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Use when predicting secondary structures of two RNA sequences with dimerization, computing equilibrium concentrations of monomer and dimer species, or analyzing RNA-RNA hybridization thermodynamics.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill rnacofoldコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | rnacofold |
| description | Use when predicting secondary structures of two RNA sequences with dimerization, computing equilibrium concentrations of monomer and dimer species, or analyzing RNA-RNA hybridization thermodynamics. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
RNAcofold [OPTIONS] < input.txt/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/RNAcofoldreferences/help.md for complete options and details-p.# 1) Fold one RNA pair as a dimer candidate
echo 'AUGCUA&UAGCAU' | RNAcofold
# 2) Add partition function and pairing probabilities
echo 'AUGCUA&UAGCAU' | RNAcofold -p
# 3) Compute all species and equilibrium concentrations
RNAcofold -a -c -f concentrations.txt < pairs.fa
& as separator (e.g., AUGCU&GCAUA)RNAcofold -p to compute MFE structure plus partition function and pairing probabilities-a -c options to compute free energies and equilibrium concentrations for all species& character as separator; otherwise dimerization is not computed-c flag and initial monomer concentrations-T to rescale energy parameters when analyzing at non-physiological temperatures (default 37°C)