| name | unidock-pro |
| description | Run and package UniDock-Pro GPU virtual screening workflows for classical docking, ligand similarity searching, and hybrid docking. Use when the user mentions UniDock-Pro, udp, receptor.pdbqt, reference_ligand, ligand_index, ligand_dir, search_mode, docking score ranking, batch screening, or reproducible UniDock-Pro result summaries. |
UniDock-Pro 虚拟筛选
把任务默认理解为“交付一个可复现的 UniDock-Pro 运行结果”，不要只解释命令行。
优先使用 scripts/run_unidock_case.py、scripts/make_ligand_index.py、scripts/analyze_unidock_results.py，避免临时手写长命令。
默认工作流
- 先读
references/local-setup.md，确认目标机器上的仓库、二进制、conda 环境和文档偏差。
- 判断任务属于 pure docking、similarity searching、hybrid 三类之一。
- 先检查
build/udp 是否可直接运行；如果不可运行，再切到 unidock-pro 环境，必要时按本地构建指引重建。
- 明确搜索框中心、搜索框尺寸和
--search_mode。--search_mode 必须显式设置，不允许省略；如果用户没有明确说用哪一个，每次都先问，不得替用户默认选择。
- 优先通过
scripts/run_unidock_case.py 执行，不要直接手写一长串 udp 参数。
- 如果用户只有配体目录，没有索引文件，先运行
scripts/make_ligand_index.py。
- 运行结束后，用
scripts/analyze_unidock_results.py 汇总 *_out.pdbqt，给出排序结果和输出路径。
输入判定
把请求先归到下面三类之一：
- pure docking
- 有
receptor
- 没有
reference_ligand
- 典型目标是经典结构对接
- similarity searching
- 有
reference_ligand
- 没有
receptor
- 典型目标是基于已知活性配体做相似性筛选
- hybrid
- 同时有
receptor 和 reference_ligand
- 典型目标是结合受体结构和参考配体做联合筛选
配体输入只选一种：
如果用户同时给了两种来源，先收敛成一种再运行。
快速入口
优先使用脚本入口：
python3 scripts/run_unidock_case.py \
--mode docking \
--receptor /path/to/receptor.pdbqt \
--ligand-index /path/to/ligand_index.txt \
--center-x 32.79 --center-y 38.34 --center-z 58.49 \
--size-x 28 --size-y 28 --size-z 28 \
--search-mode <用户确认的模式> \
--output-dir /path/to/results
如果用户只有配体目录：
python3 scripts/make_ligand_index.py /path/to/ligands /path/to/ligand_index.txt
结果汇总入口：
python3 scripts/analyze_unidock_results.py /path/to/results /path/to/docking_results.csv --top-n 50
环境与构建
本 skill 依赖目标机器上的 UniDock-Pro 安装事实，不要凭空假设新机器布局。
- 先尝试直接运行
/path/to/UniDock-Pro/build/udp
- 如果直接运行失败，再尝试
conda activate unidock-pro
- 如果
conda activate 不方便，再回退到 /path/to/conda-envs/unidock-pro
如果二进制不存在或不可执行，优先按 references/local-setup.md 中的构建步骤重建。
防呆规则
- 强制显式传入
--search_mode
- 如果用户没有明确指定
fast、balance 或 detail，必须先询问，再运行；不要根据任务规模或习惯自动选
- 文档里常见的
--ligand_directory 不要直接照搬；当前源码真实参数是 --ligand_dir
- 源码接受
balance/balanced 与 detail/detailed，与用户确认时统一使用规范写法 fast、balance、detail
- hybrid 模式里的
reference_ligand 必须是与受体对应的共晶姿态；如果用户没有明确说明，先提醒这个前提
- 批量运行时总是传入新的输出目录，避免把不同任务的
*_out.pdbqt 混在一起
输出约定
交付时优先说明这些内容：
- 实际运行模式
- 实际调用方式：直跑二进制、
conda activate unidock-pro，还是环境前缀回退
- 输出目录
- 生成的
*_out.pdbqt
- 汇总 CSV 路径
- 任何关键前提，例如 hybrid 模式共晶参考配体的假设
资源
- 本地路径、环境和文档偏差：
references/local-setup.md
- 三类任务的命令模板和输出约定：
references/workflows.md
- 统一运行入口：
scripts/run_unidock_case.py
- 配体目录转索引：
scripts/make_ligand_index.py
- 结果排序与 CSV 汇总：
scripts/analyze_unidock_results.py
