BioCSSwitch

用于给一个 outcome 的证据确定性做 GRADE 评级、产出 Summary of Findings (SoF) 表。触发：证据确定性、certainty of evidence、GRADE、证据质量分级、这个结论有多可靠、SoF 表、summary of findings、要不要下推荐、指南证据分级、quality of evidence、能不能信这个结论、证据强度、evidence certainty、把证据评个级。也用于"这个疗法的证据到底有多强"、"帮我给这几个结局评 GRADE"、"这条推荐的证据基础可靠吗"。禁用于：单纯核对某个 PMID 真伪（那用 evidence-audit / evidence_verify）。

Use for cross-modal target discovery from an unmet clinical need, combining literature, genetics, druggability, clinical trials, single-cell, and spatial evidence in one auditable context.

Design executable biomedical experiments from literature gaps or hypotheses, including testability, power, protocol, reagents, cost, preregistration, and failure modes.

Persist and query biomedical causal triples from BioCSSwitch conversations, literature checks, and debate outputs.

用于任何**可能含患者数据 / 临床原始记录 / 医疗档案**的场景，强制先做 PHI 检测再决定去向。触发：患者、病历、病案、临床数据、EHR、EMR、住院记录、门诊记录、handover note、progress note、discharge summary、SOAP、真实世界数据、RWD、reidentification、identifiable data、真实病人、我这里有一段病历、这是一份体检报告、帮我看一下这份 CT 报告、我上传一份门诊记录、患者档案、患儿、受试者数据、subject-level data、临床原始表、GCP 数据、eCRF、我要处理 HIPAA、PHI、脱敏、去标识化、我们医院的数据。也在提到 sensitive_mode / 敏感模式 / 隐私模式 时触发。禁用于：公开文献 / 已发表数据 —— 那些不含 PHI，扫描是浪费时间。

Use when the user opts into a local research-interest model, wants personalized paper/preprint/trial updates, saves or rejects research suggestions, asks for a proactive briefing, or wants workflow prediction across sessions.

用于单细胞 RNA-seq 数据的标准化预处理、QC、doublet 检测、batch 整合、基因 ID 转换、细胞类型注释与内容指纹，为下游聚类、scFM embedding、DEG、轨迹或细胞通信准备可复现输入。触发：单细胞预处理、scRNA-seq QC、scanpy 预处理、AnnData、h5ad、质控、doublet、Scrublet、scDblFinder、batch correction、Harmony、scVI、BBKNN、基因 ID 转换、CellTypist、SingleR、CITE-seq、multiome、空间转录组、Visium。禁用于：bulk RNA-seq（用 geo-triage / omics_deseq2），以及 embedding 之后的 DEG/trajectory/cell communication（交给 sc-downstream-analysis）。

用于写基金标书的 Specific Aims 页 / R01 aims / K award / NSFC 项目摘要 / significance section。触发：Specific Aims、aims page、NIH R01、R21、K award、NSFC、国自然、自然科学基金、基金标书、grant proposal、写标书、项目摘要、significance and innovation、grant aims、fellowship aims、专项基金申请书、青年基金、面上项目、重点项目。禁用于：全文 grant writing（那需要 methods / budget / biosketch，超出 skill 范围）。

用于写 rebuttal / point-by-point response to reviewers / R1 R2 修回信。触发：审稿意见、rebuttal、reviewer response、修回、response to reviewers、R1、R2、point-by-point、审稿人问、reviewer 说、reviewer 1 说、reviewer 2 意见、写回复信、修回信、给我一份 rebuttal、返修意见、我要回一个 reviewer。禁用于：写论文正文——那不是 rebuttal 的角色。

用于临床试验管线 / 竞争情报 / landscape analysis / KOL 识别 / 试验设计 benchmark。触发：临床试验 landscape、pipeline analysis、compete intelligence、竞争管线、这个靶点有谁在做临床、这个适应症的三期试验有哪些、找 KOL、principal investigator、endpoint benchmark、试验设计参考、market landscape、我要写一份 landscape 报告、这药在哪几个国家在做临床、投资人问 X 有哪些在跑的临床。禁用于：查单个 NCT 的方案——那用 ctgov_detail 直答。

用于单细胞 embedding/聚类/注释之后的下游分析配方：scRNA-seq DEG、pseudobulk、trajectory、RNA velocity、pseudotime、PAGA、DPT、Monocle3、cell-cell communication、CellChat、LIANA、NicheNet、marker gene、single-cell enrichment。禁用于：QC、doublet、预处理、batch 整合、基因 ID 转换、细胞注释前置步骤（先用 single-cell-prep）。

端到端、分阶段验收的单细胞分析工作流，用于 scRNA-seq、10x Genomics、Scanpy/Seurat、单细胞差异表达、轨迹、RNA velocity、细胞通信、多模态、空间与 scFM。负责串联 single-cell-prep、sc-downstream-analysis、scfm-embed、bio-spatial 与实验验证。禁用于 bulk RNA-seq / microarray GEO（用 geo-triage）。

Use for biomedical machine learning strategy, multimodal foundation models, virtual cells, perturbation-response prediction, AI drug discovery ML, federated learning, privacy-preserving medical ML, digital twins, clinical ML validation, model calibration, external validation, self-driving laboratories, AI co-scientist planning, or adding an ML section to BioCSSwitch. Do not use to claim that a model has run; generate recipes, validation gates and provenance only.

