xy-pubmed-pdf-downloader

name	xy-pubmed-pdf-downloader
description	Download PDFs from PubMed Central (PMC) and Europe PMC. Use when the user needs to download open-access academic papers from PubMed Central using PMC ID, PubMed URL, PMID, or DOI. Supports single download and batch download modes. Created by xuyuan0805.

XY PubMed PDF Downloader

下载 PubMed Central (PMC) 和 Europe PMC 开放获取论文的 PDF 文件。

功能

• 支持多种输入格式：PMC ID、PubMed URL、DOI
• 自动从 URL 中提取 PMC ID
• DOI 自动转换为 PMC ID
• 批量下载支持
• 自动回退到 Europe PMC

使用方法

单文件下载

python3 scripts/download_pmc_pdf.py <identifier>

支持的 identifier 格式：

• PMC ID: PMC12345678 或 12345678
• PubMed URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12345678/
• DOI: 10.3389/fcvm.2024.1368022

批量下载

创建文本文件 pmc_list.txt，每行一个 ID：

PMC12345678
PMC87654321
10.3389/fcvm.2024.1368022
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC56789012/

运行：

python3 scripts/download_pmc_pdf.py --batch pmc_list.txt

选项

• -o, --output <dir>: 指定输出目录 (默认: ./downloads)
• -f, --filename <name>: 自定义文件名
• --batch <file>: 从文件批量下载

示例

# 下载单个 PDF
python3 scripts/download_pmc_pdf.py PMC12867338

# 指定输出目录
python3 scripts/download_pmc_pdf.py PMC12867338 -o ./papers

# 自定义文件名
python3 scripts/download_pmc_pdf.py PMC12867338 -f coronary_prediction.pdf

# 批量下载
python3 scripts/download_pmc_pdf.py --batch id_list.txt -o ./batch_downloads

注意事项

1. 仅支持开放获取 (Open Access) 的文章
2. 如果 PMC 下载失败，会自动尝试 Europe PMC
3. 批量下载时默认有 1 秒延迟，避免对服务器造成压力
4. 需要 requests 库：pip install requests

输出

下载的 PDF 文件保存在指定目录，默认命名格式：

• PMC{ID}.pdf (如 PMC12867338.pdf)

错误处理

• 404: 文章不存在或不是开放获取
• DOI 转换失败: 该 DOI 没有对应的 PMC 记录
• 其他网络错误会显示详细错误信息