brycewang-stanford/Auto-Empirical-Research-Skills - Page 26

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Design complex multi-diagram architectures using advanced Mermaid syntax

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Create flowcharts, sequence diagrams, and architecture diagrams with Mermaid

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Create UML diagrams and architecture visualizations with PlantUML

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Create graphical abstracts, schematic diagrams, and scientific illustrations

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9 diagrams & visuals skills. Trigger: creating diagrams, flowcharts, architecture visuals, LaTeX drawings. Design: tool-specific guides (Mermaid, Excalidraw, TikZ) with academic conventions.

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Guide to tldraw for infinite canvas whiteboarding and diagram creation

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anystyle-api

Citation reference parser using machine learning

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Deploy DocsGPT for private document analysis and research knowledge bases

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Extract structured text, metadata, and references from academic PDFs

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Split and read long documents chapter-by-chapter for structured analysis

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Write academic papers in Markdown with Pandoc for multi-format output

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Deep dual-mode reading of academic papers from PDF or URL sources

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PDF parsing, text extraction, and document format conversion

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10 document processing skills. Trigger: extracting text from PDFs, parsing references, document Q&A. Design: parsing pipelines (GROBID, marker) and structured extraction tools.

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Plugin marketplace and discovery platform for Zotero

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Dark mode theme plugin for Zotero reference manager

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Feature-rich Zotero plugin for UI customization and styling

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Build and analyze citation networks from academic reference data

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Generate structured concept maps from academic texts automatically

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Build real-time knowledge graphs for AI agents using Graphiti by Zep

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Build research knowledge graphs for literature synthesis and RAG systems

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Sync Zotero references and annotations to Notion databases

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Design ontologies and knowledge graphs for research data modeling

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Ant Group knowledge graph engine with SPG and KAG framework

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RAG architecture for academic knowledge retrieval and synthesis

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9 knowledge graphs skills. Trigger: building knowledge graphs, connecting concepts, ontology design. Design: graph construction, traversal, and visualization for research knowledge.

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Sync Zotero references to Obsidian and Logseq markdown

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Apply handwriting OCR to digitize historical and archival documents

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Extract and convert mathematical formulas from images and PDFs to LaTeX code

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Translate LaTeX documents preserving math formulas and structure

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Strategies for translating academic papers while preserving technical accuracy

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Translate scientific PDFs with preserved math formatting via PDFMathTranslate

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7 ocr & translation skills. Trigger: scanning documents, recognizing formulas, translating academic papers. Design: specialized OCR (LaTeX, handwriting) and translation for scholarly content.

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Guide to Zotero PDF Translate for multilingual PDF and annotation translation

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PDF Chinese translation plugin for Zotero reference manager

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Ethical web scraping and API-based data collection for research

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Search and download research datasets from Kaggle, HuggingFace, and repos

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Harvest metadata from open repositories using OAI-PMH protocol

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