pubmed-systematic-search

name	pubmed-systematic-search
description	Comprehensive systematic search using MeSH and synonyms. Triggers: 系統性搜尋, 完整搜尋, 文獻回顧, systematic search, comprehensive, MeSH expansion, 同義詞

系統性文獻搜尋

描述

使用 MeSH 詞彙擴展和同義詞來執行完整的系統性搜尋，適合文獻回顧或需要全面涵蓋的研究。

觸發條件

• 「系統性搜尋」、「完整搜尋」、「文獻回顧」
• 「找所有關於...的論文」
• 「comprehensive search」、「systematic review」
• 提到 MeSH、同義詞、專業搜尋策略

---

工作流程

┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
│  Step 1: generate_search_queries(topic)                     │
│  → 取得 MeSH 詞彙 + 同義詞 + 建議查詢                        │
└─────────────────────────┬───────────────────────────────────┘
                          │
┌─────────────────────────▼───────────────────────────────────┐
│  Step 2: search_literature() × N (並行執行多個策略)          │
│  → 標題搜尋、標題/摘要、MeSH、同義詞搜尋                     │
└─────────────────────────┬───────────────────────────────────┘
                          │
┌─────────────────────────▼───────────────────────────────────┐
│  Step 3: merge_search_results()                             │
│  → 合併 + 去重 + 標記高相關性文章                            │
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘

---

Step 1: 產生搜尋素材

generate_search_queries(topic="remimazolam ICU sedation")

回傳內容：

{
  "corrected_topic": "remimazolam icu sedation",  // 拼字校正後
  "mesh_terms": [
    {
      "input": "remimazolam",
      "preferred": "remimazolam [Supplementary Concept]",
      "synonyms": ["CNS 7056", "ONO 2745"]
    },
    {
      "input": "sedation",
      "preferred": "Deep Sedation",
      "synonyms": ["Sedation, Deep", "Conscious Sedation"]
    }
  ],
  "all_synonyms": ["CNS 7056", "ONO 2745", "Sedation, Deep", ...],
  "suggested_queries": [
    {"id": "q1_title", "query": "(remimazolam icu sedation)[Title]"},
    {"id": "q2_tiab", "query": "(remimazolam icu sedation)[Title/Abstract]"},
    {"id": "q4_mesh", "query": "\"remimazolam [Supplementary Concept]\"[MeSH]"},
    {"id": "q6_syn", "query": "(CNS 7056 OR ONO 2745)[Title/Abstract]"}
  ]
}

---

Step 2: 並行執行搜尋

根據 suggested_queries 執行多個搜尋策略（並行！）：

# 並行執行這些搜尋
search_literature(query="(remimazolam icu sedation)[Title]")
search_literature(query="(remimazolam icu sedation)[Title/Abstract]")
search_literature(query='"remimazolam [Supplementary Concept]"[MeSH]')
search_literature(query="(CNS 7056 OR ONO 2745)[tiab]")

---

Step 3: 合併結果

merge_search_results(
    results_json='[["12345","67890"],["67890","11111"],["11111","22222"]]'
)

回傳內容：

{
  "unique_pmids": ["12345", "67890", "11111", "22222"],
  "high_relevance_pmids": ["67890", "11111"],  // ⭐ 多個策略都找到的！
  "statistics": {
    "total_before_dedup": 6,
    "total_after_dedup": 4,
    "duplicates_removed": 2
  }
}

重點: high_relevance_pmids 是最重要的論文，因為多種搜尋策略都找到它們！

---

MeSH 擴展的價值

為什麼需要 MeSH？

使用者輸入	PubMed 可能漏掉	MeSH 會找到
heart attack	Myocardial Infarction	✅ 標準化詞彙
sugar disease	Diabetes Mellitus	✅ 標準化詞彙
blood pressure drug	Antihypertensive Agents	✅ 標準化詞彙

Query Analysis 的價值

generate_search_queries 會顯示 PubMed 實際如何解讀你的查詢：

{
  "query": "(remimazolam AND sedation)",
  "estimated_count": 561,
  "pubmed_translation": "(\"remimazolam\"[Supplementary Concept] OR \"remimazolam\"[All Fields]) AND (\"sedate\"[All Fields] OR ...)"
}

你以為搜 2 個詞，PubMed 實際上擴展到 Supplementary Concept + synonyms！

---

搜尋策略選項

# 全面搜尋（預設）
generate_search_queries(topic="...", strategy="comprehensive")

# 精準搜尋（加入 RCT 篩選）
generate_search_queries(topic="...", strategy="focused")

# 探索性搜尋（更多同義詞）
generate_search_queries(topic="...", strategy="exploratory")

---

進階臨床篩選 (Phase 2.1 新功能)

系統性搜尋可結合進階篩選：

# 步驟 1: 產生搜尋素材
materials = generate_search_queries(topic="diabetes treatment elderly")

# 步驟 2: 執行搜尋，加入進階篩選
results = []
for sq in materials["suggested_queries"]:
    r = search_literature(
        query=sq["query"],
        limit=50,
        age_group="aged",           # 只找老年人
        species="humans",           # 只找人類
        clinical_query="therapy",   # 治療研究
        language="english"          # 英文
    )
    results.append(r["pmids"])

# 步驟 3: 合併
merged = merge_search_results(results_json=json.dumps(results))

可用的進階篩選

篩選類型	參數	可用值
年齡群	age_group	newborn, infant, child, adolescent, adult, aged, aged_80
性別	sex	male, female
物種	species	humans, animals
語言	language	english, chinese, japanese, etc.
臨床查詢	clinical_query	therapy, diagnosis, prognosis, etiology

---

完整範例

# Step 1: 取得搜尋材料
materials = generate_search_queries(topic="machine learning diagnosis radiology")

# Step 2: 並行搜尋（使用 suggested_queries）
results = []
for sq in materials["suggested_queries"]:
    r = search_literature(query=sq["query"], limit=50)
    results.append(r["pmids"])

# Step 3: 合併
merged = merge_search_results(results_json=json.dumps(results))

# Step 4: 取得高相關性論文的詳情
fetch_article_details(pmids=",".join(merged["high_relevance_pmids"]))

---

結果不足時？

使用 expand_search_queries 來擴展搜尋：

expand_search_queries(
    topic="remimazolam ICU sedation",
    existing_query_ids="q1_title,q2_tiab",
    expansion_type="mesh"  # 或 "broader" 或 "narrower"
)

• mesh: 使用更多 MeSH 同義詞
• broader: 放寬條件（OR 代替 AND）
• narrower: 加入篩選（RCT、近五年）