用于用单细胞基础模型或 baseline（Geneformer、scGPT、CellFM、UCE、scVI、totalVI、MultiVI）生成 embedding skeleton、fine-tuning skeleton、embedding 质量评估配方、benchmark 验证/goal-loop 合约，并强制记录 provenance。触发：Geneformer、scGPT、CellFM、UCE、single-cell foundation model、scFM、cell embedding、细胞表征、单细胞基础模型、reference mapping、scGPT 微调、Geneformer fine-tuning、embedding quality、scIB、batch mixing、bio conservation、AUPRC、rare-cell detection、benchmark gate、单细胞 embedding provenance。禁用于：常规 QC / doublet / batch 前置处理（先用 single-cell-prep），或把这些模型当聊天问答。

Use for spatial transcriptomics, Visium, Visium HD, Xenium, CosMx, MERFISH, Slide-seq, Stereo-seq, DBiT-seq, GeoMx, RAEFISH, spatial domains, spatially variable genes, spatial communication, spatial multi-omics, H&E-to-spatial prediction, 3D/4D spatial atlases, spatial deconvolution, rare spatial cell detection, spatial foundation models, scGPT-Spatial, Nicheformer, CELLama, STORM, IPF spatial niches, KRT17 epithelial states and orthogonal spatial validation. Do not use for ordinary dissociated scRNA-seq only; route that to sc-analysis / single-cell-prep.

用于 GEO / SRA 公共转录组数据集的初筛与二次分析规划——选数据集、差异表达、富集分析、通路注释。触发：GEO 数据集、GSE、公共转录组、bulk RNA-seq 分析、differential expression、DEG 分析、GSEA、富集分析、pathway enrichment、KEGG、GO 富集、reanalyze GEO、找一个数据集来验证、公共数据验证我的假设、reanalysis of public data。禁用于：单细胞（scRNA-seq）分析——请交给 sc-analysis skill，再由 single-cell-prep / sc-downstream-analysis 接手。

回答任何医学/临床/药物/疗效/流行病学问题时使用。对每条医学结论强制绑定 PMID / DOI / NCT，区分证据类型（meta-analysis / systematic-review / RCT / cohort / case-control / observational / case-series / animal / in-vitro / narrative-review / guideline），并在答复末尾以 Markdown 证据表呈现。触发词包括：治疗、疗效、有效性、剂量、副作用、指南、荟萃分析、临床试验、诊断、预后、生存率、发病率、患病率、机制、药物、靶点、生物标志物、疫苗、随机对照、observational、RCT、meta-analysis、cohort、systematic review。也用于"这个 PMID/DOI/NCT 是真的吗"、"帮我核对这些参考文献"、"帮我列一张证据表"这类明确校验请求。

用于把模糊、开放式的科研问题先"编译"成结构化研究任务书，再开始检索。触发：这个靶点还有没有价值、X 在 Y 里值不值得做、帮我看看这个方向、这个药还能治什么、有没有新靶点、这个基因和这个病有什么关系、我想研究 X 但不知道从哪下手、帮我把问题理清楚、research question、把这个课题拆一下、这个方向可行吗、值得立项吗。禁用于：已经非常具体、可直接检索的单点查询（"查 PMID 12345 是不是真的"、"aspirin 对 COX-1 的 IC50"）——那些直接答或直接进对应工具就行。

用于文献综述 / systematic review / scoping review / narrative review / meta-analysis 前置检索。触发：帮我做文献综述、写综述、systematic review、scoping review、meta-analysis、PRISMA、搜一下最近 5 年、这个领域现在有哪些证据、把 X 的文献理一遍、literature review on、review the evidence for、我要写一个 review、帮我系统地看一下、grade the evidence。禁用于：只查单篇、翻译摘要这类微任务——那些直接答就行，别启动这个流程。

用于靶点发现 / 药物重定位 / drug repurposing / target identification / target prioritization / MoA hypothesis 场景。触发：帮我找靶点、target discovery、drug repurposing、老药新用、这个疾病有什么潜在靶点、这个化合物还能治什么、mechanism hypothesis、这个基因和 X 病有什么关系、靶点评分、靶点评级、target selection、pathway hypothesis、synthetic lethality candidate。禁用于：查单个靶点的基本信息——那用 hgnc_lookup_symbol / uniprot_entry 直接答就行。

所有科研工作流的收尾强制标准——每次给出研究性结论前，必须暴露不确定性五段面板：Known knowns / Known unknowns / Conflicts / Missing data / Next experiment。触发：任何文献综述、靶点发现、老药新用、临床试验分析、组学分析、机制假设、证据审计的结论阶段；也用于"帮我找盲区"、"这个结论还缺什么"、"有哪些没搞清楚的"、"下一步该做什么实验"、"这个方向的未知数"。这是一个横切标准，其它 workflow skill 收尾时都要引用它。

CSSwitch canary skill used ONLY for phase-1 verification of the skill directory path. If you can see this skill in Claude Science, it means CSSwitch's guessed skills directory is correct. Do NOT trigger this skill in real conversations. Triggers only on the exact phrase "CSSwitch canary skill verification please" (English only, verbatim).