VitaForge

AI4S 端到端干实验自动化研究引擎。自启动检查+追溯入职(半路加入也能补齐历史)+强制Worklog(W1)+输出目录README(W2)+强制文献验证(W3)+强制脚本日志(W4)+分层记忆注入+SPEC驱动+OODA循环+Gate门控。适用于scRNA-seq/空间转录组/跨物种比较等计算生物学项目。

深度调研技能 - 完全内置的多 Agent 并行执行引擎，支持引用管理、文件发送、轻量量化验证和实时进度反馈。支持 2-8 个内置 agent 同时工作，大幅提升 Token 使用效率和执行速度。

Loop 系统工程师 — 从用户需求出发，设计并开发完整的多 skill 联动 package。扫描三镜像仓库现有资产，识别可复用 skill 与缺失 skill，调用 skill-governor 规范逐一开发缺失项，组包并编写主调度 skill 的平滑层。也可用于对已有 package 进行联动完整性审计（格式合规+主调度逻辑+入口文档同步+命名一致性）。当用户说"我需要一个 XX 系统/loop/agent 包"、"帮我设计一个多技能联动方案"、"从需求出发开发一整套 skill"、"检查 package 联动完整性"时触发。不适用于：单个 skill 的开发（用 skill-governor）、纯代码调试（用 debug）、纯研究任务。

首席私人医疗架构师 - 循证医学与中医结合的顶级私人医疗顾问。具备临床医学与药理学背景，深度掌握循证医学检索能力，擅长通过实时调用顶级医学数据库，结合传统中医理论，为高净值人群提供科学的健康管理与个性化医疗方案。

国自然基金资深评审专家与辅导顾问 - 深谙NSFC评审规则与基金委导向，提供从破题、科学问题提炼、立项依据撰写到预算规划的全流程辅导。

论文阅读助手 - 资深学术研究员，专精于跨学科文献的精读与批判性分析。帮助用户高效、深刻地理解学术论文，提供结构化的精读报告和批判性思考。

用 pdfplumber 快速提取本地 PDF 的纯文本并转成 Markdown，便于后续阅读、总结和分析。适用于用户发来的 PDF，或从 OpenAlex、PubMed、网页抓取后落到本地的 PDF 文件。仅覆盖有文本层的 PDF；扫描件/图片型 PDF 会明确提示无法直接提取。

This skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links.

SCI 期刊投稿全流程专家支持：预审诊断、梯度选刊、作者指南格式核查、数据与开放科学合规、审稿意见解析与逐点回复、Cover Letter 与投稿策略、出版伦理与合规边界、跨境 APC/豁免与发票流程、投稿系统状态与催稿策略、多刊并行规划。在用户提出选刊、desk rejection 风险、统计/报告规范、回复信、APC、预印本/署名/利益冲突等问题时触发。不用于：数据造假、图片篡改、一稿多投、虚假同行评审、代签版权/法律文件、或代替用户做最终学术结论。

scRNA-seq 端到端全流程自动化分析引擎。从 CellRanger 输出到高级下游分析的完整标准化 pipeline，强调并行计算效率、AI agent 自动文献注释（调用 /scrna-celltype-annotation）、硬件感知资源调度。覆盖 QC/Seurat 处理/marker 发现/细胞注释/DGE-GSEA/轨迹分析/细胞通讯等全部环节。适用于 10X Genomics scRNA-seq 数据分析项目。

识典古籍采集助手。用于从识典古籍网站（shidianguji.com）抓取古书章节内容，批量下载并合并为 Markdown。

学位论文资深写作顾问 & 盲审模拟专家 - 精通教育部及各大高校学位论文撰写规范，支持基于RAG的风格模仿，实现去AI化的学术写作输出。

将自然语言需求转换为生产级技术规范和 AI 执行指令（全栈架构师模式）。当用户需要把模糊需求转为精确技术 spec、设计系统架构、生成 AI 编码指令时触发。VitaForge 工程底座之一，用于把研究/分析需求结构化。不适用于：纯代码调试（用 code-debugger）。

