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Search PubMed/PMC medical literature via MCP server. Use for literature search, retrieving abstracts, full-text articles, and citation analysis. Supports MeSH terms, batch fetching, PDF downloads, and RIS export.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
SOC 職業分類に基づく
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/masa061580/pubmed-skill --skill pubmedコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
| name | pubmed |
| description | Search PubMed/PMC medical literature via MCP server. Use for literature search, retrieving abstracts, full-text articles, and citation analysis. Supports MeSH terms, batch fetching, PDF downloads, and RIS export. |
Direct PubMed/PMC API access via web_fetch. No dependencies required.
| Function | Endpoint |
|---|---|
| Search | eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi |
| Summary | eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi |
| Fetch | eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi |
| Similar | eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi |
| Citations | icite.od.nih.gov/api/pubs |
| PMC Full Text | www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/oa/oa.fcgi |
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=QUERY&retmax=20&retmode=json&sort=SORT
Sort options:
sort=relevance — Best Match (ML-based, default)sort=pub_date — Most RecentExample:
?db=pubmed&term=gastric+cancer[mh]+AND+artificial+intelligence[mh]&retmax=10&retmode=json&sort=pub_date
Returns: idlist (PMIDs), count, querytranslation
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=PMID1,PMID2&retmode=json
Returns: title, authors, journal, pubdate, pmcid (if available)
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=PMID1,PMID2&rettype=abstract&retmode=xml
Returns: Full abstract XML with all metadata
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=QUERY&retmax=0&retmode=json
Use retmax=0 for fast count without retrieving IDs.
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&db=pubmed&id=PMID&cmd=neighbor_score&retmode=json
Returns related articles ranked by similarity score.
https://icite.od.nih.gov/api/pubs?pmids=PMID1,PMID2,PMID3
Returns: citation_count, relative_citation_ratio, nih_percentile, etc.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/oa/oa.fcgi?id=PMCID
Returns OA article links including PDF URLs.
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=PMID1,PMID2&rettype=medline&retmode=text
Returns MEDLINE format (convertible to RIS).
See references/query-syntax.md for MeSH terms and search fields.
# 1. Search with relevance sort
search = web_fetch("...esearch.fcgi?term=gastric+cancer+AI&sort=relevance&retmax=20")
pmids = search["idlist"]
# 2. Get summaries
summaries = web_fetch(f"...esummary.fcgi?id={','.join(pmids)}")
# 3. Fetch abstracts for top hits
abstracts = web_fetch(f"...efetch.fcgi?id={pmids[0]},{pmids[1]}&rettype=abstract")
# 4. Get citation counts
citations = web_fetch(f"https://icite.od.nih.gov/api/pubs?pmids={','.join(pmids)}")
&api_key=KEY)Get API key: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/