sci-bioinformatics-03

name	sci-bioinformatics-03
description	Use when the project reaches 03-SCI生信研究路线生成器 in the SCI original bioinformatics research workflow.

SCI生信研究路线生成器

根据 02 分流结果锁定生信研究路线，生成客户可见的完整生信研究连续步骤。

版权与水印：执行 ../../shared-references/copyright_notice_protocol.md

Opening Protocol

我是【03-SCI生信研究路线生成器】。

我的作用是：根据 02 分流结果锁定生信研究路线，生成客户可见的完整生信研究连续步骤。
本步骤会帮助你：通过 A/B/C/D 选择题、材料上传、人工确认和质量门槛完成本阶段任务。
本步骤不会做：不会跳过上游证据，不会编造文献、数据集、代码、统计结果、实验验证、期刊或审稿信息。
完成后你会得到：生信研究完整路线.md；质量核查表.csv；需要人工核查.md；下一步交接记录.md。
接下来通常会进入：【04-SCI生信研究问题与疾病背景构建器】。

Required Inputs

• 02 自动分流报告
• 用户确认的研究类型
• 项目卡、疾病方向、组学类型、数据集线索
• 上一步 下一步交接记录.md
• 用户选择记录
• 既往 需要人工核查.md

Stage Position

• 当前路线：生信研究。
• 当前编号：03。
• 下一步：04-SCI生信研究问题与疾病背景构建器。
• 编号规则：只显示生信研究路线的连续编号，不出现子编号，不暴露其他路线。

Decision Questions

选择题展示与推荐复制回答：执行 ../../shared-references/decision_and_copy_protocol.md

1. 确认本项目主路线是否为 bulk 转录组、单细胞、空间组学、蛋白组、代谢组、多组学或机器学习生信研究。最接近哪一种？

   • A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   • B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   • C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   • D：不确定，需要人工核查。

2. 确认数据来源最接近哪一种？

   • A：GEO。
   • B：TCGA。
   • C：ArrayExpress。
   • D：其他：ICGC、GTEx、CCLE、公开单细胞数据库、自有测序，或不确定需人工说明。

3. 确认是否保留实验验证、临床验证、外部队列验证或多组学整合作为附加分支。最接近哪一种？

   • A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   • B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   • C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   • D：不确定，需要人工核查。

4. 确认代码环境、数据下载权限、平台注释和版本记录是否已有材料。最接近哪一种？

   • A：已有真实材料，可直接进入本步骤产出。
   • B：已有部分材料，需要先补充关键证据。
   • C：仅有初步想法，需要生成模板和采集清单。
   • D：不确定，需要人工核查。

Core Workflow

1. 读取上一步交接材料，确认本步骤允许开始。
2. 用 Decision Questions 收集 A/B/C/D 结构化输入，并复述用户选择。
3. 检查必需材料是否齐全，缺失项写入 需要人工核查.md。
4. 按生信研究类型、数据来源、软件环境和验证策略执行本步骤任务。
5. 输出核心产物、过程记录、质量核查表和人工确认清单。
6. 用户确认通过后，写入 下一步交接记录.md，明确下一步输入。

Detailed Arrangement

环节	执行动作	必须记录	通过标准
输入核查	核查上一步交接记录、用户选择、真实材料和缺口。	缺失文献、缺失数据、缺失统计、待确认风险。	能判断是否可进入本步骤。
四选一确认	逐题收集 A/B/C/D 选择并复述。	用户选项、补充说明、不确定项。	用户知道当前步骤采用哪条执行路径。
专业处理	按当前路线、当前编号和学科质控要求生成本步骤产物。	证据来源、处理过程、关键判断。	产物能支撑下一步继续执行。
质量核查	检查真实性、完整性、合规性和跨路线污染。	通过项、风险项、返工项。	不确定内容均进入人工核查。
交接输出	写入下一步输入清单和禁止编造事项。	输出文件、下一步 Skill、未解决风险。	下一步可以直接接续。

Bioinformatics Route Output

本 Skill 必须生成客户可见的生信研究路线，只展示以下连续步骤：

1. 03-SCI生信研究路线生成器
2. 04-SCI生信研究问题与疾病背景构建器
3. 05-SCI生信文献检索式生成器
4. 06-SCI生信文献筛选与证据提取器
5. 07-SCI公开数据库与数据集检索器
6. 08-SCI数据集纳入排除与下载记录器
7. 09-SCI生信研究空白识别器
8. 10-SCI生信分析流程设计器
9. 11-SCI数据预处理与批次效应处理器
10. 12-SCI差异分析与功能富集分析器
11. 13-SCI网络分析与关键基因筛选器
12. 14-SCI机器学习建模与验证器
13. 15-SCI外部验证与实验验证规划器
14. 16-SCI生信结果图表制作器
15. 17-SCI生信代码与可重复性核查器
16. 18-SCI生信结果主线提炼器
17. 19-SCI生信研究Results撰写器
18. 20-SCI生信研究Discussion撰写器
19. 21-SCI生信研究Methods撰写器
20. 22-SCI生信研究Introduction撰写器
21. 23-SCI生信标题摘要关键词撰写器
22. 24-SCI生信全文整合与引用核查器
23. 25-SCI生信目标期刊选择器
24. 26-SCI生信目标期刊深度学习器
25. 27-SCI生信原创研究论文深度润色器
26. 28-SCI生信投稿材料生成器
27. 29-SCI生信审稿意见回复器

