paper-workflow

# Paper-WorkFlow — 经管 / 社科实证论文全流程总编排器 ## Overview 本 skill 按 **Stage 0–9 + Method Gate + Draft Quality Gate** 组织社科实证研究。 优先调用可用子 skill；缺少外部技能库或 Agent 时，按本仓库 references 由主代理直接执行。 方法、数据权限与统计软件仍须真实可用；不能以补齐模板替代研究证据。 `workflow_state.json`、stage passport 和 handoff 保存状态与文件指针。调用映射见 [`references/skill-map.md`](references/skill-map.md)，当前阶段操作见 [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md)，独立安装路径见 [`references/runtime-fallbacks.md`](references/runtime-fallbacks.md)。只加载当前阶段需要的部分。 --- ## 这条流水线（固定主线，可按入口跳入） | Stage | 阶段 | 主要调用的 skill（位于 `67-econfin-workflow-toolkit/`，除非另注） | 产出落盘 | |---|---|---|---| | **0** | Intake & Setup | *(编排器本体)* | 工作区、`workflow_state.json`、入口路由 | | **1** | 选题与设计 | `econfin-idea-finder` → `novelty-check` → `significance-search` → `journal-digest` → `econfin-proposal` | `01_proposal/proposal.md` | | **1L** | 文献基座（先于查新打分） | 多路并行检索：`59-openalex` / `36` / `52` + Zotero MCP | `01_proposal/lit/corpus.md` + `lit_matrix.md` | | **2** | 数据 | `data-fetcher` → `data-cleaning` + sample/estimand audit + 测量效度 | `02_data/clean.parquet` + `codebook.md` + `sample_audit.md` + `measurement_audit.md` | | **2.5** | 设计锁定（先于第一个估计） | *(编排器本体，人类决策点)* | `00_meta/preregistration.md` + `design_lock` 状态 | | **3** | 计量识别、估计与方法闸门 | **分析后端路由**：默认 Python/StatsPAI（MCP 优先，调用链见 `statspai-analysis.md`），也可切 Stata（`.do`）或 R（fixest/Quarto）；再按设计配 `did-analysis` / `iv-estimation` / `rdd-analysis` / `synthetic-control` / `panel-data` / `ml-causal` 等（全表见 skill-map）+ empirical audit + methods pack + design gate cards | `03_analysis/` 代码 + `design_register.md` + `method_gate.md` + `evidence_ledger.md` | | **4** | 表与图 | 按同一后端生成出版级表图：Python/StatsPAI `regtable`/`paper_tables`/`collect`，Stata `esttab`/`outreg2`/`collect`，R `modelsummary`/`etable`/Quarto；均需三线表 Word/Excel/LaTeX 同出 + PDF/PNG 图 | `04_results/*.{tex,docx,xlsx}` + `*.pdf/png` | | **5** | 写作初稿 | `paper-writer` | `05_draft/main.md`（缺省；`latex` 轨为 `main.tex`）+ `ref.bib`；表图一律 include 引用 | | **6** | **结构层**打磨（段落及以上） | `paper-pipeline`（内部跑 polish→self-revise→style→polish→reference-verify 全量基线） | 打磨后的 `main.{tex,md}` | | **7** | **语言层**去 AI 味（句子及以下） | `de-aigc-skills`(48 中英双语六步闭环) → `readability`/`fix-chinese` 收尾 | 降味稿 + 审计表 + 数字零漂移 + `00_meta/ai_use_disclosure.md` 补上本阶段台账行 | | **8** | 模拟评审与修订 | `referee-report` → `paper-referee-revise`（或 `paper-self-revise`） | 修订稿 + response letter | | **9** | 选刊与投稿 + **全文交付** | `paper-submission` → 可选 AJS 适配器 → `reference-verify`（终审）→ `assemble_manuscript_docx.py` | 期刊清单 + 专属预检 + cover letter + AI 使用声明 + **`09_submission/main.docx` 全文定稿** | | **—** | 复盘与交付 | *(编排器本体)* | `FINAL_REPORT.md` + 打包交付物 | > 完整阶段细节、每阶段的 plan→execute→review→revise 微循环、subagent 派发模板，全部在 > [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md)。