AI-BioResearch-Workflow

把一份分析报告、手稿草稿或结论段落拆成原子陈述，逐条打到权威数据库与文献核验，并标注每条的支持/反驳/无证据状态。当用户要求核查结论、验证结果、检查引用是否属实、审阅手稿的事实性、或问"这些数字可靠吗"时使用。也在提交前的最后一道自查时使用。

处理受控访问的人类数据（dbGaP、All of Us、UK Biobank、EGA、TCGA controlled）时的合规操作规程。当用户提到这些数据源、提到 TRE/RAP/Workbench、问"能不能用 AI 分析患者数据"、需要申请数据访问、或需要把分析提交进安全计算环境时使用。

把一个分析需求写成可复现的 Nextflow 或 Snakemake 工作流，含测试、容器 digest 固定、参考版本固定、provenance 输出。当用户要求做 RNA-seq/WGS/WES/ATAC-seq/单细胞分析、跑 nf-core 流程、批量处理测序数据、或需要"可复现的分析流程"时使用。也在需要把一段探索性 notebook 固化成生产流程时使用。

从生物医学知识图谱生成可检验假设。当用户要求提出研究假设、寻找机制解释、做靶点发现、药物重定位、或问"X 和 Y 之间可能有什么联系"时使用。也在需要为一个观察到的表型找候选通路时使用。