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Use when converting `PubmedArticle` XML into `Pubmed-entry` ASN.1 text, or into the intermediate XML form used before final ASN.1 emission.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill pma2pmeコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | pma2pme |
| description | Use when converting `PubmedArticle` XML into `Pubmed-entry` ASN.1 text, or into the intermediate XML form used before final ASN.1 emission. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
efetch -db pubmed -id <PMID> -format xml | pma2pme/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/pma2pme-xml for intermediate XML, -std or -ml for author encoding stylePubmed-entry records for older NCBI / EDirect archival or interchange workflows.-ml, default) and split standard author fields (-std).# 1) Default Pubmed-entry ASN.1 text
efetch -db pubmed -id 2539356 -format xml | pma2pme
# 2) Use standard split author fields instead of Medline-style names
efetch -db pubmed -id 2539356 -format xml | pma2pme -std
# 3) Keep the intermediate XML instead of flattening to ASN.1
efetch -db pubmed -id 2539356 -format xml | pma2pme -xml
PubmedArticle records as XML with efetch.-ml for Medline-like compact names, or -std for separate last name / initials fields.-xml when debugging transformations or when another XML-aware step should consume the record before ASN.1 conversion.--help or --version; unknown arguments fail with Unrecognized argument ....-ml plus ASN.1 output; -asn merely reasserts the default final rendering mode.-xml skips the last xtract flattening step and returns the intermediate XML record instead of ASN.1 text.std/-std/-STD and ml/-ml/-ML.transmute and xtract being available on PATH.