**主代理在进入某阶段时才去读 > 对应章节**。 > > **1L 与 2.5 是前置阶段**（带父阶段数字前缀，主干不变），各守一件必须发生在父阶段结束**之前** > 的事：**文献语料要在查新打分之前建好**，否则分数无可复核依据、related work 与引用终审各找各的； > **新研究在首次估计前固定主设定**；已有结果只能诚实登记回溯分析，不能补造预注册。机械闸门检查记录一致性，历史先后还要审阅时间戳与原始记录。 > **双硬闸门 = 方法闸门 + 初稿质量门。** Stage 3 结束先过 **Method Gate**、Stage 7 结束再过 > **Draft Quality Gate**，两者细则见下两节。**闸门未达标先判断是可修复错误、真实识别失败还是材料不可得**，不得反复换样本、模型来追求显著；可交付明确标注局限的研究草稿， > 绝不把「流程跑完」当成「研究可信」。 --- ## Phase 0：Setup（调用任何子 skill 前完成） 1. **取北京时间**：`TZ='Asia/Shanghai' date '+%Y-%m-%d %H:%M'`，记为 `NOW`。 2. **判定入口**，不要一律从 Stage 1 开始：想法→1；成形 proposal→2；已清洗数据+设计→3； 已有结果/表图→5；已有初稿（`.md`/`.tex`）→6；初稿+审稿意见→8；成稿投稿→9。能从 `$ARGUMENTS` 后缀和内容推断就别问；否则一次 `AskUserQuestion` 问清。 3. **建工作区**：在用户目录或当前目录创建 `paper_workspace/{研究短名}_{NOW紧凑时间戳}/`， 运行 `assets/init_workspace.sh`。同名目录另建，不覆盖。目录、`00_meta/` 状态文件、entry routing、 passport、pipeline status、handoff、analysis backend、evidence/claim/citation 台账见 [`references/workspace-and-state.md`](references/workspace-and-state.md)；交付物优先用 [`templates/`](templates/)。 4. **写 Stage 0 账本**：`00_meta/entry_routing.md` 记录入口、材料、假设、人类决策分支； `00_meta/stage_passport.md` 和 `workflow_state.json.orchestration` 记录 handoff / 断点恢复指针。 5. **从已有材料补齐 intake**：只询问会改变研究问题、数据访问、关键设计或交付物的缺失信息； 不重问已经授权的步骤。可推断的选项记录为默认值：语言随用户、三线表、DOCX 对应 `manuscript.format=markdown`；scope 按用户要初稿 / 工作论文 / 投稿取 `draft` / `working-paper` / `submission`。目标期刊可待定，不自动限定 AER 或经济学。 交互档位为 `全自动` / `阶段确认` / `全程交互`；明确委托端到端执行时沿用授权， 用户没选阶段确认就不强制每阶段停下。分析后端尊重用户，未指定时选择实际可运行且适合设计者， Python/StatsPAI、Stata、R 的能力和缺口写入 `00_meta/analysis_backend.md`。 正文格式 + 交付物、scope、采用的假设写入 `00_meta/intake.md` 和状态。 scope 只决定完成标准，不放松任何已声明 `pass` 的闸门；路由细节见 [`analysis-backends.md`](references/analysis-backends.md) §4.2。 6. **初始化状态**：`workflow_state.json` 从 [`assets/workflow_state.template.json`](assets/workflow_state.template.json) 复制，填 `project` / `orchestration` / `analysis_backend`；Stage 状态用 `pending|in_progress|done|skipped`；`empirical_audit`、`method_gate`、`evidence_governance`、 `integrity_audit`、`design_risk`、`quality_gate`、`replication_pack` 起始为 `pending`。 每阶段开始置 `in_progress`，完成置 `done` 并刷新 `last_updated_beijing`。 7. **续跑先刷新事实**：已有工作区时先读 passport 和 latest handoff，再查 `git status`、当前产物与 gate 证据； handoff 只是指针，缺 fresh evidence 不得宣称完成。 8. **Setup 后直接执行**：不要为“计划”单独求批准；阶段确认/全程交互只在阶段闸门处暂停。 --- ## 多代理 + 上下文保护协议（贯穿所有阶段） 在运行环境允许且任务适合时并行处理独立任务；没有 Agent 或不允许委派时由主代理串行执行， 不将工具缺失当成研究失败。每阶段执行 `plan → execute → review → revise`，审阅与产出分开。 - 子代理有明确输入 / 输出路径，自己写盘，只回 ≤10 行状态摘要；不回传整篇文献或全文。 - 主代理核验实际产物，不凭摘要设置 `pass`；需要独立 critic 时使用可用的独立审阅者，若只有自审， 在质量评分和最终报告明确记录，不能虚称独立评审。批次不超过运行环境并发限制。 - 子 skill 必须读实际 SKILL.md，传已发现的绝对路径；不预设主仓库位置或工具名可调用。 - 日志追加至 `logs/stage_<N>.md`；阶段切换 / 长暂停时更新 `00_meta/stage_passport.md`、 `00_meta/pipeline_status.md` 与 `00_meta/handoff/`，续跑先刷新证据。 --- ## 子 skill 调用协议（怎么把被编排的 skill 真正跑起来） 子 skill 是**当前安装环境中可发现的文件夹**，不保证在运行时注册为可被 `Skill` 工具直接触发。**权威细节（注册名 对照表、输出路径重定向）见 [`references/skill-map.md`](references/skill-map.md) §0**；每次调用按此优先级： 1. **优先 `Skill` 工具**：`Skill(skill="<注册名>", args=...)`。**注册名 = 子 skill `SKILL.md` 的 `name:` 字段，不一定等于文件夹名**（大小写/改名差异表见 skill-map §0.1）——用注册名，别用文件夹名猜。 2. **报「not found」先检查文件，再退回 `Read` 内联执行**（文件存在时的稳路径）：`Read` 该 SKILL.md 正文当本步操作 手册逐步执行；重量步骤把「`Read` 这个 SKILL.md 并按它执行」写进 subagent 的 prompt。**不要反复重试， 也不要凭记忆脑补子 skill 的逻辑**。文件也不存在时，按 runtime-fallbacks 的独立运行表执行本仓库规范。 3. **`econfin-idea-finder` 与 `journal-digest` 在其 SKILL.md 里硬编码了仓库外 Windows 输出路径，调用时必须改写**到工作区内（候选→`01_proposal/candidates/`、期刊摘要→`01_proposal/journal_digest.md`）；细节见 skill-map §0.2，模板见 [`references/subagent-templates.md`](references/subagent-templates.md)。 > **派 subagent 调子 skill 时，SKILL.md 路径必须是仓库内完整路径**——subagent 的工作目录可能与主 > 代理不同，给错路径它就找不到文件、转而脑补。 --- ## 阶段执行协议（每个 Stage 都按这个走） 进入任一阶段按固定四步（细节在 playbook 对应章节）： 1. **打横幅**，让用户始终知道流水线在哪： ``` ════════════════════════════════════════ Stage N/9 · <阶段名> — <一句话目的> 调用：<本阶段要用的 skill 列表> ════════════════════════════════════════ ``` 2. **入口检查（先跑，再干活）**：`python3 scripts/pw.py enter <N> <workspace>`。返回非零就**别开工**——阶段闸门是做完之后才发现问题，前置条件是同一批事实在开工之前检查，回退只丢一个决定而非一个阶段的工作量。 3. **置 `in_progress`** → 读 [`references/stage-playbook.md`](references/stage-playbook.md) 对应章节 → 按其 plan→execute→review→revise 跑（该用 `Skill` 用 `Skill`、该派 `Agent` 派 `Agent`，全程守上面的上下文保护协议）。 4. **冲突 / 退化检查**（沿用 `paper-pipeline`）：每阶段前后 `Glob` 一次 `*冲突副本*` / `*conflicted copy*`，发现就停下让用户定夺哪份为准；每阶段末把关键产物快照进 `backups/after_stage<N>/` 作为回滚路径。工具 / 网络 / MCP / 统计软件不可用时按 [`runtime-fallbacks.md`](references/runtime-fallbacks.md) 退化并记录（见下「运行时退化必须披露」）。 5. **阶段闸门**：先跑 `python3 scripts/pw.py exit <N> <workspace>`（该阶段欠哪些 checker 由 [`pw.py`](scripts/pw.py) 的 stage→gate 表定死，别凭记忆挑），全绿才置 `done` → 按交互档位决定是否暂停——`全自动` 直进下一阶段；已选择 `阶段确认` 时输出**摘要卡**（产出清单 + 关键数字 + 红旗 + 下阶段计划）等放行；`全程交互` 再确认一次。遇**硬阻断**不要硬往下走——按 playbook「失败回退」分支处理，并在摘要卡里**显著标红**说明发生了什么、采取了什么回退。 --- ## 研究级方法闸门（Method Gate）—— Stage 3 之后、Stage 4 之前强制执行 Stage 3 的目标不是「跑出显著系数」，而是把识别设计、估计量、诊断证据、设计风险与稳健性矩阵落成**可审计产物**。 