| name | paper-deep-read-v3 |
| version | 4.1.0 |
| description | 深度解读科学文献，生成详尽Obsidian笔记。复现者+审稿人双视角，叙述流嵌入式Figure解读（⚠️原文caption对照），逻辑衔接5步闭环，★转折/双重节点标记，🧪方法局限醒目标注，[[4.X]]跨Section链接。 |
| allowed-tools | Read Write Edit Bash Glob Grep Agent |
| tags | ["论文解读","学术阅读","Obsidian","生物信息学","PDF提取","批判性评价","中文","叙述流嵌入","逻辑衔接"] |
| metadata | {"skill-author":"Claude Code Custom Skill","skill-version":"4.1.0","trigger-keywords":["深度解读文献","批判性阅读","审稿人视角解读","论文深度拆解","deep read paper","critical analysis paper","深度解读","论文分析","论文笔记"]} |
Paper Deep Read v4.1 — 双视角论文深度解读
将科学文献拆解为**解读视角(70%) + 批判视角(30%)**的双透镜 Obsidian 笔记。
核心定位：解读笔记 = 学习材料。让小白读懂 → 学会思路 → 学会写作 → 实现复现。
执行流程
Phase 1: PDF提取 → Phase 2: 类型识别(★确认) → Phase 3: 大纲(★确认)
→ Phase 4: 深度解读 → Phase 5: QA → Phase 6: Obsidian输出
Phase 1: PDF提取
- 确认PDF路径存在
- 确认pymupdf可用，失败则
pip install pymupdf
- 文本提取:
python scripts/pdf_extract.py --pdf "路径" --output-dir "目录" --mode text
- 图像提取(内嵌原图直接提取):
python scripts/pdf_extract.py --pdf "路径" --output-dir "目录" --mode figures
- Caption定位Figure编号 → 匹配同页嵌入图 → 直接提取原始字节 → PNG统一输出
- 结构识别: 从提取文本识别章节边界
Phase 2: 类型识别 ★确认★
- 分类: 方法学 / 发现型 / 综述 / 数据库 / 计算生信 / 结构生物学
- 领域标签:
bioinformatics / biology / ai-ml
- 用户确认类型和重点方向
Phase 3: 大纲生成 ★确认★
- 按类型生成定制大纲（参照
templates/single-paper/note-template.md）
- 用户确认
Phase 4: 深度解读生成
核心原则: 解读为主，批判为辅；叙述流中嵌入Figure解读。
-
术语: 中文主体，专业术语首次: 中文(English)，后续用中文或缩写
-
Figure解读方式（微信式排版：叙述流嵌入）:
默认：叙述段落嵌入（不用Callout折叠）
⚠️ 最高优先级：原文caption对照（v4.1新增）
→ 生成Figure解读前，必须从论文原文Results或Figure legends中定位该Figure的完整caption
→ 提取caption中所有Panel编号(A/B/C/...)和描述 → 列出完整Panel清单
→ Panel编号和子标题严格按原文caption，绝不允许凭想象编造
→ 如果论文Figure 1有7个Panel(A-G)，解读必须包含全部7个Panel，不能遗漏
→ 斜体caption引用原文Figure caption（可精简但保留Panel编号和核心描述）
→ 图片文件名(figN.png)必须对应论文Figure编号，不同Section可引用同一张图片
→ 绝不允许引用不存在的图片文件
排版流程：
→ 图片直接放在叙述流中
→ 图片下方放斜体caption（引用原文Figure caption）：图N {{原文标题}}。(A) {{原文Panel A描述}}；(B) {{原文Panel B描述}}。
→ caption之后用**Panel A — {{原文子标题}}**加粗标签引导解读
→ 每Panel 2-3句解读直接写在标签后
→ 最后一句"图的整体逻辑："概括各Panel关系
视觉层级区分：
| 类型 | 格式 | 语义 | 示例 |
|---|
| 结构标签 | **标签：**冒号结尾 | 告诉读者"接下来是什么内容" | 实验目的： 核心发现： 逻辑衔接： |
| Panel标签 | **Panel X — 子标题** 破折号连接 | 告诉读者"这是图中哪个面板的解读" | Panel A — MEME motif logo |
| 斜体caption | *图N 标题。(a)...(b)...* | 图片标题，在Panel解读之前 | 图1 DdaA结合motif鉴定。(a)...； |
排版流程：叙述 → 图片 → caption(斜体) → Panel解读 → 继续叙述
→ 像微信式解读笔记和论文本身一样自然流畅
例外（使用[!figure]- Callout折叠）：
→ Supplementary Figure（非核心补充图）
→ 数据表格型Figure（不是面板型复合图）
→ 用户明确要求折叠的Figure
-
叙述节奏:
| 标记 | 语义 | 叙述量 | 逻辑衔接格式 |
|---|
| ★转折点 | 实验结论推翻前假设或揭示新方向 | ≥8句 | 5步闭环 |
| （确认点） | 实验仅验证已知结论 | 4-6句 | 3步简洁 |
| ★双重节点 | 既验证已知又揭示新方向 | ≥8句 | 5步闭环+双预期 |
-
结果小节结构（叙述流嵌入）:
