uniprot-deep-analysis

UniProt Deep Protein Analysis - Deep UniProt analysis: entry data, UniRef clusters, UniParc cross-references, and gene-centric view. Use this skill for protein science tasks involving get uniprotkb entry by accession get uniref cluster by id get uniparc entry by upi get gene centric by accession. Combines 4 tools from 1 SCP server(s).

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Dépôt: InternScience/DrClaw
Dernière activité de la source: 13 mars 2026 à 15:08
Langue détectée de SKILL.md: anglais
Étoiles: 172
Forks: 9

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name	uniprot_deep_analysis
description	UniProt Deep Protein Analysis - Deep UniProt analysis: entry data, UniRef clusters, UniParc cross-references, and gene-centric view. Use this skill for protein science tasks involving get uniprotkb entry by accession get uniref cluster by id get uniparc entry by upi get gene centric by accession. Combines 4 tools from 1 SCP server(s).

UniProt Deep Protein Analysis

Discipline: Protein Science | Tools Used: 4 | Servers: 1

Description

Deep UniProt analysis: entry data, UniRef clusters, UniParc cross-references, and gene-centric view.

Tools Used

get_uniprotkb_entry_by_accession from uniprot-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt
get_uniref_cluster_by_id from uniprot-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt
get_uniparc_entry_by_upi from uniprot-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt
get_gene_centric_by_accession from uniprot-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt

Workflow

Get UniProtKB entry
Get UniRef cluster
Get UniParc entry
Get gene-centric data

Test Case

Input

{
    "accession"

import asyncio import json from mcp import ClientSession from mcp.client.streamable_http import streamablehttp_client from mcp.client.sse import sse_client SERVERS = { "uniprot-server": "https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt" } async def connect(url, transport_type): transport = streamablehttp_client(url=url, headers={"SCP-HUB-API-KEY": "<YOUR_SCP_HUB_API_KEY>"}) read, write, _ = await transport.__aenter__() ctx = ClientSession(read, write) session = await ctx.__aenter__() await session.initialize() return session, ctx, transport def parse(result): try: if hasattr(result, 'content') and result.content: c = result.content[0] if hasattr(c, 'text'): try: return json.loads(c.text) except: return c.text return str(result) except: return str(result) async def main(): # Connect to required servers sessions = {} sessions["uniprot-server"], _, _ = await connect("https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/10/Origene-UniProt", "streamable-http") # Execute workflow steps # Step 1: Get UniProtKB entry result_1 = await sessions["uniprot-server"].call_tool("get_uniprotkb_entry_by_accession", arguments={}) data_1 = parse(result_1) print(f"Step 1 result: {json.dumps(data_1, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 2: Get UniRef cluster result_2 = await sessions["uniprot-server"].call_tool("get_uniref_cluster_by_id", arguments={}) data_2 = parse(result_2) print(f"Step 2 result: {json.dumps(data_2, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 3: Get UniParc entry result_3 = await sessions["uniprot-server"].call_tool("get_uniparc_entry_by_upi", arguments={}) data_3 = parse(result_3) print(f"Step 3 result: {json.dumps(data_3, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 4: Get gene-centric data result_4 = await sessions["uniprot-server"].call_tool("get_gene_centric_by_accession", arguments={}) data_4 = parse(result_4) print(f"Step 4 result: {json.dumps(data_4, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Cleanup print("Workflow complete!") if __name__ == "__main__": asyncio.run(main())

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