Menu
OneScience 数据分析执行技能（type=executor）。负责数据分析、可视化与报告输出，不涉及任务规划。接收规划好的任务，调用工作流执行统计分析、可视化生成和报告输出，根据领域自动匹配可视化规范（气象、生信、流体、材料等）。
Instalar com Codex ou Claude Copie este prompt, cole no Codex, Claude ou outro assistente e deixe que ele revise a página da skill e instale para você.
Baseado na classificação ocupacional SOC
OneScience ModelScope 模型发布技能。将论文复现模型产物重组为 ModelScope 标准目录结构，检查核心目录内容完整性，生成平台必需的配置模板和审计工具，并输出 modelscope upload 命令引导用户推送到魔搭平台。作为 onescience-orchestrator 的执行技能使用。
OneScience 原语资源召回技能。根据自然语言需求检索相关原语资源（模型、组件、数据管线、应用、工作流规划、契约等），通过范围判定、快速过滤和语义匹配召回，按内容需求返回相应知识；不做科研规划与代码实现。
OneScience / OneSkills 的通用任务编排主控，也是体系默认执行入口。它负责根据统一资源契约的资源摘要识别用户意图，召回并融合 type=expert 规划技能的 proposal，维护 Task State，绑定资源，并按执行技能能力边界拆分和调度 type=executor 的 coder/paper-repro/runtime/installer/evaluator 等执行技能，把复杂目标组织成可追踪、可回退、可闭环的任务流。用户提示词中出现“使用onescience”“使用onescience技能”“使用oneskills”“使用oneskills技能”等表达时默认先进入本技能；仅当用户已明确指定要直接使用的具体技能（如“使用onescience-runtime技能执行运行”）时，才可跳过本技能并直接调用目标技能。它不承载具体领域专家知识；新增任务类型应通过新增资源包、专家规划技能或执行技能扩展。注意：本技能负责编排调度但不直接执行任务，规划和执行不能在同一调用步骤中完成。
OneScience 科学模型训练执行技能。用于用户希望基于文本说明、网页说明、本地项目路径、已有 checkpoint 或项目原生训练入口来规划、生成并执行模型训练工作流，覆盖气象/地球系统、生信、材料、流体和通用科研模型等领域，包括训练信息获取、数据与切分规划、训练策略整理、完整训练脚本内容生成、训练执行组织以及结果验证。接收格式与 onescience-orchestrator 调用执行技能时的 step_handoff 保持一致，返回 execution_result。需要时协调交接给 onescience-coder、onescience-runtime 以及数据工作流技能。
OneScience 环境安装技能。用于根据 onescience.json 安装或验证 OneScience、创建或复用 conda 环境、检测已有 onescience 包、在记录的 conda 环境或当前环境中安装 Python 包；缺少 run_site 或远程 SSH 配置时先调用 onescience-runsite 补齐运行站点配置。
解析、校验、保存和复用 OneScience 运行站点配置。用于任意技能在继续执行任务前补齐运行站点配置，完成配置发现、缺失字段补问、已有配置复用、remote 连接验证、运行平台 DCU/GPU 类型确认、modules 写入和结构化回传。不做安装、不提交作业、不执行运行、不做远端环境诊断。
| name | onescience-data-analyzer |
| description | OneScience 数据分析执行技能（type=executor）。负责数据分析、可视化与报告输出，不涉及任务规划。接收规划好的任务，调用工作流执行统计分析、可视化生成和报告输出，根据领域自动匹配可视化规范（气象、生信、流体、材料等）。 |
| type | executor |
数据分析执行技能，负责数据分析、可视化与报告输出。
本技能为执行器（executor），专注于执行数据分析任务，不涉及任务规划。规划由其他技能完成后传递给本技能执行。
根据任务类型调用对应工作流：
{{workflow:references/statistical_analysis.md}}{{workflow:references/visualization.md}}{{workflow:references/report_generation.md}}工作流执行时会根据数据领域自动匹配 assets/ 目录中的领域知识：
assets/meteorology_viz.mdassets/bioinformatics_viz.mdassets/fluid_dynamics_viz.mdassets/materials_science_viz.md先将 bio、biology、bioinformatics 归一化为生信领域。当输入为 .pdb、.cif、.mmcif，或 requirements.viz_type=complex_structure 时：
若 step_handoff.resource_bindings 已包含 visualization_primitive 的完整 content 和 content.execution_assets：
execution_assets_summary：若 unavailable + failed == total，跳过校验直接进入阶段二降级决策。status 为 available 或 materialized 的资产 SHA-256，再物化到工作区。若资源绑定不完整或缺少执行资产，按以下优先级获取：