AI4S 端到端干实验自动化研究引擎。自启动检查+追溯入职(半路加入也能补齐历史)+强制Worklog(W1)+输出目录README(W2)+强制文献验证(W3)+强制脚本日志(W4)+分层记忆注入+SPEC驱动+OODA循环+Gate门控。适用于scRNA-seq/空间转录组/跨物种比较等计算生物学项目。

基于深度上下文理解的代码调试与增量开发流程。用于修复 Bug、性能问题、变量追踪或在既有模块上做增量功能时，需要建立调用链/变量依赖并维护 `.debug/` 记录的场景。

混合代码审查系统 — 结合确定性工程规则与 Agent 场景化分析，外部 OCR CLI 优先 + Agent 降级模式，按 High/Medium/Low 分级输出审查意见。

代码库知识图谱接口 — 将代码库索引为依赖/调用链/聚类/执行流图谱，暴露查询工具供其他 skill 获取架构理解。推荐配置 GitNexus MCP，无则静态分析降级。

深度调研技能 - 完全内置的多 Agent 并行执行引擎，支持引用管理、文件发送、轻量量化验证和实时进度反馈。支持 2-8 个内置 agent 同时工作，大幅提升 Token 使用效率和执行速度。

开发环境扫描与偏好配置 — 项目初始化时自动检测本地工具链、运行时、硬件能力，交互式收集开发者偏好，输出结构化 profile 供后续 skill 决策参考。

顶级生物医学专家与科研叙事大师。用于分析科研图表（Western Blot、热图、流式、统计图等），结合 PubMed 文献检索，将平淡数据转化为引人入胜的科学故事，生成 Result 重构、专业图注和升维 Discussion。需配合 MCP PubMed 工具。

PPT 模板编辑指南 — 用于以现有演示文稿为模板进行内容替换和布局优化。当用户需要编辑/修改已有 PPTX 时触发。

研究方法论反向提取器。从已有深度研究文档中提取可复用的研究框架模板，实现"研究思路模板化、未来场景复用化"。适用于沉淀研究方法论、生成 Agent Prompt 模板、构建标准化研究流程。

Loop 系统工程师 — 从用户需求出发，设计并开发完整的多 skill 联动 package。扫描现有 skill 资产，识别可复用与缺失项，逐一开发后组包，编写主调度 skill 平滑层。也可用于对已有 package 进行联动完整性审计（格式合规+主调度逻辑+入口文档同步+命名一致性）。当用户说"我需要一个 XX 系统/loop/agent 包"、"帮我设计一个多技能联动方案"、"检查 package 联动完整性"时触发。不适用于单个 skill 开发。

首席私人医疗架构师 - 循证医学与中医结合的顶级私人医疗顾问。具备临床医学与药理学背景，深度掌握循证医学检索能力，擅长通过实时调用顶级医学数据库，结合传统中医理论，为高净值人群提供科学的健康管理与个性化医疗方案。

国自然基金资深评审专家与辅导顾问 - 深谙NSFC评审规则与基金委导向，提供从破题、科学问题提炼、立项依据撰写到预算规划的全流程辅导。

处理 Microsoft Office Open XML 文件 — .pptx（演示文稿/幻灯片）、.docx（Word 文档）、.xlsx（Excel 表格）。当用户提到或需要处理这些格式时触发：读取/提取文本、编辑、从模板或从零创建、解包/打包 XML、校验。关键词：.pptx, .docx, .xlsx, presentation, deck, slides, Word document, Excel, spreadsheet, PowerPoint, 幻灯片, 演示文稿, 表格。

论文阅读助手 - 资深学术研究员，专精于跨学科文献的精读与批判性分析。帮助用户高效、深刻地理解学术论文，提供结构化的精读报告和批判性思考。

End-to-end manuscript-to-submission workflow management for academic papers. Use when preparing a manuscript for journal submission, assembling submission packages, aligning with journal instructions, creating cover letters/forms, validating figures/tables, or coordinating post-submission tracking in this repository.

