pdf-dft-extractor

name	pdf-dft-extractor
description	Extract DFT calculation coordinates from PDF files and generate Gaussian gjf files. 从PDF文件中提取DFT计算坐标并生成Gaussian gjf输入文件。 Supports batch processing with separate output folders for each PDF. 支持批量处理，每个PDF单独生成输出文件夹。

PDF DFT Extractor | DFT坐标提取器

Extract DFT calculation coordinates from PDF files (especially supplementary materials) and generate Gaussian input files (.gjf). Supports batch processing with separate output folders for each PDF. 从PDF文件（特别是论文支撑材料）中提取DFT计算坐标，生成Gaussian输入文件(gjf)。支持批量处理，每个PDF文件单独生成一个输出文件夹。

功能特性

• 📄 PDF转Markdown: 使用MinerU API将PDF转换为结构化Markdown
• 🧮 自动提取DFT坐标: 从计算化学部分自动识别和提取分子坐标
• 📁 批量处理: 支持同时处理多个PDF文件
• 📂 独立输出: 每个PDF文件生成单独的输出文件夹
• ⚙️ 可配置参数: 支持自定义CPU核数、内存、计算方法等

快速开始

命令行使用

# 单个PDF文件
python extract_dft.py paper.pdf

# 批量处理整个目录
python extract_dft.py ./pdfs/

# 指定输出目录和计算参数
python extract_dft.py ./pdfs/ -o ./output/ --cpu 64 --mem 128GB

Python API使用

from extract_dft import process_pdf, batch_process

# 处理单个PDF
result = process_pdf(
    pdf_path="paper.pdf",
    output_dir="./output/paper1",
    cpu=64,
    mem="128GB",
    method="B3PW91/def2TZVP em=d3bj"
)

# 批量处理
results = batch_process(
    pdf_dir="./pdfs/",
    output_base_dir="./output",
    cpu=64,
    mem="128GB"
)

参数说明

参数	默认值	说明
-o, --output	./dft_output	输出目录
--cpu	64	CPU核数
--mem	128GB	内存
--method	B3PW91/def2TZVP em=d3bj	计算方法和色散校正
--solvent	SMD(toluene)	溶剂模型
--charge	0	电荷
--multiplicity	1	自旋多重度
--keywords	opt freq	计算关键词
--keep-temp	False	保留临时文件

关于Gaussian计算方法的写法

在Gaussian中，色散校正需要单独使用em=关键词指定，不要写成B3PW91-D3(BJ)的形式。

✅ 正确写法：

# B3PW91/def2TZVP em=d3bj opt freq

❌ 错误写法：

# B3PW91-D3(BJ)/def2TZVP opt freq   ← 这种写法Gaussian不识别

常用色散校正关键词：

色散校正	关键词
D3 with Becke-Johnson damping	em=d3bj
D3 with zero damping	em=d3 or em=gd3
D3(BJ) for DFT-D3	em=d3bj
Grimme's GD3	em=gd3
GD3BJ	em=gd3bj

示例对比：

# B3PW91 with D3BJ
--method "B3PW91/def2TZVP em=d3bj"

# B3LYP with GD3  
--method "B3LYP/6-31G(d) em=gd3"

# PBE0 with D3BJ
--method "PBE1PBE/def2TZVP em=d3bj"

# ωB97X-D (已内置色散，无需额外添加)
--method "wB97XD/def2TZVP"

输出目录结构

output/
├── paper1/                        # 每个PDF一个独立文件夹
│   ├── README.txt                 # 文件说明和统计
│   ├── 01_molecule_b3pw91.gjf    # 生成的gjf文件
│   ├── 02_molecule_b3pw91.gjf
│   └── ...
├── paper2/
│   ├── README.txt
│   └── ...
└── ...

生成的gjf文件格式

%chk=molecule.chk
%mem=128GB
%nprocshared=64
# B3PW91/def2TZVP em=d3bj nosymm int=ultrafine SMD(toluene) opt freq

molecule_name

0 1
C      -1.46713000   0.31261700   0.00075400
H      -1.10131700   0.82908900  -0.88608000
...