进入前按上表「Stage 3 估计」「Stage 3/5/8 深化」两行加载对应 references，逐项完成并落盘： 0. **分析时序前置**（Stage 2.5）：新研究在估计前锁定计划；已看过结果的研究走 `design_lock.status=retrospective`， `locked_before_estimation=false`、`confirmatory_count=0`，披露既往分析与探索性检验；不得补造事前锁。 两路均须通过 `check_preregistration.py`，细节见 [`design-transparency.md`](references/design-transparency.md) §2.1。第一批估计跑通即冻结复现环境（`00_meta/repro_environment.md` + master script 骨架），**不是收尾才补**。 1. **设计注册** `03_analysis/design_register.md`：estimand、处理定义、比较组、识别假设、主 / 替代估计量、失败回退。 2. **样本审计** `02_data/sample_audit.md`：estimation sample、treated/control 数、treatment timing、missingness/balance/overlap、cluster level 与变量构造对齐 estimand。 3. **最低证据包**：按设计分支补齐必需 artifact（逐卡见 [`design-gate-cards.md`](references/design-gate-cards.md)）。推断口径按 `inference-and-uncertainty.md` 定死并写 `03_analysis/inference_report.md`；有机制主张按 `mechanism-and-channels.md` 分类、把中介移出主设定、证据落 `03_analysis/mechanism/`。 4. **方法闸门报告** `03_analysis/method_gate.md`：逐项列必需证据是否齐、路径、是否 `PASS`，填 **Design Gate Card** 与最强允许 claim 等级。`NOT PASS` 不得进入 Stage 4，须回 Stage 1/2/3 修设计 / 数据 / 估计。 5. **Design risk ledger** `03_analysis/design_risk_ledger.md`：按 [`design-risk-ledger.md`](references/design-risk-ledger.md) 逐项关掉或降级适用威胁。任何 blocking threat 未关 → `design_risk.status=not_pass`、Method Gate 不得 `PASS`；风险只限外推时把 claim consequence 写进两本 ledger。 6. **Evidence ledger** `00_meta/evidence_ledger.md`：每个 manuscript claim 连到 estimand、样本审计、结果文件、稳健性、表图、脚本与允许措辞；摘要 / 引言 / 结果 / 结论 / cover letter 的 claim 不得强于 ledger 的 `Strength`。 7. **治理与透明度 hard flags**：按 [`data-governance.md`](references/data-governance.md) 与 [`design-transparency.md`](references/design-transparency.md) 检查；关键材料缺失时方法闸门不得静默放行。 8. **写入状态**：更新 `workflow_state.json` 的 `analysis_backend` / `empirical_audit` / `method_gate` / `evidence_governance` / `design_risk` / `decisions`（字段语义见 [`workspace-and-state.md`](references/workspace-and-state.md) §2）。 9. **机械闸门自检**：跑 `python3 scripts/pw.py exit 3 <workspace>`，机械校验「某闸门标了 `pass`/`ready` 但 artifact 不在盘上、或上游闸门未过（质量门不得松于方法闸门）」及路径一致性；返回非零必须补齐再放行。这是对 critic 主观判定的机械兜底，不替代它。 **质量门可严于但不得松于方法闸门**：`method_gate.md` 未过 → 初稿质量门「识别可信度」不得达标；`evidence_ledger.md` 有影响主结论的 open discrepancy → 质量门与投稿包不得标 ready。这把现代实证的 reviewer 标准前置到写作之前，避免事后用语言包装弥补方法硬伤。 --- ## 初稿质量门（Draft Quality Gate）—— 把「高质量」从口号变成可验收的闸门 Stage 7 结束、Stage 8 开始前执行质量审阅：优先由适合学科的独立 critic 审阅；环境不支持时按同一标准自审并披露。按 [`references/quality-rubric.md`](references/quality-rubric.md) 的 7 维评分卡给当前初稿打分（派发模板见 [`subagent-templates.md`](references/subagent-templates.md) §QG）： 1. critic 读 `07_dehumanize/main.