a5c-ai/babysitter - Page 21

deepvariant-caller

DeepVariant deep learning variant calling skill for high-accuracy SNV and indel detection

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deseq2-differential-expression

DESeq2 differential expression analysis skill with normalization, statistical modeling, and visualization

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fastqc-quality-analyzer

Sequencing quality control skill for assessing read quality, adapter contamination, and sequence composition

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fusion-gene-detector

Gene fusion detection skill for oncology applications with multiple caller integration

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ga4gh-standards-validator

GA4GH standards compliance skill for data sharing and interoperability

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gatk-variant-caller

GATK best practices skill for germline and somatic variant calling with joint genotyping

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giab-benchmark-validator

Genome in a Bottle benchmark validation skill for pipeline accuracy assessment

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gsea-pathway-analyzer

Gene Set Enrichment Analysis skill for functional annotation and pathway interpretation

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hipaa-compliance-validator

HIPAA compliance validation skill for genomic data handling and audit

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hpo-phenotype-matcher

Human Phenotype Ontology skill for phenotype-driven gene prioritization

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humann-functional-profiler

HUMAnN functional profiling skill for metagenomic pathway analysis

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igv-genome-browser

IGV integration skill for interactive genome visualization and review

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kraken2-taxonomic-classifier

Kraken2 taxonomic classification skill for rapid metagenomic read assignment

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mageck-crispr-analyzer

MAGeCK CRISPR screen analysis skill for gene essentiality scoring

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maxquant-processor

MaxQuant mass spectrometry skill for protein identification and quantification

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megahit-assembler

MEGAHIT metagenomic assembly skill for reconstructing genomes from short reads

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metaphlan-profiler

MetaPhlAn metagenomic profiling skill for species-level community composition

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nextflow-pipeline-executor

Nextflow workflow management skill for reproducible bioinformatics pipelines

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perseus-statistical-analyzer

Perseus statistical analysis skill for proteomics data analysis and visualization

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pharmgkb-annotator

PharmGKB pharmacogenomics annotation skill for drug-gene interaction assessment

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phylogenetics-tree-builder

Phylogenetic analysis skill for constructing evolutionary trees and assessing relationships

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pymol-visualizer

PyMOL molecular visualization skill for structure rendering and analysis

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qiime2-microbiome-analyzer

QIIME2 microbiome analysis skill for 16S rRNA profiling and diversity analysis

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rdkit-chemoinformatics

RDKit chemoinformatics skill for molecular property calculation and compound library management

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salmon-quantifier

Salmon pseudo-alignment skill for fast and accurate transcript quantification

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samtools-bam-processor

BAM/SAM file manipulation skill for sorting, indexing, filtering, and extracting alignment data

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seurat-single-cell-analyzer

Seurat single-cell analysis skill for clustering, annotation, and trajectory analysis

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Singularity container management skill for HPC-compatible containerized execution

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snakemake-workflow-manager

Snakemake workflow management skill for rule-based pipeline execution

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STAR alignment skill for splice-aware RNA-seq read mapping with comprehensive QC metrics

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STRING protein interaction network skill for functional enrichment and network visualization

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Structural variant detection skill for identifying CNVs, inversions, translocations, and complex rearrangements

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Tumor mutation burden and microsatellite instability calculation skill for immunotherapy biomarkers

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UCSC Genome Browser query skill for genome annotation retrieval and track data access

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Variant Effect Predictor skill for comprehensive variant annotation with clinical database integration

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Adverse event monitoring and reporting skill for MDR/MEDWATCH compliance

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AI/ML medical device validation skill implementing FDA's GMLP principles

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Biocompatibility test selection and protocol recommendation skill based on device categorization

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Bioreactor culture protocol development skill for tissue construct maturation

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Systematic literature review skill for clinical evaluation supporting regulatory submissions

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