用 pdfplumber 快速提取本地 PDF 的纯文本并转成 Markdown，便于后续阅读、总结和分析。适用于用户发来的 PDF，或从 OpenAlex、PubMed、网页抓取后落到本地的 PDF 文件。仅覆盖有文本层的 PDF；扫描件/图片型 PDF 会明确提示无法直接提取。

PptxGenJS 教程与参考 — 用于从零创建 PPTX 演示文稿。当用户需要用代码生成全新 PPT 时触发。不适用于编辑已有 PPT（用 editing）。

PubMed 文献链接查询与更新技能。系统化查询参考文献的 PubMed 链接、PMID、DOI，批量更新 Reference_list.md，检测开放获取状态并下载全文。需配合 MCP PubMed 工具。

SCI 期刊投稿全流程专家支持：预审诊断、梯度选刊、作者指南格式核查、数据与开放科学合规、审稿意见解析与逐点回复、Cover Letter 与投稿策略、出版伦理与合规边界、跨境 APC/豁免与发票流程、投稿系统状态与催稿策略、多刊并行规划。在用户提出选刊、desk rejection 风险、统计/报告规范、回复信、APC、预印本/署名/利益冲突等问题时触发。不用于：数据造假、图片篡改、一稿多投、虚假同行评审、代签版权/法律文件、或代替用户做最终学术结论。

scRNA-seq 端到端全流程自动化分析引擎。从 CellRanger 输出到高级下游分析的完整标准化 pipeline，强调并行计算效率、AI agent 自动文献注释（调用 /scrna-celltype-annotation）、硬件感知资源调度。覆盖 QC/Seurat 处理/marker 发现/细胞注释/DGE-GSEA/轨迹分析/细胞通讯等全部环节。适用于 10X Genomics scRNA-seq 数据分析项目。

基于 Seurat FindAllMarkers 差异表达结果与文献 MCP 工具，对单细胞亚群进行 major/minor 细胞类型注释并生成带 R recode 代码和文献依据的 Markdown 报告。

识典古籍采集助手。用于从识典古籍网站（shidianguji.com）抓取古书章节内容，批量下载并合并为 Markdown。

学位论文资深写作顾问 & 盲审模拟专家 - 精通教育部及各大高校学位论文撰写规范，支持基于RAG的风格模仿，实现去AI化的学术写作输出。

VitaForge 主调度 — 面向医学-生命科学 AI4S 的全场景分诊入口。接收用户自然语言需求，识别所处场景（干实验引擎/测序分析/文献科研/科研叙事/临床医学/论文写作/投稿发表/基金申请/文档办公/古籍处理/工程底座/系统编排/部署治理），路由到对应子 skill。当用户进入 VitaForge 环境并描述任何医学、生命科学或科研相关需求时自动激活。不确定用哪个 skill 时，先用这个。不适用于：已被精确路由到单一子 skill 的明确任务。

将自然语言需求转换为生产级技术规范和 AI 执行指令（全栈架构师模式）。当用户需要把模糊需求转为精确技术 spec、设计系统架构、生成 AI 编码指令时触发。VitaForge 工程底座之一，用于把研究/分析需求结构化。不适用于：纯代码调试（用 code-debugger）。

AI4S 端到端干实验自动化研究引擎。自启动检查+追溯入职(半路加入也能补齐历史)+强制Worklog(W1)+输出目录README(W2)+强制文献验证(W3)+强制脚本日志(W4)+分层记忆注入+SPEC驱动+OODA循环+Gate门控。适用于scRNA-seq/空间转录组/跨物种比较等计算生物学项目。

基于深度上下文的智能代码调试与增量开发。用于 Bug 定位与修复、增量功能开发、技术栈 Checkfix 闭环及 .debug 文档维护。