段限定:
CRISPR[Title] — 限定标题搜索；Zhang[Author]
- 布尔运算:
rice AND (iron OR zinc) AND biofortification
- 日期限定:
2020:2024[Date - Publication] — 限定发表年份
- 文献类型:
review[Publication Type] — 限定综述文章
3. 分步搜索策略
对于复杂问题，分多次搜索不同角度：
- 先搜基因名 + 功能 — 获取直接相关文献
- 再搜通路名 + 物种 — 补充通路上下游信息
- 最后搜综述 — 获取领域全貌
4. PICO 框架（系统性综述）
对于需要全面文献检索的问题：
- Population: 目标物种/作物（如 rice, wheat, maize）
- Intervention: 干预手段（如 CRISPR editing, overexpression）
- Comparison: 对照组（如 wild type, untreated）
- Outcome: 预期结果（如 increased iron content, enhanced yield）
结果处理
- 工具返回每篇文献的标题、期刊、PMID 和摘要
- 在回答中使用 [1] [2] 等编号引用文献
- 优先引用高影响力期刊（Nature, Science, Plant Cell, PNAS 等）
- 优先引用近 5 年的研究成果
- 注意区分实验验证的结论和关联性推测
常用查询模板
# 维生素代谢基因
vitamin E tocopherol biosynthesis gene crop
# 矿物质转运蛋白
iron transporter gene rice biofortification
# 氨基酸代谢
lysine biosynthesis regulation maize kernel
# 类胡萝卜素通路
carotenoid pathway gene golden rice beta-carotene
# 基因编辑应用
CRISPR genome editing nutritional quality crop improvement