**实验目的：** {{1-2句}}
{{主干叙述：展开关键发现前的铺垫}}
![[fig1.png|w800]]
*图1 {{标题}}。(a)...(b)...*
**Panel A — {{子标题}}** {{2-3句}}
**Panel B — {{子标题}}** {{2-3句}}
**图的整体逻辑：** {{1句}}
**核心发现：** {{2-3句，含具体数据}}
**逻辑衔接：** {{发现→追问→设计→预期→验证，转折点5步/确认点3步}}
> 🧪 方法局限：{{一句话+[[4.X]]链接}}（仅存在时才写）
-
逻辑衔接（替代推导语+策略解释）:
- 转折点★: 完整5步闭环：发现→追问→设计→预期→验证
**逻辑衔接：** 3.X的pulldown在非交联条件下捕获了DdaA，但无法排除间接结合。
→ 追问：DdaA是否直接结合motif DNA？
→ 设计：EMSA是回答这个问题的最直接方法（[[4.2 EMSA Protocol]])——纯化蛋白+纯化DNA，无中介因子。
→ 预期：如果DdaA直接结合，EMSA中应出现阻滞带；如果不结合（间接结合），则无阻滞。
→ 验证：3.2的EMSA结果确认了前者——DdaA与motif DNA的结合呈浓度依赖性阻滞带。
- 确认点: 简洁3步：追问→设计→验证（不含预期展开）
**逻辑衔接：** 进化分析确认DdaA在402个Moraxellaceae基因组中普遍存在 → 下一步验证DdaA的DDR调控功能（3.5）。
**逻辑衔接：** ChAP-seq验证了DdaA对DDR基因的调控（确认3.1-3.2结论），但发现了DdaA也结合CRISPR-Cas和RM系统启动子 →
追问DdaA是否同时调控抗噬菌体防御 →
预期1（如果DdaA调控抗噬菌体）：敲除株应噬菌体敏感；预期2（如果不调控）：噬菌体抵抗力不变 →
验证见3.5-3.8。
-
批判定位 → 补充视角:
- 正文解读句数 ≥ 2× 批判句数
- 通用方法局限 →
> 🧪 方法局限：{{一句话+[[4.X Protocol]]链接}}（醒目引用块）
- 真正方法论硬伤 →
[!critique]- Callout（仅硬伤才有）
- Section 6保留批判汇总，但正文解读量必须≥2×批判量
-
长文档分隔规则:
- ★转折点/★双重节点 → 上方有一条
---
- （确认点） → 上方无
---
- Section级别 → 保留
---
-
Section 1.2 已知范式概览: 2-3段概述领域在本文发表前的主流认知
-
Section 5 Discussion解读: 提取作者核心论点 + 自述局限 + 与Skill批判对照
-
Section 4 方法学详解: 复现级参数+对照设计。逻辑衔接段中的[[4.X Protocol]]是Obsidian wikilink，初学者可按需跳转
-
Callout类型(4+1):
[!abstract]- 快读路径+Abstract[!figure]- 仅Supplementary/表格型Figure[!critique]- 方法论硬伤（仅真正硬伤）[!tip]- 方法Protocol/复现要点[!question]- 思考题/研究裂变
-
Wikilink / YAML / 标签: 自动生成，source_pdf字段，frontmatter自检
-
快读路径: [!abstract]-，3发现+论证链速览+阅读建议
-
文件命名: {年}-{期刊}-{关键词}.md
Phase 5: QA审阅
3轮自我批评:
| 轮次 | 维度 | 重点 |
|---|
| 1 | 逻辑一致性 | 结论有数据支撑？逻辑衔接5步闭环完整？★双重节点标记正确？ |
| 2 | 初学者可达性 | 可理解？可复现？Figure嵌入叙述流？🧪标注醒目？ |
| 3 | 域专家深度 | 嵌入式批判到位？Discussion解读准确？[[4.X]]链接有效？ |
4维评分(各1-5分，均分>=3.5及格): 可复现性 / 清晰度 / 完整性 / 深度
Phase 6: Obsidian输出
- 组装笔记(模板填充 + source_pdf + PDF wikilink)
- 放置到PaperVault(域分类 → 命名 → images/目录 → 复制PDF → 更新MOC)
- 输出报告
配置 (config.json)
| 配置项 | 默认值 | 说明 |
|---|
defaults.read_depth | "reproduction" | 解读深度 |
defaults.audience | "beginner" | 目标受众 |
quality.min_score | 3.5 | QA及格线 |
quality.self_criticism_rounds | 3 | 自我批评轮数 |
extraction.batch_size | 8 | 长论文分批大小 |
extraction.extract_embedded_images | true | 直接提取PDF内嵌原图 |
vault.root | "" | PaperVault路径 |
naming.note_format | "{year}-{journal}-{keyword}" | 笔记命名格式 |
错误处理
| 问题 | 解决方案 |
|---|
| PDF提取乱码 | 尝试不同编码；扫描版需OCR |
| pymupdf未安装 | 自动 pip install pymupdf |
| 论文非英文 | 仍用中文解读，术语附原文 |
| 超长论文(>30页) | 分批提取，重点详细 |
| QA评分不达标 | 修复薄弱模块，重跑自我批评 |
使用示例
"解读这篇文献 A:/papers/nature12345.pdf"
→ Phase 1-6完整流程 → 生成Obsidian笔记到PaperVault
"解读这个PDF，重点看方法，要能复现的那种"
→ 侧重方法学模块，复现级深度
"帮我解读这两篇论文并对比"
→ 各自解读 + 横向对比笔记
