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在本地 HDOCKlite 环境中运行蛋白-蛋白或蛋白-核酸对接，并生成 `hdock.out` 与复合物模型。用于用户提到 HDOCK/HDOCKlite、`hdock`、`createpl`、受体/配体 PDB、`rsite.txt`、`lsite.txt`、`restr.txt`、结合位点约束、对接结果打包，或希望把当前仓库整理成可复用 HDOCK 工作流的场景。
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基于 SOC 职业分类
Analyze AlphaFold3 prediction outputs with the af-analysis Python package. Use for AlphaFold Server fold_*.zip files, local AF3 output directories containing model structures and JSON files, ipTM_d0, pDockQ, mpDockQ, LIS, PAE matrices, ranking AF3 models, or generating AF3 interface-quality summaries and plots.
Prepare, package, resume, and analyze Amber/AmberTools molecular dynamics workflows for local or cluster execution. Use for Amber, AmberTools, pdb4amber, tleap, antechamber, parmchk2, pmemd/pmemd.cuda, cpptraj, MMPBSA.py, PBSA, REMD, membrane systems, implicit solvent, Zn or nonstandard residues, nucleic acids, contact analysis, DSSP/DSSPplot, or requests to create reproducible MD run directories.
Package GROMACS conventional MD, tREMD, and REST2/HREX workflows into reproducible local or cluster run bundles with blocking preflight checks. Use for prepared GROMACS systems, protein or protein-ligand MD setup, EM/NVT/NPT/production runs, ACPYPE/GAFF ligand preparation, tREMD, REST2 solute-scaling topology generation, PLUMED partial_tempering, GROMACS -hrex capability checks, resume logic, demux, exchange-efficiency analysis, or trajectory reorganization.
Create, run, and analyze HADDOCK 2.5 biomolecular docking projects. Use for HADDOCK/HADDOCK2.5, CNS/HADDOCK environment checks, protein-protein, protein-nucleic-acid, protein-ligand, peptide, AIR restraints, active/passive residues, restraint-file management, project setup, cluster scoring, or top-model analysis.
Install, validate, teach, and run RosettaCommons Foundry/RFdiffusion3 workflows on a local or cluster Python/GPU environment. Use when the user mentions RFdiffusion3, RFD3, Foundry, rc-foundry, RF3, ProteinMPNN, LigandMPNN, checkpoint downloads, official RFD3 tutorials, RFD3 design JSON/YAML inputs, protein binders, nucleic-acid binders, small-molecule binders, enzyme scaffolds, partial diffusion, or asks to package/run/debug RFD3 jobs.
Run and package UniDock-Pro GPU virtual screening workflows for classical docking, ligand similarity searching, and hybrid docking. Use when the user mentions UniDock-Pro, udp, receptor.pdbqt, reference_ligand, ligand_index, ligand_dir, search_mode, docking score ranking, batch screening, or reproducible UniDock-Pro result summaries.
| name | hdock |
| description | 在本地 HDOCKlite 环境中运行蛋白-蛋白或蛋白-核酸对接，并生成 `hdock.out` 与复合物模型。用于用户提到 HDOCK/HDOCKlite、`hdock`、`createpl`、受体/配体 PDB、`rsite.txt`、`lsite.txt`、`restr.txt`、结合位点约束、对接结果打包，或希望把当前仓库整理成可复用 HDOCK 工作流的场景。 |
把任务默认理解为“交付一个能复现的本地 HDOCK case 目录”，而不是只解释命令行。 优先留下可直接检查的输出目录、日志和模型文件。
先把请求归到下面两类之一：
rsite.txt、lsite.txt 或 restr.txt 做约束。hdock 生成 hdock.out，再运行 createpl 生成复合物模型。.out 文件，只需要导出模型hdock.out 或同类输出。createpl 生成 models.pdb。默认优先使用 scripts/run_hdock_case.py，因为它会：
hdock 和 createplrun-summary.json开始前先确认：
如果用户没有明确要求覆盖，优先创建新的 case 目录。
只在用户明确提供或确认需要时传入约束文件。
rsite.txt：受体位点残基列表lsite.txt：配体位点残基列表restr.txt：受体-配体约束当前仓库里 rsite.txt 的示例内容是 A:843，因此位点文件至少支持“一行一个链:残基号”的格式。
如果用户的约束文件格式不清楚，先检查现有文件内容，不要凭空生成。
完整对接默认命令链：
python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb \
--output-dir runs/case1 \
--nmax 20
如果只从已有 .out 导出模型：
python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py \
--hdock-out test.out \
--output-dir runs/from-out \
--nmax 20
如果 skill 不在 HDOCK 仓库内部，先指定二进制位置：
HDOCK_BIN_DIR=/path/to/HDOCKlite-v1.1 \
python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb --output-dir runs/case1
交付时优先说明这些文件：
hdock.out：原始 docking 输出models.pdb：createpl 导出的模型inputs/：复制后的输入文件hdock.stdout.log / hdock.stderr.logcreatepl.stdout.log / createpl.stderr.logrun-summary.json如果用户只要求原始打分，不要额外声称模型已经过生物学验证。
references/command-reference.mdscripts/run_hdock_case.py