lexicmap
LexicMap — efficient nucleotide alignment of moderate-length queries (genes, plasmids, long reads; typically >250 bp) against up to millions of prokaryotic genomes. Use when: (1) Searching genes/plasmids vs huge genome databases, (2) Scaling beyond BLAST/minimap2 for AllTheBacteria / GTDB-scale refs, (3) Epidemiology/ecology queries needing fast genome hits. Upstream: https://github.com/shenwei356/LexicMap. Not a substitute for short-read→contig coverage mappers (strobealign/bowtie2) used in binning.
Datos de origen
- Repositorio
- PKU-EMBL/Metagenomics-Skills
- Última actividad en el origen
- 3 de agosto de 2026 a las 12:56
- Idioma detectado de SKILL.md
- inglés
- Estrellas
- 4
- Forks
- 0
Opciones de instalación
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Revisa los archivos de origen
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