注意： 色散校正em=d3bj是单独的关键词，不是方法名的一部分。这是Gaussian的标准写法。

完整示例

示例1: 处理单个PDF

python extract_dft.py 41557_2026_2096_MOESM1_ESM.pdf \
    -o ./output \
    --cpu 64 \
    --mem 128GB \
    --method "B3PW91/def2TZVP em=d3bj" \
    --solvent "SMD(toluene)"

生成的关键词行：

# B3PW91/def2TZVP em=d3bj nosymm int=ultrafine SMD(toluene) opt freq

注意： em=d3bj是独立的Gaussian关键词，用于启用Grimme的D3色散校正（Becke-Johnson阻尼），不是方法名的一部分。

输出:

./output/
├── README.txt
├── 01_trifluoroethane_b3pw91.gjf
├── 02_khmds_dimer_b3pw91.gjf
├── 03_khmds_monomer_b3pw91.gjf
└── ... (174个gjf文件)

示例2: 批量处理多个PDF

# 将多个PDF放入一个目录
mkdir -p ./papers
cp paper1.pdf paper2.pdf paper3.pdf ./papers/

# 批量处理
python extract_dft.py ./papers/ -o ./all_outputs

输出:

./all_outputs/
├── paper1/
│   ├── README.txt
│   └── *.gjf
├── paper2/
│   ├── README.txt
│   └── *.gjf
└── paper3/
    ├── README.txt
    └── *.gjf

示例3: 不同DFT方法的写法

# B3PW91 with D3BJ (最常用的色散校正DFT)
python extract_dft.py paper.pdf --method "B3PW91/def2TZVP em=d3bj"

# B3LYP with GD3
python extract_dft.py paper.pdf --method "B3LYP/6-31G(d) em=gd3"

# PBE0 with D3BJ
python extract_dft.py paper.pdf --method "PBE1PBE/def2TZVP em=d3bj"

# ωB97X-D (长程校正泛函，已内置色散)
python extract_dft.py paper.pdf --method "wB97XD/def2TZVP"

# M06-2X (Minnesota泛函，已内置色散)
python extract_dft.py paper.pdf --method "M062X/def2TZVP"

# TPSSh with D3BJ (meta-GGA)
python extract_dft.py paper.pdf --method "TPSSh/def2TZVP em=d3bj"

示例4: Python API调用

from extract_dft import process_pdf

# 自定义所有参数
result = process_pdf(
    pdf_path="supplementary_material.pdf",
    output_dir="./my_output",
    cpu=32,
    mem="64GB",
    method="B3LYP/6-31G(d) em=gd3",
    solvent="SMD(water)",
    charge=0,
    multiplicity=1,
    keywords="opt freq scrf"
)

if result["success"]:
    print(f"提取了 {result['molecule_count']} 个分子")
    print(f"输出目录: {result['output_dir']}")
else:
    print(f"错误: {result['error']}")

支持的计算方法

脚本会自动识别PDF中使用的计算方法，包括但不限于:

• B3PW91, B3LYP, PBE0, ωB97X-D, M06-2X, M06-L, BP86
• 支持各种色散校正 (D3, D3BJ, GD3, etc.)

重要： 在Gaussian输入文件中，色散校正必须通过独立的em=关键词指定，而不是作为方法名的一部分。

原文中的写法	Gaussian正确写法
B3PW91-D3(BJ)	B3PW91/def2TZVP em=d3bj
B3LYP-D3	B3LYP/6-31G(d) em=gd3
PBE0-D3BJ	PBE1PBE/def2TZVP em=d3bj
ωB97X-D	wB97XD/def2TZVP (已内置色散)
M06-2X	M062X/def2TZVP (已内置色散)

依赖要求

• Python 3.8+
• MinerU PDF Converter (会自动调用)

注意事项

1. 大文件处理: 超过600页的PDF会自动分批处理
2. 每日限制: MinerU API每日免费额度2000页
3. 网络要求: 需要联网调用MinerU API
4. 文件名过滤: 会自动过滤掉包含HTML标签或非法字符的分子名称
5. 坐标验证: 会自动过滤原子数超过10000的异常结构

故障排除

问题: 未找到分子坐标

• 确保PDF中包含"Computed coordinates"或类似的坐标部分
• 检查PDF是否为扫描版(需要可搜索的文本)

问题: MinerU API调用失败

• 检查网络连接
• 可能是API限额已满，请等待或联系管理员

问题: 生成的gjf文件不完整

• 使用 --keep-temp 参数保留临时文件进行调试
• 检查PDF中的坐标表格格式是否标准

相关SKILL

• mineru-pdf-converter - PDF转Markdown工具