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Use when predicting consensus secondary structures from multiple sequence alignments of RNA. Computes minimum free energy structures, partition functions, and base pairing probabilities for aligned RNA sequences.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill rnaalifoldコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | rnaalifold |
| description | Use when predicting consensus secondary structures from multiple sequence alignments of RNA. Computes minimum free energy structures, partition functions, and base pairing probabilities for aligned RNA sequences. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
RNAalifold [options] <input.aln>/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/RNAalifold-p instead of relying on MFE alone.--sci.# 1) Predict the consensus MFE structure from an alignment
RNAalifold family.aln
# 2) Add partition function and pairing probabilities
RNAalifold -p family.aln
# 3) Compute SCI for a conserved alignment
RNAalifold -p --sci family.aln > alifold.txt
RNAalifold alignment.alnRNAalifold -p alignment.alnalirna.ps (structure), alidot.ps (dot plot), alifold.out (credibility-sorted pair list)