bdbe-cellanno

name	bdbe_cellanno
description	本skill是用于单细胞测序数据分析的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对经过预处理的单细胞表达数据进行自动化细胞类型注释。它通过基因比对、数据标准化、降维等一系列流程，将细胞聚类结果与已知参考数据库进行匹配，从而为每个细胞分配生物学功能标签。
compatibility	["python","requests"]
name_zh	单细胞测序细胞类型注释算子
input_params	[{"name":"input_file","type":"string","required":true,"description":"输入单细胞测序数据文件路径（h5ad格式）"},{"name":"species","type":"string","required":true,"description":"物种类型，如 mouse、human 等"},{"name":"output_dir","type":"string","required":false,"description":"输出目录，默认在上传文件所在目录"}]
output_params	[{"name":"output_dir","type":"json_file","description":"细胞类型注释结果JSON，包含每个细胞的类型标签及分布统计"}]
tag	科学计算
publisher	COMMUNITY

Trigger

当用户希望"对单细胞数据进行自动化细胞类型注释"、”使用单细胞数据注释工具“等情况时触发。

Parameters

参数名	类型	说明	示例值	是否必填
input_file	string	输入单细胞测序数据文件路径	D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603	是
species	string	物种类型	mouse	是
output_dir	string	输出目录，默认在上传文件所在目录	D:\hqr\workspace\Agent\output	否

Examples

Example 1: 基本使用

python scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse

Example 2: 指定输出目录

python scripts/bdbe_cellanno.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mouse_ERX2609603" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"

Implementation

核心流程

1. 文件上传 - 上传待注释的单细胞数据集文件，获取文件唯一标识ID
2. 启动分析 - 触发细胞类型注释分析，获取分析任务ID
3. 获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
4. 下载文件 - 下载生成的细胞类型注释结果文件

接口说明

• 文件上传接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/upload (POST)
• 分析触发接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=CellAnno&id={file_id}&species={species} (GET)
• 结果获取接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id} (GET)
• 文件下载接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link} (GET)

Notes

• 支持的文件格式：h5ad格式
• 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果
• 结果包含细胞类型注释列表和CSV格式的结果文件
• 下载的结果文件默认保存在上传文件所在目录，也可通过output_dir参数指定