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Use when aligning long RNA-seq reads to a reference genome using the AVX2-optimized STARlong aligner for splice-aware mapping.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill starlong-avx2コマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
SOC 職業分類に基づく
| name | starlong-avx2 |
| description | Use when aligning long RNA-seq reads to a reference genome using the AVX2-optimized STARlong aligner for splice-aware mapping. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
STARlong-avx2 --genomeDir /path/to/index --readFilesIn reads.fq/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/STARlong-avx2# 1) Build a genome index for STARlong
STARlong-avx2 \
--runMode genomeGenerate \
--genomeDir starlong_index \
--genomeFastaFiles genome.fa \
--sjdbGTFfile genes.gtf \
--runThreadN 16
# 2) Align long reads from FASTQ
STARlong-avx2 \
--genomeDir starlong_index \
--readFilesIn longreads.fastq \
--runThreadN 16
# 3) Align gzipped long reads and emit sorted BAM
STARlong-avx2 \
--genomeDir starlong_index \
--readFilesIn longreads.fastq.gz \
--readFilesCommand zcat \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--runThreadN 16
--runMode genomeGenerate with FASTA and optional GTF filesSTARlong-avx2 --genomeDir <index> --readFilesIn <reads> adjusting --runThreadN for parallelism--readFilesCommand zcat for gzipped input files as needed--genomeDir pointing to a valid STAR genome index directory--runThreadN appropriately for available CPU cores to avoid resource contention--readFilesCommand for compressed files