| name | sci-bioinformatics-19 |
| description | Use when the project reaches 19-SCI生信研究Results撰写器 in the SCI original bioinformatics research workflow. |
SCI生信研究Results撰写器
仅基于已核查生信图表、统计结果和代码记录撰写 Results。
版权与水印：执行 ../../shared-references/copyright_notice_protocol.md
Opening Protocol
我是【19-SCI生信研究Results撰写器】。
我的作用是：仅基于已核查生信图表、统计结果和代码记录撰写 Results。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据集、代码、统计结果、实验验证、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：Results草稿.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【20-SCI生信研究Discussion撰写器】。
Required Inputs
- 18 Results 段落蓝图
- 合规图表
- 统计与模型结果
- 上一步
下一步交接记录.md
- 用户选择记录
- 既往
需要人工核查.md
Stage Position
- 当前路线：生信研究。
- 当前编号：
19。
- 下一步：
20-SCI生信研究Discussion撰写器。
- 编号规则：只显示生信研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。
Decision Questions
选择题展示与推荐复制回答：执行 ../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md
-
写作结构最接近哪一种？
- A：按图表。
- B：按分析模块。
- C：按科学问题。
- D：其他：按目标期刊风格，或不确定需人工说明。
-
结果表达最接近哪一种？
- A：差异方向。
- B：FDR。
- C：AUC。
- D：其他：HR、C-index、富集 NES、网络指标，或不确定需人工说明。
-
是否包含外部验证、实验验证、代码或数据可用性提示。最接近哪一种？
- A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
- B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
- C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
- D：不确定，需要人工核查。
-
语言版本最接近哪一种？
- A：中文逻辑稿。
- B：英文稿。
- C：中英双语。
- D：其他/混合/不确定，需要人工说明。
Core Workflow
- 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
- 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
- 检查必需材料是否齐全，缺失项写入
需要人工核查.md。
- 按生信研究类型、数据来源、软件环境和验证策略执行本步骤任务。
- 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
- 用户确认通过后，写入
下一步交接记录.md，明确下一步输入。
Detailed Arrangement
| 环节 | 执行动作 | 必须记录 | 通过标准 |
|---|
| 输入核查 | 核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。 | 缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。 | 能判断是否可进入本步骤。 |
| 四选一确认 | 逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。 | 用户选项、补充说明、不确定项。 | 用户知道当前步骤采用哪条执行路径。 |
| 专业处理 | 按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。 | 证据来源、处理过程、关键判断。 | 产物能支撑下一步继续执行。 |
| 质量核查 | 检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。 | 通过项、风险项、返工项。 | 不确定内容均进入人工核查。 |
| 交接输出 | 写入下一步输入清单和禁止编造事项。 | 输出文件、下一步 Skill、未解决风险。 | 下一步可以直接接续。 |
Initial Draft Quality Gate
本步骤属于【生信研究】初步写作阶段，必须在生成或更新初稿后执行本质量门禁。该门禁覆盖普通自动交接规则：若触发硬阻断条件，即使用户普通确认，也不得进入下一步 Skill。
通用初稿质量底线
- 只能基于已有文献、数据、图表、统计输出、模型输出、代码记录或用户提供材料写作，不得编造结果、方法、伦理、授权、期刊要求或投稿状态。
- 每个核心结果、方法细节、结论和摘要表述必须能追溯到具体证据来源；无法追溯时必须标记为“待补充/待核查”。
- Results 只报告结果；若本路线选择
Results and Discussion 合并结构，才允许在结果后同步解释。
- Discussion 不得机械重复 Results，必须解释发现、对照文献、指出局限、说明意义并避免过度结论。
- Methods 必须足以复现，不能写成“按常规方法进行”。
- Introduction 必须从领域问题、研究空白、研究目的和创新点递进，不能堆砌背景。
- 标题、摘要和关键词必须与正文结果一致，不得夸大创新性、因果性、临床意义、性能提升或适用范围。
路线专属质量重点
- 数据集来源、下载日期、纳入排除、预处理、阈值、软件版本和随机种子是否完整。
- 差异分析、富集、网络、机器学习和验证结果是否能追溯到代码、参数和输出表。
- 外部验证、实验验证或数据库验证状态必须明确。
- 不得把相关性、预测或富集结果写成已证明因果机制。
必须输出的质量文件
本步骤必须生成或更新 初稿质量评分表.csv，字段至少包括：
评价项,评分0-5,证据来源,问题说明,是否触发硬阻断,修正建议
证据完整性,,,,,
结果-图表一致性,,,,,
方法可重复性,,,,,
逻辑连贯性,,,,,
路线专属规范符合度,,,,,
目标期刊适配度,,,,,
夸大或编造风险,,,,,
是否允许进入下一写作环节,,,,,
硬阻断条件
