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Polish genome assemblies and fix small errors using short-read BAM evidence. Use after mapping Illumina reads to a draft assembly (including long-read drafts). Upstream: https://github.com/broadinstitute/pilon.
기본적으로 소스를 먼저 확인하는 Prompt가 선택됩니다. 직접 명령으로 전환하거나 로컬 사본을 다운로드할 수도 있습니다.
설치 여부를 결정하기 전에 SKILL.md와 SkillsMP에 표시된 보조 파일을 읽어 보세요.
Codex 또는 Claude로 설치 이 Prompt를 복사해 Codex, Claude 또는 다른 어시스턴트에 붙여 넣으면 Skill 페이지를 검토하고 설치를 진행할 수 있습니다.
직접 명령은 검토 Prompt를 거치지 않습니다. 실행하기 전에 소스를 확인하세요.
npx skills add https://github.com/PKU-EMBL/Metagenomics-Skills --skill pilon명령은 한 줄로 유지됩니다. 복사하기 전에 가로로 스크롤해 전체 내용을 확인하세요.
로컬 사본을 원하시나요? SkillsMP에서 현재 제공할 수 있는 파일을 다운로드하세요.
SOC 직업 분류 기준
SKILL.md 표시 중
| name | pilon |
| description | Polish genome assemblies and fix small errors using short-read BAM evidence. Use after mapping Illumina reads to a draft assembly (including long-read drafts). Upstream: https://github.com/broadinstitute/pilon. |
| license | MIT |
| category | analysis-tools |
| tags | ["polish","assembly","short-read"] |
| upstream | https://github.com/broadinstitute/pilon |
| stage | assembly |
Upstream: broadinstitute/pilon
Walker, B. J. et al. Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PLoS ONE 9, e112963 (2014). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963
Pilon uses short-read alignments to correct SNPs/indels and optionally fill gaps. Requires high-quality BAM (Bowtie2/BWA) to the draft. Over-polishing heterogeneous metagenome contigs can erase true strain variation — prefer on isolate-like MAGs or low-complexity drafts, not blindly on all community contigs.
conda install -c bioconda pilon bowtie2 samtools
bowtie2-build draft.fa temp/polish/draft
bowtie2 -x temp/polish/draft -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz -p 16 \
| samtools sort -@ 8 -o temp/polish/illumina.bam
samtools index temp/polish/illumina.bam
pilon --genome draft.fa --frags temp/polish/illumina.bam \
--output draft.pilon --outdir temp/polish --threads 16
bowtie2 · samtools · racon · quast · megahit · metaflye