a. 【优先】直接使用 catalog_search：调用 catalog_search 工具（kind=primitive, domain=bio, q=complex_structure_visualization）。此路径直接查询 OneCode 内置 catalog（含 bundled seed 原语），不依赖 onescience-primitives 技能的间接协议，避免因消息模拟链路中的工具可用性或参数传递问题导致检索失败。若命中：
catalog_resolve(id, part=body) 获取完整内容（含 execution_assets）matched_resources 中 type=visualization_primitive 的资源b. 【回退】通过 onescience-primitives 协议获取：仅当 catalog_search 未命中时，向 onescience-primitives 发起以下资源召回请求：
user_request：必须包含可视化信号词（如"交互式 3D 蛋白质结构可视化、pLDDT 置信度着色、PAE 热图渲染"），确保 primitives 技能能正确路由到 visualization categorycontent_request: "完整内容"include_execution_assets: truefilters.domain: biofilters.keyword: complex_structure_visualization（必须使用下划线分隔的精确目录名，以触发 primitives 的命名直查模式，绕过语义排序和截断）path 直接读取原语资产【强制】召回结果校验：根据检索路径不同，校验方式如下：
若来自路径 2a（catalog_resolve 直接返回）：
catalog_resolve 成功返回即表示原语已命中，无需再做"是否包含 visualization_primitive"的检查execution_assets（位于 companions 或返回体的 execution_assets 字段）若来自路径 2b（resource_retrieval_result）：
a. 检查 matched_resources 是否包含 name=complex_structure_visualization 且 type=visualization_primitive 的资源。
b. 若未召回该原语（即返回空列表或不包含 visualization_primitive），不得直接放弃。必须执行以下回退步骤：
① 检查 resource_retrieval_result.detected_domain 是否为 bio，task_intent 是否包含 visualization。
② 若 task_intent 不包含 visualization，说明 primitives 可能未正确识别可视化意图。此时重新发起请求，将 user_request 修改为以可视化为主意图的描述（如"需要蛋白质复杂结构三维可视化、pLDDT/PAE 置信度着色、交互式 3D 视图的原语规范"），并显式设置 filters.keyword: complex_structure_visualization pLDDT PAE 3D interactive render（保留精确目录名 complex_structure_visualization 作为第一个 keyword 以触发命名直查）。
③ 二次请求后仍未召回，在 visualization_result.quality_checks 中记录 primitive_not_recalled: true，recall_retry_count: 2，last_error: unable to match complex_structure_visualization after retry，进入阶段二降级决策（仅生成非交互式图表，明确说明结构三维渲染不可用）。
c. 若已召回，检查 execution_assets_summary，进入阶段二降级决策。
按资产角色分级处理，不允许全有或全无阻断。核心资产定义：
| 资产 | 角色 | 不可用时的行为 |
|---|---|---|
scripts/render_complex_structure.py | 渲染器入口（必需） | 阻塞，无法降级。返回 status: blocked，blocked_details 记录缺失原因。 |
scripts/vendor/3Dmol-2.5.4.min.js | 离线运行时（必需） | 阻塞，无法降级。离线 HTML 无法在没有 3Dmol.js 时渲染三维结构。 |
scripts/interactive_template.html | HTML 模板（可降级） | 模板不可用但渲染器和运行时可用时，基于 complex_structure_visualization 的 spec.md 中 # renderer_profiles 和 # top_level_views 章节构建最小功能模板。必须支持默认视图、pLDDT 视图、序列联动和 PAE 面板，但可省略自定义视图和 Dynamic bonds 的完整交互。在 visualization_result.quality_checks 中标记 template_rebuilt_from_spec: true。 |
scripts/validate_visualization.py | 验证器（可跳过） | 不可用时跳过静态验证步骤，在 visualization_result.quality_checks 中标记 validation_skipped: true，interaction_smoke_test 设为 not_run。 |
scripts/vendor/3DMOL-LICENSE.txt | 许可证文本（可跳过） | 不可用时跳过内联，记录 warning。 |
降级禁止事项（不可跨越的红线）：
