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Use when computing local RNA secondary structure pair probabilities, scanning large genomes for short stable RNA structures, or analyzing unpaired region probabilities across sliding windows.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill rnaplfoldコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | rnaplfold |
| description | Use when computing local RNA secondary structure pair probabilities, scanning large genomes for short stable RNA structures, or analyzing unpaired region probabilities across sliding windows. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
RNAplfold [OPTION].../home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/RNAplfoldreferences/help.md for full option detailsRNAplfold when you care about local secondary structure rather than a single global fold.-u when the downstream question is accessibility or unpaired-region probability for short motifs.# Default local folding over stdin sequence(s)
printf '>seq\nGGGAAAUCC\n' | RNAplfold
# Tune window size and maximal base-pair span for compact local structures
printf '>seq\nGGGAAAUCC\n' | RNAplfold -W 120 -L 80
# Report unpaired probabilities for regions up to length 10
printf '>seq\nGGGAAAUCC\n' | RNAplfold -u 10
# Reduce output noise to stronger local pair probabilities only
printf '>seq\nGGGAAAUCC\n' | RNAplfold -c 0.05
--noconv is set).-W, default 70) and maximum span (-L) based on target structure size.RNAplfold with optional -u for unpaired region probabilities up to specified length.-L (span) explicitly; it limits the maximal separation of base pairs and affects memory/CPU usage.-c cutoff to filter reported base pairs by minimum average probability (default 0.01).-o (--print_onthefly) to save memory by outputting during computation.