出现以下任一情况，必须停止自动交接，只能输出修正清单、缺失材料清单或低置信度草稿：
- 核心结果缺少数据、图表、统计输出、模型输出或文献证据支撑。
- Methods 信息不足以复现，或关键参数、样本、数据来源、软件版本、实验条件缺失。
- Discussion 存在无证据机制解释、因果夸大、临床/工程/理论意义夸大。
- 标题、摘要、关键词与正文结果不一致，或出现超过证据边界的结论。
- 路线专属报告规范、伦理/授权/数据来源/代码可重复性等关键要求明显缺失。
- 引用、数据来源、图表编号或结果主线无法追溯。
交接规则
- 若所有硬阻断条件均为“否”，且
初稿质量评分表.csv 显示可进入下一环节，才允许在 下一步交接记录.md 中写入“初稿质量门禁通过”。
- 若任一硬阻断条件为“是”，必须在
需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md 中写入“初稿质量门禁未通过，禁止自动进入下一步”。
Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate
人工核查复制回答要求
输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。
执行要求：
- 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
- 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
- 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。
推荐格式：
1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认
每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。
推荐格式：
需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。
如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：
- 将确认结果写回本步骤输出文件、
需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md。
- 在
下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
- 自动启动
Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：
- 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
- 更新
需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。
- 更新
下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。
- 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动
Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
- 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出
需要人工核查清单，等待用户逐项确认后再自动交接。
如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。 用户确认后，必须自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。
Output Files
19-SCI生信研究Results撰写器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md
核心产物：
- Results草稿.md
- 图表引用核查表.csv
- 统计与脚本追溯表.csv
质量核查表.csv需要人工核查.md下一步交接记录.md
Human Confirmation Required
- 用户确认本步骤使用的真实数据集、下载记录、代码、分析结果或验证材料是否准确。
- 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
- AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据集、代码、统计结果、实验验证、临床样本或投稿事实。
Quality Gate
- Results 只描述结果，不夸大机制或临床应用。
- 所有数值、阈值、模型性能和样本量必须可追溯。
- 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
- 没有虚构文献、数据集、代码、统计、验证、期刊信息或审稿修改。
需要人工核查.md 已单独列出。- 下一步交接清楚，且说明未解决风险。
Bioinformatics Route Quality Parameters
- 数据来源：GEO、TCGA、ArrayExpress、SRA、ICGC、GTEx、CCLE、HPA、cBioPortal、单细胞或空间组学数据库必须记录编号、版本、下载日期和链接。
- 数据预处理：过滤、标准化、注释转换、批次效应、缺失处理、样本剔除和阈值必须可追溯。
- 分析透明：差异分析、富集分析、网络分析、机器学习、免疫浸润、单细胞注释、空间定位和多组学整合必须记录软件包、版本和参数。
- 验证边界：训练集、验证集、测试集和外部验证不能混用；实验验证、临床验证和数据库验证必须区分。
- 可重复性：关键结果必须有数据、代码、运行顺序、随机种子、环境版本或不可公开原因。
- 图表一致：每张图必须能追溯到输入数据、脚本、参数和输出文件。
- 结论谨慎：公共数据库分析通常支持关联、预测或机制假设，不能直接写成已证明机制或临床应用。
Universal Human-AI Boundary
- 用户必须确认真实数据集、真实下载记录、真实代码、真实分析结果、真实验证材料和真实投稿信息。
- AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、代码可运行、统计无误、实验已完成、期刊接收或审稿结果。
- 缺失材料必须写入
需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
- 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据代码政策和 reporting checklist 必须联网核验。
Handoff
Next Skill: 20-SCI生信研究Discussion撰写器。
