structure-supercell

name	structure-supercell
description	执行晶体结构的线性扩胞（Supercell Generation）。当用户要求“扩大 POSCAR”、“构建超胞”或指定扩胞倍数（如 2x2x2）时触发。使用 pymatgen 进行处理，并在执行前向用户确认原子数变化。

Supercell Generation Skill

此 Skill 用于将现有的 POSCAR 文件按照指定的倍数进行线性扩胞。

触发条件

• 用户提到“扩胞”、“构建超胞”、“扩大结构”。
• 用户给出具体的扩胞倍数，如 "3x3x1", "222", "把 a, b 方向扩大 2 倍" 等。

执行逻辑

1. 解析需求：从用户指令中提取 $n_1, n_2, n_3$ 三个方向的扩胞倍数。如果用户只说“扩大 2 倍”，默认指 $2\times2\times2$。
2. 检查环境：确保当前目录下存在 POSCAR。
3. 预计算与确认：
   • 使用 scripts/make_supercell.py --info 获取扩胞前后的信息（原子总数变化）。
   • 必须向用户汇报：“准备将结构从 N 个原子扩展到 M 个原子（倍数：$n_1 \times n_2 \times n_3$），是否继续？”
4. 执行扩胞：用户确认后，运行 scripts/make_supercell.py。
5. 结果处理：生成 POSCAR_supercell 文件，并提醒用户检查。不要自动覆盖原始 POSCAR，除非用户明确要求。

注意事项

• 扩胞后原子数过多（如超过 500 个）时，应特别提醒用户计算成本会显著增加。
• 保持原子标签和坐标系的完整性。

执行方式（与系统 ITERATIVE EXECUTION RULE 一致）

本 skill 仅通过 scripts/make_supercell.py 生成结构。若用户需对多种超胞方案或多个输出结构分别跑 VASP，须逐目录提交并在每步核查；禁止用 for 或 monolithic Bash 一次提交全部相关 VASP。实际计算一律走 Skill run-vasp（含 Step 2–3 的环境探针与 STRICT HARDWARE ALIGNMENT），并遵守其 Step 4：对 vasp_runner.py --dirs 分批调用、在中间读 OUTCAR/日志后再继续，不得单次把全部目录无核查地排队跑完。

核心原则

• 禁止以扩胞为借口批量跑 VASP：结构准备可一次完成；一旦进入 mpirun / vasp_runner，仍须迭代执行，与 workflow-relax、workflow-eos-lattice-constant 等 skill 口径一致。