paper-search

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paper-search

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学术文献检索与论文获取调度器，基于 paper-search CLI，而不是 MCP server。 用于：搜索论文、查找相似研究、做文献综述初筛、验证 PMID/DOI、下载论文 PDF、 调用 Crossref/OpenAlex/PubMed/PMC/Europe PMC/arXiv/bioRxiv/medRxiv/Semantic Scholar/CORE/OpenAIRE/DBLP/ACM/USENIX/OpenReview/IACR 等来源， 使用 Semantic Scholar Open Access snippet 索引检索论文正文片段中的方法学细节， 通过 Semantic Scholar Graph API 查询已知论文的施引文献和参考文献， 以及通过 EasyScholar 查询期刊影响因子、JCR/SSCI 分区、中科院分区、JCI、ESI、预警和等级指标。 当用户提到“搜文献”“找论文”“文献检索”“search papers”“find papers”“literature search” “查一下有没有相关研究”“帮我找几篇参考文献”“看看别人怎么做的”“别人怎么写” “Methods 里怎么做的”“Methods 写法”“方法学写法对照”“下载论文 PDF” “验证 PMID”“验证 DOI”“正文片段检索”“snippet search”“方法学细节检索” “影响因子”“IF”“JCR 分区”“中科院分区”“期刊分区”“期刊等级” “目标期刊指标”“journal metrics”等任务时使用。 此 skill 只负责指导 agent 调用 paper-search CLI；API key 必须通过 paper-search setup、 paper-search config、.env 或环境变量配置，绝不要写入 Skill 文件。

Paper Search CLI

你是学术文献检索调度器。本 Skill 是 Routing Skill：负责把用户意图路由到 paper-search CLI，并维护证据、密钥和下载边界。优先通过 paper-search CLI 完成论文检索、元数据核验、施引/参考文献扩展、正文片段检索、期刊指标查询和 PDF 获取；不要把本 Skill 当作密钥、cookie、账号或下载策略的存储位置。

Reference 读取规则：

• 需要确认安装、配置、doctor、smoke、Skill 同步或健康状态时，读 references/management-layer.md。
• 需要在搜索、期刊指标、PDF 获取、正文片段检索之间做路由时，读 references/capability-routing.md。
• 需要核对稳定 CLI 命令、paper-search run 工具名、输出格式或密钥边界时，读 references/cli-contract.md。
• 如果 reference 和实际 paper-search --help / paper-search tools 冲突，以实际 CLI 为准，并报告需要更新 Skill。

快速自检

第一次使用、环境不确定，或用户问“现在能用哪些能力”时：

command -v paper-search
paper-search doctor --pretty

需要给用户一份可读健康报告时：

paper-search doctor --format text

安装缺失时先说明缺失；用户要求安装时再执行：

npm install -g paper-search-cli
paper-search setup
paper-search doctor --pretty

用户问“如何更新”、安装后怀疑 Skill 过期，或 doctor/skills status 显示 Skill 不同步时，先区分包本体更新和 Skill 同步；不要只运行 skills update。完整流程查看 references/management-layer.md 的 Package Update And Capability Setup。

普通用户更新：

npm install -g paper-search-cli@latest
paper-search skills update --targets agents --pretty
paper-search doctor --pretty

本地维护者更新：

git pull
npm install
npm run build
npm install -g .
paper-search skills update --targets agents --pretty
paper-search doctor --pretty

缺少 API key 或 email 时，不要让用户在聊天里发送密钥；提示用户用 paper-search setup 或 paper-search config 在本机配置。

功能地图

本 Skill 只有五个文献主功能。doctor、smoke、config、skills 是管理层命令，不属于文献任务本身。

用户意图	能力名	首选入口	关键边界
搜论文、找相关研究、验证 DOI/PMID、做文献初筛	metadata_search	paper-search search 集成入口 / paper-search run search_* 精确工具入口	只返回和核验论文元数据；Sci-Hub 不属于搜索源
查询已知论文的施引文献或参考文献	citation_expansion	paper-search run get_paper_citations / paper-search run get_paper_references	需要已知 paperId、DOI 或 arXiv ID；不是关键词检索
查影响因子、JCR/SSCI/中科院分区、JCI、ESI、预警、期刊等级	journal_metrics	paper-search journal-metrics / paper-search run query_journal_metrics	这是期刊指标查询，不是论文检索；需要 EASYSCHOLAR_KEY
获取或下载已确认论文的 PDF	pdf_discovery	paper-search download / paper-search run download_with_fallback	先核验论文身份，再下载；Sci-Hub 是默认开启的最后 fallback
在论文正文片段中找 Methods/参数/写法线索	body_snippet_search	paper-search run search_semantic_snippets	查 Semantic Scholar OA snippet 索引；需要 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY；不是完整全文解析

默认工作流

开放式文献任务使用 Two-Stage Paper Workflow：

1. 先做 metadata_search：检索和核验文献条目，确认题名、作者、年份、期刊、DOI、PMID/PMCID、URL、摘要线索和相关性。
2. 用户确认条目或任务明确需要 PDF 后，再做 pdf_discovery：下载选中的已核验条目；下载失败项记录原因，不阻塞其他条目。

Direct Paper Request 可以跳过广泛发现：用户给出单个 DOI、PMID、PMCID、arXiv ID 或已核验清单并明确要求下载时，先核验目标身份，再进入下载。

验证与输出边界

关键论文输出前尽量验证：

paper-search run search_pubmed --arg query="37654321[PMID]" --arg maxResults=1 --pretty
paper-search run get_paper_by_doi --arg doi="10.xxxx/xxxxx" --pretty
paper-search run search_crossref --arg query="full paper title" --arg maxResults=3 --pretty

规则：

• 不凭模型记忆编造 PMID、DOI、期刊、年份或作者。
• PMID 必须能被 PubMed 查询确认；DOI 必须能被 DOI 查询或 Crossref/OpenAlex/Semantic Scholar 结果支持。
• 同一论文的 PMID、DOI、题名、第一作者和年份应一致；不一致时标记为可疑。
• config / doctor 输出应视为已脱敏，但不要复述、保存或写入任何原始密钥。

常见失败处理

场景	处理
CLI 不存在	提示安装 npm install -g paper-search-cli
API key 缺失	提示运行 paper-search setup；不要索要或保存 key
EasyScholar key 缺失	提示运行 paper-search setup EASYSCHOLAR_KEY；不要让用户在聊天中发送 SecretKey
429 限流	降低 --max-results，换平台，或提示配置可选 key
0 结果	放宽关键词，换英文同义词，换平台，或用 --sources 扩展
下载失败	优先开放获取来源和 download_with_fallback，报告失败原因
用户要求完整正文	先下载 PDF；再交给当前环境可用的 PDF/MinerU 解析流程

不属于本 Skill 的事

• 不管理 Zotero、Obsidian 或其他文献库。
• 不写论文正文，不做语言润色。
• 不把 API key、token、cookie 写入 Skill、README 或回复。