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Compétence niveau ingénieur/docteur en biochimie des protéines. Couvre la structure, le repliement, les modifications post-traductionnelles et l'analyse des protéines.
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| name | biochimie-proteines |
| description | Compétence niveau ingénieur/docteur en biochimie des protéines. Couvre la structure, le repliement, les modifications post-traductionnelles et l'analyse des protéines. |
| arxiv_categories | ["q-bio.BM","physics.bio-ph"] |
Compétence niveau ingénieur/docteur en biochimie des protéines : acides aminés, structures (I-IV), repliement, modifications post-traductionnelles, purification, analyse structurale.
| Catégorie | AA | pKa | ε₂₈₀ (M⁻¹cm⁻¹) |
|---|---|---|---|
| Non polaires | G, A, V, L, I, P, F | — | W=5500, Y=1490 |
| Polaires | S, T, N, Q, C, M | — | Cystine=125 |
| Chargés - | D (3.9), E (4.1) | 3.9/4.1 | |
| Chargés + | K (10.5), R (12.5), H (6.0) | 10.5/12.5/6.0 |
| Élément | Angles φ/ψ | Liaison H | Pas |
|---|---|---|---|
| Hélice α | -57°/-47° | i→i+4 | 5.4 Å (3.6 rés/tour) |
| Feuillet β | -135°/135° | entre brins | 3.5 Å |
| Coudes β | variable | Type I/II | 4 résidus |
| Interaction | Énergie (kcal/mol) |
|---|---|
| Hydrophobe | -0.5 à -1.5/résidu |
| Liaison H | -3 à -7 |
| Ionique | -1 à -5 |
| Pont disulfure | -1 à -5 |
États dépliés → molten globule → état natif (minimum global ΔG)
Chaperones : Hsp70, GroEL/GroES, Hsp90
Maladies : Alzheimer (β-amyloïde), Parkinson (α-synucléine), Prion
| Modification | AA | Masse (Da) |
|---|---|---|
| Phosphorylation | S, T, Y | +80 |
| Glycosylation N | N (N-X-S/T) | Variable |
| Acétylation | K | +42 |
| Ubiquitination | K | +8.5 kDa/Ub |
| Méthylation | K, R | +14 |
| Sumoylation | K | +12 kDa |
| Palmitoylation | C | +256 |
| Méthode | Résolution | Info |
|---|---|---|
| Cristallographie RX | 1-3 Å | Structure 3D |
| RMN | 2-5 Å | Dynamique (<40 kDa) |
| Cryo-EM | 1.5-4 Å | Grands complexes |
| AlphaFold2 | Prédiction | Séqu. → structure |