bdbe-homo

name	bdbe_homo
description	根据多维度筛选条件检索单细胞测序相关的预训练数据集，支持分页查询，返回符合条件的数据集详情，并格式化展示查询结果。
compatibility	["python","requests"]
name_zh	单细胞测序数据集检索算子
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tag	科学计算
publisher	COMMUNITY

bdbe_homo Skill

功能描述

根据多维度筛选条件检索单细胞测序相关的预训练数据集，支持分页查询，返回符合条件的数据集详情，并格式化展示查询结果。

核心功能

• 支持多维度筛选条件（生物物种、组织/器官、分类、时间、性别等）
• 支持分页查询
• 格式化展示查询结果
• 处理长结果输出

参数说明

• organism：生物物种（必填参数）
• organ：组织/器官（可选）
• class：分类（可选）
• time：发育/采样时间（可选）
• gender：性别（可选）
• cell_line：细胞系（可选）
• organoid：类器官（可选）
• tumor：肿瘤相关（可选）
• page_num：分页页码（从1开始，默认1）
• page_size：每页返回数据集数量（默认10）

依赖

• requests
• json

使用示例

基本使用

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus"

带筛选条件

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus" --organ "ear" --page_num 1 --page_size 5

输入输出示例

输入

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus"

输出

查询结果：
总数据集数量: 5

数据集 1:
- ID: 62385
- 唯一标识: KUN00100200008268
- 样本编号: GSM5519177
- 生物物种: Acomys cahirinus
- 分类: organ
- 组织/器官: ear
- 细胞系: not applicable
- 发育/采样时间: Adult
- 性别: not applicable
- 系列编号: GSE182141
- 原始数据量: 8559
- 质控后数据量: 8148
- 注释后数据量: 8148
- 数据文件路径: scope/Mouse/GSM5519177_prepared.h5ad
- 数据授权类型: open access
- 测序平台: 10x

页码: 1, 每页数量: 10

注意事项

• organism参数为必填项
• 所有参数支持模糊/精准匹配，空值表示不筛选该维度
• 如果结果过长，会自动输出到临时文件并读取展示
• 响应状态码为0表示检索成功，非0为异常