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Use when validating a local PMC archive/index configured through `EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE` by round-tripping random PMC records through `xfetch` and `xsearch`.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
SOC 職業分類に基づく
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill test-pmc-indexコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
| name | test-pmc-index |
| description | Use when validating a local PMC archive/index configured through `EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE` by round-tripping random PMC records through `xfetch` and `xsearch`. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
EDirect shell smoke test for a local PMC archive. It generates random PMC-style IDs, fetches records from the local archive with xfetch -db pmc, extracts titles, then uses xsearch -db pmc -title to see whether the same records are findable through the local index.
test-pmc-index/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/test-pmc-indexEDIRECT_LOCAL_ARCHIVExfetch and xsearch behavior against a prepared PMC local archiveEDIRECT_LOCAL_ARCHIVE PMC installation rather than the public PMC service# Run against the configured local archive
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
test-pmc-index
# Capture the diagnostic output
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
test-pmc-index > pmc-index-check.txt
# Time the run externally if needed
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
time test-pmc-index
EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE to a real local archive root before running the test.test-pmc-index with no arguments.OKAY, MULT, NONE, TRIM, SKIP, or FAIL lines to understand how well title-based lookup matches fetched records.rchive errors before the record checks start.-h and --version are not safe metadata paths. They were treated like normal execution in this environment and immediately fell into configuration/runtime errors.EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE, the script printed ERROR: Must supply path to local data by setting EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE environment variable and then still emitted an Insufficient command-line arguments supplied to rchive error before ending.