render_complex_structure.py——这等同于重写核心渲染逻辑。# output_schema 约束内，且 capability_downgrades 必须逐项记录缺失功能。step_handoff.inputs.visualization 与下方直接调用 JSON 的 data_path、requirements 字段映射为同一内部请求。.pse 或真实 PyMOL session。samples_manifest_path 非空时进入多样本模式；manifest 中每个样本必须原子绑定同一 seed/sample 的 structure、confidence 与 summary 三个文件，任一缺失或校验失败则整条样本失败。confidences.json.pae；summary_confidences.json.chain_pair_pae_min 不能扩展、插值或复制为 PAE matrix。缺失时返回 unavailable，不得伪造热图。single_file_compatibility: true 保留位置参数结构输入；没有完整 confidence JSON 时只生成三维结构视图并禁用 PAE。接收来自规划技能的任务描述，按照以下流程执行：
{
"task_type": "visualization|analysis|report",
"data_path": "数据文件路径",
"samples_manifest_path": "path/to/af3_samples_manifest.json|null",
"single_file_compatibility": true,
"confidence_path": "path/to/*_confidences.json|null",
"summary_confidences_path": "path/to/*_summary_confidences.json|null",
"domain": "meteorology|bio|bioinformatics|fluid_dynamics|materials_science|general",
"requirements": {
"viz_type": "line|scatter|heatmap|contour|3d|complex_structure|...",
"primitive": "complex_structure_visualization",
"scene_mode": "auto|single_polymer|protein_multimer|protein_nucleic_acid|protein_ligand|mixed_complex",
"renderer": "auto|pymol|3dmol|molstar|ngl",
"confidence_semantic": "none|plddt|b_factor|external",
"confidence_source": "none|cif_ma_qa_metric_local|cif_b_factor|pdb_b_factor|af3_confidences_json|external_per_residue",
"requested_views": ["default", "plddt", "custom"],
"pae_source": "none|af3_confidences_json",
"analysis_methods": ["correlation", "trend", "distribution"],
"output_format": "png|svg|pdf|html|pml|pse"
}
}
{
"status": "success|partial|failed",
"outputs": {
"figures": ["path/to/fig1.png", "path/to/fig2.svg"],
"interactive": ["path/to/structure.html"],
"pymol": ["path/to/structure.pml", "path/to/structure.pse"],
"report": "path/to/report.html",
"data": "path/to/processed_data.csv"
},
"visualization_result": {
"primitive": "complex_structure_visualization",
"scene_mode": "single_polymer|protein_multimer|protein_nucleic_acid|protein_ligand|mixed_complex",
"renderer": "pymol|3dmol|molstar|ngl|other",
"sample_count": 1,
"provenance": {
"samples_manifest_path": null,
"sample_files": []
},
"pae": {
"available": false,
"source": "none|confidences.json:pae",
"sample_ids": [],
"matrices_validated": 0
},
"validation_flags": {
"expected_sample_count": true,
"sample_ids_unique": true,
"default_sample_exists": true,
"atomic_sample_pairing": true,
"plddt_provenance_all_samples": true,
"pae_available_all_samples": true,
"pae_matrix_shape_valid": true,
"pae_token_mapping_valid": true
},
"warnings": [],
"quality_checks": {"template_rebuilt_from_spec": false,
"validation_skipped": false,
"interaction_smoke_test": "passed",
"primitive_not_recalled": false,
"recall_retry_count": 0
}
},
"summary": "分析与可视化完成概要"
}