{tex,md}`（含表图、`ref.bib`）+ `01_proposal/proposal.md`（对照贡献承诺）+ `03_analysis/results/summary.md`（对照真实结果），逐维打分写入 `00_meta/quality_scorecard.md`，只回传总分 / 各维分 / 是否达标 / 最关键 3 条短板。 2. **7 维**（各满分 10，细则见 rubric）：① 选题与贡献锋利度 ② 识别可信度 ③ 稳健性完整度 ④ 结果与解读克制度 ⑤ 写作与结构 ⑥ 引用真实性与文献定位 ⑦ 可复现性。 3. **达标线**：每维 ≥7 **且**总分 ≥56/70 **且**第②③⑥维（识别 / 稳健 / 引用）无致命红旗，**且** `00_meta/claim_integrity_audit.md` 的 `pre-review` 无 blocking finding → 标 `quality_gate=pass`、`draft_milestone=done`，进入可选 Stage 8–9。 **机械前置（先于 critic 打分）**：跑 `python3 scripts/check_manuscript_numbers.py <workspace>`。`unanchored_claims` 或 `inert_boundary_drift` >0 → 质量门直接不得 `pass`，无需打分：没有来源的数字比任何一维失分都更前置。 同批再跑 `python3 scripts/check_ai_disclosure.py <workspace>`：Stage 7 一旦 `done`，`00_meta/ai_use_disclosure.md` 必须存在且带 Stage 7 台账行——**去 AI 味只能抹掉 AI 腔，不能抹掉 AI 声明**。契约见 [`ai-use-disclosure.md`](references/ai-use-disclosure.md)。 4. **未达标**按 rubric「短板 → 回退阶段」映射重做，**最多回退 2 轮**（`revision_rounds_cap`）；Method Gate 方向另受 `method_gate_rounds_cap`（缺省 2）约束。任一触顶按 `budget_exhausted_action`（缺省 `deliver-with-known-gaps`）记「已知短板」标红交用户裁决是否带病投稿——**没有上限，`全自动`档位在一个永远过不了的闸门上就是无界循环**。 5. 每轮打分追加进 `logs/quality_gate.md`，让用户看到分数随修订上升（审计轨迹）。 > 质量门**不是**重跑 Stage 6 打磨、也不替代 Stage 8 评审——只按统一 rubric 量化「这份初稿够不够格」并决定放行还是回炉。 **Claim Integrity Audit**：Stage 7→8（`pre-review`）与 Stage 9（`final-check`）按 [`integrity-and-claim-audit.md`](references/integrity-and-claim-audit.md) 用 [`templates/claim_integrity_audit.md`](templates/claim_integrity_audit.md) 写 / 刷新 `00_meta/claim_integrity_audit.md`，把摘要、引言贡献段、结果主题句、结论、cover letter 的每条数值与因果 claim 逐条定位到证据。任一 blocking verdict → `integrity_audit.status=not_pass`、质量门不得 `pass`；`replication_pack.status=ready` 要求 `pass` 且 `blocking_findings=[]`（终审的中央 claim 不许抽样）。计数写入状态后跑 `check_workspace_gates.py` 抓矛盾。 --- ## 收尾：复盘与交付 所有目标 scope 要求的闸门都满足后（见 `project.scope`；`submission` 含初稿质量门 `pass`），主代理在工作区 根目录产出 **`FINAL_REPORT.md`**（用 [`templates/FINAL_REPORT.md`](templates/FINAL_REPORT.md) 实例化），含： ① 一页流水线复盘表（每 Stage 调用 / 产出 / 关键数字 / 回退分支）· ② 方法闸门报告（链接 `design_register.md` +`method_gate.md`）· ③ 质量门评分卡（链接 `00_meta/quality_scorecard.md`：7 维终评分 + 回退史）· ④ 交付物清单（带相对路径，条目见模板）· ⑤ 可复现说明——**这里是验证不是构建**：复现包骨架在 Stage 3 已冻结， 收尾只做「删派生产物 + 按 master script 真跑一遍」，更新 `replication_pack`；`frozen_at_stage` 为 `null` （收尾才建包）必须在 Residual Risks 里记为已知高风险 · ⑥ 下一步建议（还差哪些稳健性 + 投稿前清单）。 最后告知打包路径。**全程无需人工干预即可从 Setup 跑到交付**（`全自动`）；其余档位只在阶段闸门处征求放行。 --- ## 关键约束（务必遵守） - **绝不替子 skill 重新发明轮子**：识别策略、表格规范、查新、审稿口吻都在既有 skill 里；本编排器只在对的时点把对的 skill 喂对的输入。