ChemClaw

Extract structured chemical compound characterization data from chemistry supplementary material documents (PDF/Markdown). 从化学论文补充材料(PDF/Markdown)中提取结构化化合物表征数据。 Use when Kimi needs to extract compound properties including NMR spectra, HRMS, HPLC data, melting points, optical rotation, and yield information from chemistry research papers or supplementary materials. 支持提取NMR谱图、HRMS、HPLC数据、熔点、旋光度、产率等信息。 Supports both single compound extraction and batch extraction of all compounds. 支持单个化合物提取和批量提取所有化合物。

Convert Gaussian gjf input files to XYZ format. 将Gaussian gjf输入文件转换为XYZ格式。 Use when agent needs to convert molecular structure files from Gaussian input format (.gjf) to XYZ format for visualization or use with other computational chemistry software. 当智能体需要将Gaussian输入格式(.gjf)的分子结构文件转换为XYZ格式用于可视化或其他计算化学软件时使用。

Convert PDF files to Markdown using MinerU API. 使用MinerU API将PDF文件转换为Markdown格式。 Use when Kimi needs to extract structured text, images, tables, and formulas from PDF documents while preserving document layout and formatting. 适用于需要提取结构化文本、图片、表格和公式并保留文档布局的场景。 Supports batch conversion and outputs full.md with images/, JSON metadata, and other extracted assets. 支持批量转换，输出full.md、images/目录、JSON元数据等。 Now supports large PDFs (600+ pages) by automatic splitting and merging. 现已支持大文件(600+页)自动拆分和合并处理。

Extract DFT calculation coordinates from PDF files and generate Gaussian gjf files. 从PDF文件中提取DFT计算坐标并生成Gaussian gjf输入文件。 Supports batch processing with separate output folders for each PDF. 支持批量处理，每个PDF单独生成输出文件夹。

Predict and visualize MS/MS spectra from a single SMILES using the fioRa online app. Use when the user wants a mass spectrum, MGF/MSP output, or a plotted stick spectrum from SMILES, with optional custom Name, precursor type, collision energy, and instrument settings.

Predict liquid-phase ¹H and ¹³C NMR chemical shifts from a SMILES string using NMRNet (deep learning, SE(3)-Transformer). Outputs per-atom shift values (ppm) and Lorentzian-broadened spectrum PNG files.

使用半经验方法 (xTB) 对分子三维结构进行几何优化，支持 SMILES 自动转 3D、XYZ 文件输入，输出优化后坐标、能量、收敛状态。

预测小分子多种物化性质（沸点、折射率、密度、黏度、表面张力等），当前已真实接入 bamboo_mixer 单分子物性模型后端。

预测小分子的 pKa，支持 custom 启发式后端和 Uni-pKa 单文件权重后端（Bohrium notebook 路线）。

基于 SMILES 提供与 surfactant（表面活性剂）任务相关的表面张力参考预测，支持 baseline 启发式后端与 public_joblib 公开模型参考后端。

Predict 11B (boron-11) NMR chemical shift for boron-containing molecules using a local CPU inference pipeline. Use when the user asks to predict boron NMR or 11B chemical shift and provides a molecule such as a SMILES string. The skill can download model weights from Hugging Face on first use, run local CPU inference, and generate a labeled molecule image so each predicted shift can be matched to a specific boron atom.

Compute and visualize IR Spectra from input SMILES or XYZ file with MLatom.

Compute vibrational spectra from MD trajectory — power spectrum (velocity autocorrelation) or IR (dipole autocorrelation) via MLatom.

Compute and visualize Raman Spectra from input SMILES or XYZ file with MLatom.

UV-Vis spectrum from SMILES via UV-adVISor (https://spectra.collaborationspharma.com/). Input SMILES, auto-fetch, plot PNG.

XRD spectrum from CIF structure file using pymatgen (Cu Kα).

ADME 性质预测工具。预测分子的吸收、分布、代谢、排泄性质，包括 Caco-2 通透性、PAMPA、HIA、Pgp 抑制、生物利用度、亲脂性等。使用 Morgan 指纹 + Random Forest/XGBoost。当用户提到 ADME 预测、药物性质、通透性、吸收、代谢等时触发。

化学文件格式转换工具。支持 .xyz, .gjf (Gaussian), .mol, .sdf, .pdb, .mol2 等格式互转。使用 Open Babel 或 RDKit 进行转换。当用户提供化学文件并要求转换格式、生成不同格式的文件、或提到文件转换时触发。

将 IUPAC 化学名称转换为 SMILES 字符串。完全使用 OPSIN API，支持聚合物智能解析。

将 PDF 文献转换为 Markdown 文件，并提取所有图表图片。使用 MinerU (opendatalab) 进行工业级高质量解析。

将 SMILES 或化学名称转换为分子 2D 结构图。支持普通分子和聚合物 2D 结构绘制。

将 SMILES 或化学名称转换为分子 3D 结构。支持生成 SDF 文件、3D 分子图片和可交互 HTML 网页（可旋转观察）。

将分子结构图片转换为 SMILES 字符串。使用 DECIMER 和 MolNextR 模型进行图像识别。

论文级分子渲染工具。使用 xyzrender 生成出版质量的 SVG、PNG、PDF 和 GIF 动画。支持过渡态、非共价相互作用、分子轨道、晶体结构等高级功能。

从 PDF 文献中提取化学反应数据，特别是反应条件优化信息。支持提取反应物、产物、催化剂、溶剂、温度、时间、产率等，并输出结构化 CSV 文件。使用 MinerU + NLP + 规则匹配进行精确提取。

将 SMILES 字符串转换为 IUPAC 化学名称。使用 PubChem、NCI/CADD、STOUT、RDKit-InChI 多种方法智能转换。