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A consolidated index of Bioconductor how-to skills covering genomics, sequencing, and omics data analysis tasks
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/Bioconductor/ai-agent-skills --skill bioc-howtoコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | bioc-howto |
| description | A consolidated index of Bioconductor how-to skills covering genomics, sequencing, and omics data analysis tasks |
| version | 1.0.0 |
| category | bioconductor-how-tos |
| author | bioconductor |
This skill indexes a collection of focused, practical how-tos for common Bioconductor tasks. Each entry links to a dedicated file with full step-by-step instructions, required packages, example code, and further reading.
The individual how-to files are located in skills/bioc-howto/how-tos/.
| Skill | Description |
|---|---|
| compute-read-coverage | Compute per-base read coverage from a BAM file using Bioconductor's GenomicAlignments package |
| compute-sequence-composition-for-genomic-regions | Compute GC content and CpG observed/expected ratio for genomic regions using Bioconductor |
| extract-promoter-sequences | Extract promoter DNA sequences for any organism's genes using Bioconductor |
| get-exon-intron-sequence-for-gene | Retrieve exon and intron DNA sequences for a specific gene using Bioconductor |
| load-gene-from-gff-gtf | Import a gene model from a GFF or GTF file as a TxDb object using Bioconductor |
| read-big-bam-file-in-chunks | Iterate through a large BAM file in memory-efficient chunks using Bioconductor |
| read-gene-sets-from-gmt-files | Read gene sets from GMT files (e.g. MSigDB) into Bioconductor GeneSetCollection objects |
| read-mass-spectrometry-data | Load raw mass spectrometry data from mzML files into a Bioconductor Spectra object |
| read-paired-end-reads-from-bam-file | Load paired-end reads from a BAM file as GAlignmentPairs or GAlignmentsList using Bioconductor |
| read-single-end-reads-from-bam-file | Load single-end reads from a BAM file into a GAlignments object using Bioconductor |
| retrieve-gene-model-from-annotationhub | Download a gene model from AnnotationHub as a GRanges or GRangesList object using Bioconductor |
| use-tidy-principles-for-granges-manipulation | Manipulate GRanges objects using dplyr-style tidy verbs via the tidyomics/plyranges Bioconductor ecosystem |
| use-tidy-principles-for-rna-seq-analysis | Manipulate SummarizedExperiment and SingleCellExperiment RNA-seq objects using tidy dplyr-style verbs via tidyomics |
