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Use whenever you need to access existing standard annotations OR bioentities (genes, gene products) in the ID space used by Noctua
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/geneontology/go-jupyter --skill amigoコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
| name | amigo |
| description | Use whenever you need to access existing standard annotations OR bioentities (genes, gene products) in the ID space used by Noctua |
Use for finding gene products and annotations
This uses the noctua command line tool, which should have been installed when we ran uv tool install noctua
I recommend:
alias amigo='noctua amigo'
When these docs say amigo this can be expanded to noctua amigo if the alias is not set.
You can get help at any time
amigo --help
subcommands also have help
Note that in AmiGO and in the GO-CAM store, MOD IDs are used for MODs, ComplexPortal for complexes, with UniProtKB (or RNA Central) IDs used for gene products in human and other species
Search bioentities
amigo search-bioentities --help
By text (eg gene symbol)
amigo search-bioentities -t P53
yields:
BIOENTITY LABEL NAME TAXON TYPE SOURCE
FB:FBgn0039044 p53 p53 Drosophila melanogaster protein FB
ComplexPortal:CPX-663 p53-mdmx_human p53-MDM4 transcriptional regulation complex Homo sapiens protein_complex ComplexPortal
ComplexPortal:CPX-759 p53-mdm2_human p53-MDM2 transcriptional regulation complex Homo sapiens protein_complex ComplexPortal
ComplexPortal:CPX-6093 p53-mdm2_human-1 p53-MDM2-MDM4 transcriptional regulation complex Homo sapiens protein_complex ComplexPortal
UniProtKB:A0A9L0SIC9 TP53 Cellular tumor antigen p53 Equus caballus protein UniProtKB
Restricting by taxon:
amigo search-bioentities -t P53 --taxon NCBITaxon:9606
Viewing more entities
amigo search-bioentities -t P53 -l 300
Fetching info on an entity or checking it exists:
amigo get-bioentity UniProtKB:P04637
All annotations for an entity:
amigo bioentity-annotations UniProtKB:P04637
Found 100 annotations for UniProtKB:P04637:
GO_TERM GO_NAME ASPECT EVIDENCE REFERENCE WITH QUALIFIER ASSIGNED_BY DATE
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation P ISS ['PMID:30514107'] - - ARUK-UCL 20210810
GO:0051726 regulation of cell cycle P ISS ['PMID:30514107'] - - ARUK-UCL 20210810
GO:1902749 regulation of cell cycle G2/M phase transition P IMP ['PMID:10962037'] - - UniProt 20210802
GO:0006974 DNA damage response P IDA ['PMID:14744935'] - - MGI 20101109
GO:0006983 ER overload response P IDA ['PMID:14744935'] - - MGI 20101109
Note that this is truncated. Use -l 9999 to fetch all
Search for GO annotations with filtering:
amigo search-annotations [OPTIONS]
╭─ Options ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮ │ --bioentity -b TEXT Bioentity ID to filter by │ │ --go-term -g TEXT GO term ID to filter by │ │ --closure -c TEXT GO terms including closure (can repeat) │ │ --evidence -e TEXT Evidence types to filter by (can repeat) │ │ --taxon TEXT Organism filter │ │ --aspect -a TEXT GO aspect (C, F, or P) │ │ --assigned-by TEXT Annotation source filter │ │ --limit -l INTEGER Maximum number of results [default: 10] │ │ --base-url TEXT Custom GOlr endpoint URL │ │ --help Show this message and exit. │ ╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────