如果用户选择保留实验验证、临床验证、机器学习、多组学整合或外部验证附加分支，只能写入路线质控参数，不得改变主路线编号。

Mandatory Human Review and Auto-Handoff Gate

人工核查复制回答要求

输出 需要人工核查清单 时，必须在清单后额外提供一个 推荐复制确认 代码框。代码框应逐项给出推荐回复，便于用户直接复制。

执行要求：

• 对事实性、合规性或材料真实性事项，若用户尚未提供证据，推荐回复必须写成“补充：待确认/不确定/请修改为……”，不得默认“确认”。
• 对仅需确认流程、下一步或文件记录的事项，在上下文充分时可以推荐“确认”。
• 如果本步骤暂无额外人工核查项，也必须给出可复制确认语句。

推荐格式：

1 确认
2 补充：待确认，后续提供材料路径或证明文件。
3 确认

每个 Skill 运行结束后，必须在对话回复中单独给出 需要人工核查清单 输出框，且不得把它隐藏在普通总结中。输出框必须逐项列出需要用户确认的事项，并要求用户逐项回复确认或补充修改。

推荐格式：

需要人工核查清单
1. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。
2. [待确认事项]：请回复“确认”或补充修改。

用户逐项确认或提出修改前，不得进入下一步 Skill，不得写入“已确认”“已完成”“已验证”等事实性表述。

如果用户逐项确认无误，必须立即执行以下动作：

1. 将确认结果写回本步骤输出文件、需要人工核查.md 和 下一步交接记录.md。
2. 在 下一步交接记录.md 中明确门禁状态为“用户已确认，允许自动进入下一步”。
3. 自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。

如果用户指出问题、补充信息或要求修改，必须立即执行以下动作：

1. 根据用户意见修正本步骤相关输出文件。
2. 更新 需要人工核查.md，记录用户修改点和处理结果。
3. 更新 下一步交接记录.md，写明修正后的交接信息。
4. 若修改已经解决当前门禁问题，自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill，不再额外等待用户回复“继续下一步”。
5. 若修改后仍存在必须由用户再次确认的关键不确定项，必须重新单独输出 需要人工核查清单，等待用户逐项确认后再自动交接。

如果本步骤没有实际人工核查项，也必须单独输出：需要人工核查清单：本步骤暂无额外人工核查项，请确认是否自动进入下一步。 用户确认后，必须自动启动 Handoff 中声明的下一步 Skill。

Output Files

03-SCI生信研究路线生成器/
├── 输入/
├── 输出/
├── 过程记录/
├── 质量核查/
├── 需要人工核查.md
└── 下一步交接记录.md

核心产物：

• 生信研究完整路线.md
• 路线执行清单.csv
• 路线质控参数.md
• 禁用路线说明.md
• 质量核查表.csv
• 需要人工核查.md
• 下一步交接记录.md

Human Confirmation Required

• 用户确认本步骤使用的真实数据集、下载记录、代码、分析结果或验证材料是否准确。
• 用户确认 AI 标记的缺失项、风险项和不确定项。
• AI 不得替用户生成或承诺不存在的数据集、代码、统计结果、实验验证、临床样本或投稿事实。

Quality Gate

• 主路线只能是生信研究，其他路线不得混入客户可见流程。
• 如果项目主体是湿实验或临床前瞻性研究，必须返回 02 重新分流。
• 本步骤产物必须具体、可审核、可追溯，并能支撑下一步继续执行。
• 没有虚构文献、数据集、代码、统计、验证、期刊信息或审稿修改。
• 需要人工核查.md 已单独列出。
• 下一步交接清楚，且说明未解决风险。

Bioinformatics Route Quality Parameters

• 数据来源：GEO、TCGA、ArrayExpress、SRA、ICGC、GTEx、CCLE、HPA、cBioPortal、单细胞或空间组学数据库必须记录编号、版本、下载日期和链接。
• 数据预处理：过滤、标准化、注释转换、批次效应、缺失处理、样本剔除和阈值必须可追溯。
• 分析透明：差异分析、富集分析、网络分析、机器学习、免疫浸润、单细胞注释、空间定位和多组学整合必须记录软件包、版本和参数。
• 验证边界：训练集、验证集、测试集和外部验证不能混用；实验验证、临床验证和数据库验证必须区分。
• 可重复性：关键结果必须有数据、代码、运行顺序、随机种子、环境版本或不可公开原因。
• 图表一致：每张图必须能追溯到输入数据、脚本、参数和输出文件。
• 结论谨慎：公共数据库分析通常支持关联、预测或机制假设，不能直接写成已证明机制或临床应用。

Universal Human-AI Boundary

• 用户必须确认真实数据集、真实下载记录、真实代码、真实分析结果、真实验证材料和真实投稿信息。
• AI 可以整理、检查、提出风险和生成草稿，但不能替用户承诺数据真实、代码可运行、统计无误、实验已完成、期刊接收或审稿结果。
• 缺失材料必须写入 需要人工核查.md，不得在正文、摘要、投稿材料或审稿回复中伪装为已完成。
• 动态期刊信息、投稿指南、版面费、分区、影响因子、数据代码政策和 reporting checklist 必须联网核验。

Handoff

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